转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 117 / 137 下载 TSV

上一页 117 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G003754 Chr08 NC_080394.1:42746249-42746263promoter 内 3463-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42742804-42745725(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCATTAAC
SmilChr01G000200 Chr01 NC_080387.1:3440716-3440730promoter 内 3455-3469 bp + 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3441262-3444125(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGACACGTCATTAAC
SmilChr01G004913 Chr01 NC_080387.1:67164365-67164379promoter 内 3453-3467 bp + 534 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67160618-67163831(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATTTTGACGTGTCG
SmilChr08G004115 Chr08 NC_080394.1:49997246-49997260promoter 内 3425-3439 bp - 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 49997822-50005385(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTGTTGACGTGGAC
SmilChr08G003727 Chr08 NC_080394.1:42037321-42037335promoter 内 3355-3369 bp + 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 42037967-42041329(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAGACACC
SmilChr02G003731 Chr02 NC_080388.1:58948813-58948827promoter 内 3329-3343 bp + 658 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 58942849-58948155(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAATTCACGTGGCA
SmilChr01G004282 Chr01 NC_080387.1:61046807-61046821promoter 内 3325-3339 bp + 662 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 61047483-61049109(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTATGATAT
SmilChr07G002038 Chr07 NC_080393.1:18483272-18483286promoter 内 3230-3244 bp - 757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18484043-18491416(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GACTTAGACGTGGCG
SmilChr05G001396 Chr05 NC_080391.1:12525517-12525531promoter 内 3216-3230 bp + 771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12526302-12531354(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGACACGTCATCTAG
SmilChr07G001885 Chr07 NC_080393.1:16315602-16315616promoter 内 3211-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 16316392-16316465(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTACACGTCACAAAT
SmilChr02G003545 Chr02 NC_080388.1:56610177-56610191promoter 内 3155-3169 bp + 832 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 56607424-56609345(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAATTCACGTGGCA
SmilChr05G002489 Chr05 NC_080391.1:27556947-27556961promoter 内 3100-3114 bp + 887 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 27553040-27556060(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CCCCCTGACGTGGCC
SmilChr07G000467 Chr07 NC_080393.1:3279769-3279783promoter 内 3058-3072 bp - 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3280712-3283468(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAATCGACGTGGCG
SmilChr04G002649 Chr04 NC_080390.1:41851858-41851872promoter 内 3027-3041 bp + 960 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 41852832-41853355(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTGAAAGAA
SmilChr02G002070 Chr02 NC_080388.1:37281965-37281979promoter 内 2943-2957 bp - 1044 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 37283023-37290216(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTAATTCACGTGGCA
SmilChr06G002043 Chr06 NC_080392.1:26706013-26706027promoter 内 2904-2918 bp - 1083 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 26707110-26710939(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCTTTGACGTGGCC
SmilChr01G005064 Chr01 NC_080387.1:68543064-68543078promoter 内 2841-2855 bp - 1146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 68537871-68541918(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTAGTTACT
SmilChr01G004853 Chr01 NC_080387.1:66712081-66712095promoter 内 2736-2750 bp - 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 66713346-66725072(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATATCATACGTGGCG
SmilChr03G004660 Chr03 NC_080389.1:64086676-64086690promoter 内 2710-2724 bp - 1277 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 64087967-64091188(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTGCAACACGTGGCA
SmilChr01G000524 Chr01 NC_080387.1:10700188-10700202promoter 内 2610-2624 bp + 1377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10701579-10702581(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGATTCT
SmilChr05G002183 Chr05 NC_080391.1:23315710-23315724promoter 内 2581-2595 bp - 1406 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 23310963-23314304(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCGAAAGT
SmilChr01G004707 Chr01 NC_080387.1:65175578-65175592promoter 内 2577-2591 bp - 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 65177002-65181214(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCTTTCACGTGGCG
SmilChr05G001409 Chr05 NC_080391.1:12705499-12705513promoter 内 2535-2549 bp - 1452 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 12698914-12704047(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTAGGATCT
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67468912-67468926promoter 内 2470-2484 bp - 1517 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 67470443-67473691(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAATCGACGTGGCG
SmilChr08G003121 Chr08 NC_080394.1:31504593-31504607promoter 内 2449-2463 bp - 1538 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 31506145-31507974(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACATGAGACGTGGAA
