转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002937; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00004943-RA_Salv SmilChr07G002937 MIKC_MADS XP_057777490.1 MP00096 CCAAAAATGGAA

可能结合的靶基因

9914 个结合位点 8019 个候选靶基因 第 116 / 161 下载 TSV

上一页 116 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004380 Chr03 NC_080389.1:62021698-62021709promoter 内 1229-1240 bp + 2761 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 62016400-62018937(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr04G001750 Chr04 NC_080390.1:28824481-28824492promoter 内 1218-1229 bp - 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 28819593-28821709(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAACGGTA
SmilChr03G003842 Chr03 NC_080389.1:57543396-57543407promoter 内 1210-1221 bp - 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57546187-57552597(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr03G003837 Chr03 NC_080389.1:57516900-57516911promoter 内 1207-1218 bp - 2783 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57519694-57522590(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr02G001998 Chr02 NC_080388.1:36146795-36146806promoter 内 1176-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 36143542-36143981(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr02G004155 Chr02 NC_080388.1:63873527-63873538promoter 内 1102-1113 bp + 2888 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63869128-63870639(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCGTTTTTGG
SmilChr03G002086 Chr03 NC_080389.1:32135511-32135522promoter 内 1101-1112 bp - 2889 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32138411-32140303(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GTCCATTTTCGG
SmilChr01G003884 Chr01 NC_080387.1:57161271-57161282promoter 内 1061-1072 bp + 2929 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57164211-57166340(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAT
SmilChr03G000913 Chr03 NC_080389.1:10453649-10453660promoter 内 1044-1055 bp + 2946 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 10456606-10459868(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACTAAAATGGAA
SmilChr01G001764 Chr01 NC_080387.1:32422205-32422216promoter 内 1041-1052 bp + 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 32425165-32434625(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACTAAAATGGAA
SmilChr02G004686 Chr02 NC_080388.1:69181986-69181997promoter 内 1017-1028 bp - 2973 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 69170025-69179013(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAACGGTA
SmilChr03G003838 Chr03 NC_080389.1:57520792-57520803promoter 内 994-1005 bp - 2996 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57523799-57526567(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr01G002744 Chr01 NC_080387.1:45752291-45752302promoter 内 987-998 bp + 3003 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45755305-45757162(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAACGGTA
SmilChr02G002630 Chr02 NC_080388.1:45681146-45681157promoter 内 986-997 bp + 3004 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 45684161-45685721(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAACGGTA
SmilChr08G000782 Chr08 NC_080394.1:5764141-5764152promoter 内 984-995 bp + 3006 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5751986-5761135(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr08G000941 Chr08 NC_080394.1:7000022-7000033promoter 内 905-916 bp - 3085 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 7003118-7007212(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr01G001666 Chr01 NC_080387.1:30754000-30754011promoter 内 895-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 30748494-30750905(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCGAAAATGGAC
SmilChr01G001945 Chr01 NC_080387.1:34660907-34660918promoter 内 864-875 bp + 3126 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 34653462-34657781(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr01G006064 Chr01 NC_080387.1:76059952-76059963promoter 内 835-846 bp + 3155 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 76063118-76066924(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACTAAAATGGAA
SmilChr02G005031 Chr02 NC_080388.1:72029606-72029617promoter 内 785-796 bp + 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 72032822-72037578(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAT
SmilChr03G000407 Chr03 NC_080389.1:4434473-4434484promoter 内 754-765 bp - 3236 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 4420914-4431237(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAACGGTA
SmilChr03G003839 Chr03 NC_080389.1:57524796-57524807promoter 内 743-754 bp - 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57528054-57530559(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr05G004335 Chr05 NC_080391.1:57033824-57033835promoter 内 715-726 bp - 3275 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 57028778-57030549(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACTAAAATGGAA
SmilChr02G000425 Chr02 NC_080388.1:5429658-5429669promoter 内 712-723 bp + 3278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5424566-5426380(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCGTTTTTGG
SmilChr01G005081 Chr01 NC_080387.1:68680835-68680846promoter 内 601-612 bp + 3389 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 68671744-68677446(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr03G003324 Chr03 NC_080389.1:51498277-51498288promoter 内 522-533 bp - 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 51492990-51494809(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAT
SmilChr01G004522 Chr01 NC_080387.1:63349595-63349606promoter 内 441-452 bp + 3549 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 63342734-63346046(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCGTTTTTGG
SmilChr05G002407 Chr05 NC_080391.1:26582079-26582090promoter 内 440-451 bp + 3550 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 26575265-26578529(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCCTTTTTGG
SmilChr03G004712 Chr03 NC_080389.1:64378538-64378549promoter 内 402-413 bp + 3588 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 64372608-64374950(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TACCGTTTTTGG
SmilChr01G004745 Chr01 NC_080387.1:65631483-65631494promoter 内 347-358 bp - 3643 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 65626950-65627840(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAAGGGAT
SmilChr02G005316 Chr02 NC_080388.1:74050979-74050990promoter 内 336-347 bp + 3654 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 74044426-74047325(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr05G001315 Chr05 NC_080391.1:11317184-11317195promoter 内 327-338 bp - 3663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11320858-11323001(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr06G000641 Chr06 NC_080392.1:5670759-5670770promoter 内 311-322 bp + 3679 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 5660467-5667080(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GTCCATTTTCGG
SmilChr02G003000 Chr02 NC_080388.1:50673403-50673414promoter 内 309-320 bp - 3681 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 50677095-50677959(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr05G003502 Chr05 NC_080391.1:46676155-46676166promoter 内 291-302 bp - 3699 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 46679865-46686703(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
SmilChr05G002185 Chr05 NC_080391.1:23346654-23346665promoter 内 182-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 23333548-23342846(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ATCCCTTTTTGG
SmilChr07G001115 Chr07 NC_080393.1:8275212-8275223promoter 内 70-81 bp - 3920 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 8269897-8271292(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 CCAAAAACGGTA
SmilChr06G001128 Chr06 NC_080392.1:11337537-11337548promoter 内 58-69 bp + 3932 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.6/ 100 1 11333532-11333605(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 TTCCATTTTAGT
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SmilChr06G000784 Chr06 NC_080392.1:7352408-7352419promoter 内 1259-1270 bp - 2731 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 2 7348467-7349677(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAC
SmilChr04G001745 Chr04 NC_080390.1:28737877-28737888promoter 内 3922-3933 bp - 68 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 28737956-28740115(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GTCCATTTTTGT
SmilChr03G001154 Chr03 NC_080389.1:13319698-13319709promoter 内 3826-3837 bp - 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13316217-13319534(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAC
SmilChr05G000737 Chr05 NC_080391.1:5625484-5625495promoter 内 3788-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 5621468-5625282(-) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAC
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SmilChr05G001513 Chr05 NC_080391.1:13877706-13877717promoter 内 2795-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 13878912-13883130(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 ACAAAAATGGAC
SmilChr07G000233 Chr07 NC_080393.1:1508012-1508023promoter 内 2671-2682 bp - 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 1509342-1512772(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GTCCATTTTTGT
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SmilChr04G003143 Chr04 NC_080390.1:48006696-48006707promoter 内 1899-1910 bp - 2091 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.5/ 100 1 48008798-48014797(+) SMil_00004943-RA_Salv MP00096 GTCCATTTTTGT
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