靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00024366-RA_Salv |
SmilChr06G002048 |
bHLH | XP_057770293.1 |
MP00035 |
CCCACGTGC |
9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 11 / 133 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr01G003423 |
Chr01 | NC_080387.1:52884398-52884406promoter 内 2793-2801 bp |
+ | 1200 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 52885606-52887889(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr01G003492 |
Chr01 | NC_080387.1:53491554-53491562promoter 内 2785-2793 bp |
+ | 1208 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 53492770-53495252(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr02G002443 |
Chr02 | NC_080388.1:42683601-42683609promoter 内 2772-2780 bp |
- | 1221 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 42680276-42682380(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr03G001447 |
Chr03 | NC_080389.1:17266512-17266520promoter 内 2754-2762 bp |
- | 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 17262296-17265273(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr02G000650 |
Chr02 | NC_080388.1:9843481-9843489promoter 内 2745-2753 bp |
- | 1248 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 9840881-9842233(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr03G004599 |
Chr03 | NC_080389.1:63789990-63789998promoter 内 2742-2750 bp |
+ | 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 63786949-63788739(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr02G004225 |
Chr02 | NC_080388.1:64463671-64463679promoter 内 2707-2715 bp |
+ | 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 64453264-64462385(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr03G002461 |
Chr03 | NC_080389.1:38976975-38976983promoter 内 2702-2710 bp |
+ | 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 38967393-38975684(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr02G001192 |
Chr02 | NC_080388.1:21897131-21897139promoter 内 2660-2668 bp |
- | 1333 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 21893830-21895798(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr01G000441 |
Chr01 | NC_080387.1:8924409-8924417promoter 内 2646-2654 bp |
- | 1347 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 8925764-8930684(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr03G000224 |
Chr03 | NC_080389.1:2624382-2624390promoter 内 2596-2604 bp |
+ | 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 2625787-2628468(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr01G000986 |
Chr01 | NC_080387.1:20880718-20880726promoter 内 2579-2587 bp |
+ | 1414 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 20874144-20879304(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr01G001123 |
Chr01 | NC_080387.1:22839427-22839435promoter 内 2574-2582 bp |
- | 1419 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 22840854-22842220(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr03G003357 |
Chr03 | NC_080389.1:51909327-51909335promoter 内 2566-2574 bp |
+ | 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 51890133-51907900(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr04G000217 |
Chr04 | NC_080390.1:1906795-1906803promoter 内 2522-2530 bp |
- | 1471 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 1903660-1905324(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr03G000240 |
Chr03 | NC_080389.1:2848129-2848137promoter 内 2343-2351 bp |
- | 1650 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 2845210-2846479(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr02G003952 |
Chr02 | NC_080388.1:61684294-61684302promoter 内 2219-2227 bp |
+ | 1774 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 61681594-61682520(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr02G002444 |
Chr02 | NC_080388.1:42683601-42683609promoter 内 2208-2216 bp |
- | 1785 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 42685394-42686428(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr03G000686 |
Chr03 | NC_080389.1:7669387-7669395promoter 内 2175-2183 bp |
- | 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 7671213-7673668(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr01G003456 |
Chr01 | NC_080387.1:53131254-53131262promoter 内 2142-2150 bp |
+ | 1851 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 53124584-53129403(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr03G004059 |
Chr03 | NC_080389.1:59549959-59549967promoter 内 2012-2020 bp |
+ | 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 59539744-59547978(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr02G001742 |
Chr02 | NC_080388.1:32020413-32020421promoter 内 1920-1928 bp |
- | 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 32017537-32018340(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr02G005595 |
Chr02 | NC_080388.1:75704094-75704102promoter 内 1907-1915 bp |
+ | 2086 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 75694468-75702008(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr01G002065 |
Chr01 | NC_080387.1:36510124-36510132promoter 内 1850-1858 bp |
+ | 2143 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 36504862-36507981(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr02G002188 |
Chr02 | NC_080388.1:39079970-39079978promoter 内 1785-1793 bp |
+ | 2208 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 39076725-39077762(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr04G001939 |
Chr04 | NC_080390.1:31505546-31505554promoter 内 1774-1782 bp |
- | 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 31501114-31503327(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr01G003513 |
Chr01 | NC_080387.1:53738196-53738204promoter 内 1752-1760 bp |
- | 2241 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 53740445-53740518(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr01G003128 |
Chr01 | NC_080387.1:50114119-50114127promoter 内 1738-1746 bp |
- | 2255 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 50116382-50117713(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr03G001396 |
Chr03 | NC_080389.1:16579573-16579581promoter 内 1732-1740 bp |
- | 2261 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 16581842-16589213(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr03G001054 |
Chr03 | NC_080389.1:12253946-12253954promoter 内 1668-1676 bp |
- | 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 12246577-12251621(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr02G005597 |
Chr02 | NC_080388.1:75704094-75704102promoter 内 1606-1614 bp |
+ | 2387 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 75706489-75708908(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
SmilChr02G003447 |
Chr02 | NC_080388.1:55719140-55719148promoter 内 1583-1591 bp |
- | 2410 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 55721558-55722746(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCACGTGGC |
SmilChr04G000945 |
Chr04 | NC_080390.1:12516058-12516066promoter 内 1509-1517 bp |
- | 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 12503272-12513574(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
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Chr02 | NC_080388.1:26235801-26235809promoter 内 1507-1515 bp |
- | 2486 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 26190173-26233315(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
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+ | 2495 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 73267746-73279949(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
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+ | 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 64542658-64548183(-) |
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MP00035 |
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+ | 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 61686808-61689207(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
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+ | 2592 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 9875407-9877631(+) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
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- | 2698 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 98.6/ 100 | 1 | 32676374-32677365(-) |
SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
GCCACGTGC |
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SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
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SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
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SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
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SMil_00024366-RA_Salv |
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SMil_00024366-RA_Salv |
MP00035 |
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