SmilChr06G002139 Chr06 NC_080392.1:29006646-29006660promoter 内 2373-2387 bp + 1614 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 29008274-29012212(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGACACGTCAACATT
SmilChr07G001225 Chr07 NC_080393.1:9384509-9384523promoter 内 2357-2371 bp + 1630 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9386153-9387172(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTATACAGT
SmilChr02G000620 Chr02 NC_080388.1:9143368-9143382promoter 内 2351-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 9145018-9145100(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGACACGTCATTAGT
SmilChr04G002075 Chr04 NC_080390.1:33495951-33495965promoter 内 2319-2333 bp + 1668 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33487235-33494283(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAAAATGACGTGTCA
SmilChr03G001619 Chr03 NC_080389.1:20658572-20658586promoter 内 2290-2304 bp - 1697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 20655934-20656875(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGAATTAA
SmilChr02G001068 Chr02 NC_080388.1:18996020-18996034promoter 内 2287-2301 bp + 1700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 18992446-18994320(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCTCTGACGTGTCT
SmilChr06G003281 Chr06 NC_080392.1:45367963-45367977promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 45361222-45366227(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCCCATCACGTGGCA
SmilChr08G003260 Chr08 NC_080394.1:33586698-33586712promoter 内 2206-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 33582202-33584917(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTGGAATTT
SmilChr01G000701 Chr01 NC_080387.1:15738472-15738486promoter 内 2148-2162 bp - 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15740325-15742184(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCTTTCACGTGGCG
SmilChr06G000392 Chr06 NC_080392.1:3129979-3129993promoter 内 2125-2139 bp - 1862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 3127253-3128117(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGTCGCGT
SmilChr08G002116 Chr08 NC_080394.1:19025803-19025817promoter 内 2087-2101 bp + 1900 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 19027717-19028748(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCGTGATT
SmilChr05G000677 Chr05 NC_080391.1:5175597-5175611promoter 内 2054-2068 bp + 1933 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 5171907-5173664(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CAGAAAGACGTGGCA
SmilChr05G002697 Chr05 NC_080391.1:30908883-30908897promoter 内 2035-2049 bp - 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 30910849-30913364(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACTTTCCACGTGGCC
SmilChr04G000852 Chr04 NC_080390.1:10770456-10770470promoter 内 1868-1882 bp - 2119 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 10772589-10778509(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCGAATACGTGGCA
SmilChr03G003578 Chr03 NC_080389.1:54389367-54389381promoter 内 1847-1861 bp + 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 54391521-54397746(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTCCACGTCGCAGCA
SmilChr08G001051 Chr08 NC_080394.1:8018491-8018505promoter 内 1847-1861 bp - 2140 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 8020645-8026281(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACGGTTGACGTGGAG
SmilChr08G001843 Chr08 NC_080394.1:15805364-15805378promoter 内 1841-1855 bp + 2146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 15807524-15814605(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGTCAACG
SmilChr08G001738 Chr08 NC_080394.1:14601474-14601488promoter 内 1822-1836 bp - 2165 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 14603653-14606241(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATCGGCGACGTGGAT
SmilChr07G000307 Chr07 NC_080393.1:2023014-2023028promoter 内 1754-1768 bp - 2233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 2019820-2020781(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTGTGATGT
SmilChr07G000886 Chr07 NC_080393.1:6352895-6352909promoter 内 1747-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 6348218-6350655(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAATTCCACGTGGCC
SmilChr05G000624 Chr05 NC_080391.1:4719960-4719974promoter 内 1645-1659 bp + 2342 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4722316-4723801(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCAAATTT
SmilChr01G005991 Chr01 NC_080387.1:75520408-75520422promoter 内 1566-1580 bp + 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75515833-75517987(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTTCATGACGTGGCT
SmilChr01G005995 Chr01 NC_080387.1:75549062-75549076promoter 内 1566-1580 bp - 2421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 75543753-75546641(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGCCACGTCATGAAA
SmilChr07G003338 Chr07 NC_080393.1:35767020-35767034promoter 内 1546-1560 bp - 2441 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 35758347-35764579(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTCCACGTCAACAAA
SmilChr07G000620 Chr07 NC_080393.1:4204886-4204900promoter 内 1434-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.9/ 100 1 4199689-4202333(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TTCCACGTCATTTAC