转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004552; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011094-RA_Salv SmilChr01G004552 bZIP XP_057786668.1 MP00409 AATGGACACGTGGCA

可能结合的靶基因

8429 个结合位点 6252 个候选靶基因 第 107 / 126 下载 TSV

上一页 107 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000519 Chr05 NC_080391.1:3997978-3997992promoter 内 1681-1695 bp - 2306 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 3994482-3995672(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TCTGCTTACGTGGCG
SmilChr01G005991 Chr01 NC_080387.1:75520408-75520422promoter 内 1566-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75515833-75517987(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTTCATGACGTGGCT
SmilChr01G005995 Chr01 NC_080387.1:75549062-75549076promoter 内 1566-1580 bp + 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 75543753-75546641(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCATGAAA
SmilChr02G003185 Chr02 NC_080388.1:52996346-52996360promoter 内 1555-1569 bp - 2432 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 52998792-53001288(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGCTATG
SmilChr06G000644 Chr06 NC_080392.1:5698461-5698475promoter 内 1527-1541 bp + 2460 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5700935-5704169(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GTCGGCAACGTGGCA
SmilChr05G003376 Chr05 NC_080391.1:44667269-44667283promoter 内 1506-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 44663088-44664788(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATACTACACGTGGCC
SmilChr08G001396 Chr08 NC_080394.1:11188273-11188287promoter 内 1505-1519 bp - 2482 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 11190769-11194095(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTTTGAC
SmilChr03G003648 Chr03 NC_080389.1:55238939-55238953promoter 内 1445-1459 bp + 2542 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 55241495-55244036(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CATAGCCACGTGGAA
SmilChr05G003092 Chr05 NC_080391.1:39178438-39178452promoter 内 1426-1440 bp + 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 39171897-39175877(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTGTACT
SmilChr08G001525 Chr08 NC_080394.1:12396437-12396451promoter 内 1291-1305 bp - 2696 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 12399147-12402375(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTGTGGAGA
SmilChr04G000549 Chr04 NC_080390.1:6132650-6132664promoter 内 1207-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6135444-6138217(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CGCCACGTGAAAGAA
SmilChr05G001855 Chr05 NC_080391.1:18577507-18577521promoter 内 1075-1089 bp + 2912 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 18580433-18581610(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGACAATACGTGGCA
SmilChr03G003869 Chr03 NC_080389.1:57803767-57803781promoter 内 836-850 bp + 3151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57798026-57800616(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGTACACA
SmilChr03G000447 Chr03 NC_080389.1:4796924-4796938promoter 内 807-821 bp + 3180 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 4792703-4793744(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AGCCACGTCGTGCCA
SmilChr08G004007 Chr08 NC_080394.1:48423066-48423080promoter 内 728-742 bp - 3259 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 48426339-48429564(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCCACGTGACCAGC
SmilChr05G002924 Chr05 NC_080391.1:35203906-35203920promoter 内 726-740 bp - 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 35207181-35223351(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAAGTCCT
SmilChr07G000860 Chr07 NC_080393.1:6123623-6123637promoter 内 554-568 bp + 3433 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6115449-6120190(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGAAGTG
SmilChr02G003659 Chr02 NC_080388.1:57961379-57961393promoter 内 340-354 bp + 3647 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 57965040-57967019(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 CATAGCCACGTGGAA
SmilChr07G004655 Chr07 NC_080393.1:59429277-59429291promoter 内 320-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 59422563-59425610(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTAACTCCC
SmilChr08G000296 Chr08 NC_080394.1:2034734-2034748promoter 内 290-304 bp + 3697 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 2038445-2042436(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 AATAATTACGTGGCA
SmilChr08G002619 Chr08 NC_080394.1:25543827-25543841promoter 内 145-159 bp - 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 25547683-25549884(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAAGTCCT
SmilChr01G000286 Chr01 NC_080387.1:5644007-5644021promoter 内 119-133 bp + 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 5636395-5640139(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGAAGTG
SmilChr08G000840 Chr08 NC_080394.1:6215251-6215265promoter 内 7-21 bp - 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.0/ 100 1 6219245-6221952(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTCGAAGTG
