转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 11 / 133 下载 TSV

上一页 11 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003423 Chr01 NC_080387.1:52884398-52884406promoter 内 2793-2801 bp + 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 52885606-52887889(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr01G003492 Chr01 NC_080387.1:53491554-53491562promoter 内 2785-2793 bp + 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 53492770-53495252(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr02G002443 Chr02 NC_080388.1:42683601-42683609promoter 内 2772-2780 bp - 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 42680276-42682380(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr03G001447 Chr03 NC_080389.1:17266512-17266520promoter 内 2754-2762 bp - 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 17262296-17265273(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr02G000650 Chr02 NC_080388.1:9843481-9843489promoter 内 2745-2753 bp - 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 9840881-9842233(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr03G004599 Chr03 NC_080389.1:63789990-63789998promoter 内 2742-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 63786949-63788739(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr02G004225 Chr02 NC_080388.1:64463671-64463679promoter 内 2707-2715 bp + 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 64453264-64462385(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr03G002461 Chr03 NC_080389.1:38976975-38976983promoter 内 2702-2710 bp + 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 38967393-38975684(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr02G001192 Chr02 NC_080388.1:21897131-21897139promoter 内 2660-2668 bp - 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 21893830-21895798(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr01G000441 Chr01 NC_080387.1:8924409-8924417promoter 内 2646-2654 bp - 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 8925764-8930684(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr03G000224 Chr03 NC_080389.1:2624382-2624390promoter 内 2596-2604 bp + 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 2625787-2628468(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr01G000986 Chr01 NC_080387.1:20880718-20880726promoter 内 2579-2587 bp + 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 20874144-20879304(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr01G001123 Chr01 NC_080387.1:22839427-22839435promoter 内 2574-2582 bp - 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 22840854-22842220(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr03G003357 Chr03 NC_080389.1:51909327-51909335promoter 内 2566-2574 bp + 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 51890133-51907900(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr04G000217 Chr04 NC_080390.1:1906795-1906803promoter 内 2522-2530 bp - 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 1903660-1905324(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr03G000240 Chr03 NC_080389.1:2848129-2848137promoter 内 2343-2351 bp - 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 2845210-2846479(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr02G003952 Chr02 NC_080388.1:61684294-61684302promoter 内 2219-2227 bp + 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 61681594-61682520(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr02G002444 Chr02 NC_080388.1:42683601-42683609promoter 内 2208-2216 bp - 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 42685394-42686428(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr03G000686 Chr03 NC_080389.1:7669387-7669395promoter 内 2175-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 7671213-7673668(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr01G003456 Chr01 NC_080387.1:53131254-53131262promoter 内 2142-2150 bp + 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 53124584-53129403(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr03G004059 Chr03 NC_080389.1:59549959-59549967promoter 内 2012-2020 bp + 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 59539744-59547978(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr02G001742 Chr02 NC_080388.1:32020413-32020421promoter 内 1920-1928 bp - 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 32017537-32018340(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr02G005595 Chr02 NC_080388.1:75704094-75704102promoter 内 1907-1915 bp + 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 75694468-75702008(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr01G002065 Chr01 NC_080387.1:36510124-36510132promoter 内 1850-1858 bp + 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 36504862-36507981(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr02G002188 Chr02 NC_080388.1:39079970-39079978promoter 内 1785-1793 bp + 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 39076725-39077762(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr04G001939 Chr04 NC_080390.1:31505546-31505554promoter 内 1774-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 31501114-31503327(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr01G003513 Chr01 NC_080387.1:53738196-53738204promoter 内 1752-1760 bp - 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 53740445-53740518(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr01G003128 Chr01 NC_080387.1:50114119-50114127promoter 内 1738-1746 bp - 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 50116382-50117713(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr03G001396 Chr03 NC_080389.1:16579573-16579581promoter 内 1732-1740 bp - 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 16581842-16589213(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr03G001054 Chr03 NC_080389.1:12253946-12253954promoter 内 1668-1676 bp - 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 12246577-12251621(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr02G005597 Chr02 NC_080388.1:75704094-75704102promoter 内 1606-1614 bp + 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 75706489-75708908(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr02G003447 Chr02 NC_080388.1:55719140-55719148promoter 内 1583-1591 bp - 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 55721558-55722746(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
SmilChr04G000945 Chr04 NC_080390.1:12516058-12516066promoter 内 1509-1517 bp - 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 12503272-12513574(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr02G001383 Chr02 NC_080388.1:26235801-26235809promoter 内 1507-1515 bp - 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 26190173-26233315(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr02G005201 Chr02 NC_080388.1:73265243-73265251promoter 内 1498-1506 bp + 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 73267746-73279949(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGC
SmilChr03G004742 Chr03 NC_080389.1:64550688-64550696promoter 内 1488-1496 bp + 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.6/ 100 1 64542658-64548183(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGGC
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