转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G000943; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008897-RA_Salv SmilChr01G000943 MIKC_MADS XP_057790035.1 MP00508 CTTTCCTTTTTTGGAAAGT

可能结合的靶基因

7481 个结合位点 5979 个候选靶基因 第 116 / 120 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001447 Chr02 NC_080388.1:27143795-27143813promoter 内 131-149 bp - 3852 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 27137826-27139943(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTTTGGCCGTC
SmilChr06G001598 Chr06 NC_080392.1:17730438-17730456promoter 内 66-84 bp + 3917 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 17725904-17726521(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AATTTCCAAATAAGGATTG
SmilChr08G004764 Chr08 NC_080394.1:56997449-56997467promoter 内 42-60 bp - 3941 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56990495-56993508(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTCCACTTTTGGACAGC
SmilChr02G002514 Chr02 NC_080388.1:43644510-43644528promoter 内 19-37 bp + 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43638504-43640546(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACTTTCCTAAAATAGTATA
SmilChr01G001491 Chr01 NC_080387.1:28720526-28720544promoter 内 3488-3506 bp + 495 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 28721039-28721521(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTGTTCGGGGATTG
SmilChr01G000224 Chr01 NC_080387.1:3980755-3980773promoter 内 3863-3881 bp + 120 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3980893-3981438(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GTTTCCTTTTTGAGCCATA
SmilChr02G003683 Chr02 NC_080388.1:58194093-58194111promoter 内 3777-3795 bp + 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58188716-58193887(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr01G002339 Chr01 NC_080387.1:40566619-40566637promoter 内 3766-3784 bp + 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 40562384-40566402(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr06G000442 Chr06 NC_080392.1:3612850-3612868promoter 内 3761-3779 bp + 222 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 3610290-3612628(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACGTCCCGAAAAGGAAAG
SmilChr01G005186 Chr01 NC_080387.1:69570464-69570482promoter 内 3748-3766 bp + 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69570717-69574197(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr05G002427 Chr05 NC_080391.1:26744831-26744849promoter 内 3743-3761 bp - 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26741180-26744591(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr06G002614 Chr06 NC_080392.1:37621947-37621965promoter 内 3707-3725 bp + 276 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37622241-37624381(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 CTTTCCTTTTCGGGACGTC
SmilChr06G000051 Chr06 NC_080392.1:418069-418087promoter 内 3696-3714 bp - 287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 412104-417782(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr01G004551 Chr01 NC_080387.1:63626481-63626499promoter 内 3694-3712 bp + 289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63623874-63626192(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr01G001036 Chr01 NC_080387.1:21551060-21551078promoter 内 3646-3664 bp - 337 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21551415-21557729(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr02G002978 Chr02 NC_080388.1:50333566-50333584promoter 内 3636-3654 bp - 347 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50333931-50336240(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr07G003042 Chr07 NC_080393.1:31519670-31519688promoter 内 3635-3653 bp + 348 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31517715-31519322(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr04G003812 Chr04 NC_080390.1:54272015-54272033promoter 内 3578-3596 bp - 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 54272438-54274329(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr02G003917 Chr02 NC_080388.1:61255395-61255413promoter 内 3554-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61252577-61254966(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GGTTTCCAAAAAAGAAAAA
SmilChr02G002870 Chr02 NC_080388.1:48889681-48889699promoter 内 3543-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48887838-48889241(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr05G003026 Chr05 NC_080391.1:37881368-37881386promoter 内 3512-3530 bp + 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37881857-37885266(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTAGGACGTT
SmilChr02G000040 Chr02 NC_080388.1:487712-487730promoter 内 3500-3518 bp + 483 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 483264-487229(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAGCCAAAAAAGGAAAC
SmilChr07G004055 Chr07 NC_080393.1:51860426-51860444promoter 内 3499-3517 bp + 484 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51857466-51859942(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAGCCAAAAAAGGAAAC
SmilChr01G005389 Chr01 NC_080387.1:71179020-71179038promoter 内 3496-3514 bp - 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71179525-71182556(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr08G000624 Chr08 NC_080394.1:4664532-4664550promoter 内 3480-3498 bp + 503 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4661610-4664029(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr08G002688 Chr08 NC_080394.1:26488461-26488479promoter 内 3465-3483 bp - 518 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 26488997-26493972(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr08G001694 Chr08 NC_080394.1:14181616-14181634promoter 内 3461-3479 bp - 522 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 14182156-14182794(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr05G001238 Chr05 NC_080391.1:10487164-10487182promoter 内 3453-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10482279-10486634(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 AGTTCCTTTTTTGGCAAAA
SmilChr08G000964 Chr08 NC_080394.1:7179178-7179196promoter 内 3398-3416 bp - 585 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7175200-7178593(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ATTTCCTTTTTTGGTGTCC
SmilChr06G000284 Chr06 NC_080392.1:1953989-1954007promoter 内 3363-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1950068-1953369(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr03G001729 Chr03 NC_080389.1:23243089-23243107promoter 内 3328-3346 bp + 655 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23241387-23242434(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr06G002706 Chr06 NC_080392.1:39063630-39063648promoter 内 3309-3327 bp - 674 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39064322-39069066(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 GACAACCCAAAAAGGAAAA
SmilChr07G002913 Chr07 NC_080393.1:29527513-29527531promoter 内 3297-3315 bp + 686 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29522730-29526827(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 ACATTCCAAAAAAGAAAAC
SmilChr02G004850 Chr02 NC_080388.1:70648927-70648945promoter 内 3292-3310 bp + 691 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70649636-70654261(+) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TTTTCCTTTTTGGGTTGTC
SmilChr01G000300 Chr01 NC_080387.1:5905455-5905473promoter 内 3223-3241 bp + 760 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 5900921-5904695(-) SMil_00008897-RA_Salv MP00508 TATGGCTCAAAAAGGAAAC
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