SmilChr03G001653 Chr03 NC_080389.1:21471018-21471032promoter 内 2145-2159 bp - 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 5 21464796-21469176(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr01G002097 Chr01 NC_080387.1:37009519-37009533promoter 内 1474-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 4 37012046-37013792(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr04G003840 Chr04 NC_080390.1:54424466-54424480promoter 内 3307-3321 bp - 680 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 54425160-54432024(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr01G002289 Chr01 NC_080387.1:39727857-39727871promoter 内 2790-2804 bp + 1197 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 3 39720915-39726660(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTATTAAGT
SmilChr04G002044 Chr04 NC_080390.1:33164397-33164411promoter 内 3728-3742 bp + 259 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 33163257-33164138(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr01G000870 Chr01 NC_080387.1:18569876-18569890promoter 内 3442-3456 bp + 545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 18567168-18569331(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr03G002452 Chr03 NC_080389.1:38888917-38888931promoter 内 3321-3335 bp - 666 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 38888180-38888251(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr08G002014 Chr08 NC_080394.1:17882560-17882574promoter 内 3069-3083 bp + 918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 17880795-17881642(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr02G002059 Chr02 NC_080388.1:37068227-37068241promoter 内 2899-2913 bp - 1088 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 37069329-37072610(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr03G002451 Chr03 NC_080389.1:38888917-38888931promoter 内 2873-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 38885932-38887803(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr05G002439 Chr05 NC_080391.1:26893637-26893651promoter 内 2803-2817 bp + 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 26889656-26892453(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr03G000757 Chr03 NC_080389.1:8642959-8642973promoter 内 2294-2308 bp - 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 8644666-8646235(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGGATTC
SmilChr06G002389 Chr06 NC_080392.1:34688725-34688739promoter 内 2112-2126 bp + 1875 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 34690614-34693094(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATCTTACACGTGTCA
SmilChr04G000335 Chr04 NC_080390.1:3089023-3089037promoter 内 1824-1838 bp + 2163 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3091200-3091923(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr03G000310 Chr03 NC_080389.1:3545189-3545203promoter 内 1793-1807 bp + 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3539980-3542995(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GGCCACGTTTCCATC
SmilChr04G000334 Chr04 NC_080390.1:3089023-3089037promoter 内 1788-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 3073698-3086824(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr04G000698 Chr04 NC_080390.1:8148207-8148221promoter 内 1732-1746 bp + 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 8141791-8145952(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr01G003115 Chr01 NC_080387.1:49955248-49955262promoter 内 1603-1617 bp + 2384 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 49957646-49959019(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr02G001273 Chr02 NC_080388.1:23301103-23301117promoter 内 1507-1521 bp - 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 23295339-23298623(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr01G003114 Chr01 NC_080387.1:49955248-49955262promoter 内 1217-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 49951069-49952478(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TGCCACGTAGGATAT
SmilChr06G000959 Chr06 NC_080392.1:9250284-9250298promoter 内 730-744 bp - 3257 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 9245258-9247027(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr03G000758 Chr03 NC_080389.1:8642959-8642973promoter 内 723-737 bp - 3264 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 8646237-8647566(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TTCCACGTGGGATTC
SmilChr06G000988 Chr06 NC_080392.1:9681580-9681594promoter 内 455-469 bp - 3532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 9676576-9678048(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr01G006200 Chr01 NC_080387.1:77701905-77701919promoter 内 226-240 bp - 3761 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 77690583-77698144(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr06G002730 Chr06 NC_080392.1:39395084-39395098promoter 内 171-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 2 39390266-39391268(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 ATATCCTACGTGGCA
SmilChr03G001296 Chr03 NC_080389.1:15157246-15157260promoter 内 3956-3970 bp + 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15157291-15160121(+) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 TAATCTTACGTGGCA
SmilChr04G002351 Chr04 NC_080390.1:37948060-37948074promoter 内 3946-3960 bp - 41 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37946001-37948019(-) SMil_00011094-RA_Salv MP00409 GATATACACGTGTCG