转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002757; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005037-RA_Salv SmilChr04G002757 MIKC_MADS XP_057807158.1 MP00272 ACTTTCCTTTTTTGG

可能结合的靶基因

9889 个结合位点 7172 个候选靶基因 第 119 / 144 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G003292 Chr05 NC_080391.1:43052865-43052879promoter 内 542-556 bp + 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 43046187-43049420(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAGATAAGGAAAGT
SmilChr04G002806 Chr04 NC_080390.1:43991175-43991189promoter 内 411-425 bp + 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 43982875-43987599(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAGATAAGGAAAGT
SmilChr02G002896 Chr02 NC_080388.1:49236259-49236273promoter 内 254-268 bp - 3733 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 2 49240006-49243113(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAGATAAGGAAAGT
SmilChr04G003099 Chr04 NC_080390.1:47586613-47586627promoter 内 3836-3850 bp + 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 47582813-47586462(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGGAAAAGGAAAAT
SmilChr01G003560 Chr01 NC_080387.1:54207053-54207067promoter 内 3821-3835 bp + 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 54203024-54206887(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAAAGTAATA
SmilChr06G000840 Chr06 NC_080392.1:7920188-7920202promoter 内 3734-3748 bp - 253 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 7920455-7936688(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGCAAAA
SmilChr01G002312 Chr01 NC_080387.1:40111477-40111491promoter 内 3669-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 40109167-40111159(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACTTTCCTTATATAG
SmilChr01G001112 Chr01 NC_080387.1:22735623-22735637promoter 内 3604-3618 bp - 383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 22734524-22735240(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTTTGCCTTTTTTAG
SmilChr01G004188 Chr01 NC_080387.1:60306775-60306789promoter 内 3544-3558 bp - 443 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 60307232-60320496(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CTGAAATAGGAAAGA
SmilChr03G001666 Chr03 NC_080389.1:21675659-21675673promoter 内 3540-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 21673326-21675212(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GACTACCTTTTTTGG
SmilChr04G003415 Chr04 NC_080390.1:50763034-50763048promoter 内 3244-3258 bp + 743 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 50763791-50764399(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 AATAGCCATTTTTGG
SmilChr01G003741 Chr01 NC_080387.1:55716811-55716825promoter 内 3072-3086 bp + 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55717740-55721386(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTGCTATTTTTGG
SmilChr05G001777 Chr05 NC_080391.1:17477215-17477229promoter 内 3057-3071 bp - 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 17475644-17476285(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GTTGTCCTTTTAGGG
SmilChr05G003230 Chr05 NC_080391.1:41462130-41462144promoter 内 3013-3027 bp - 974 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 41463118-41466014(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAGATAAGGAAAGT
SmilChr04G004012 Chr04 NC_080390.1:55420261-55420275promoter 内 2876-2890 bp - 1111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 55421386-55423157(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGCAGAC
SmilChr02G005508 Chr02 NC_080388.1:75198739-75198753promoter 内 2873-2887 bp - 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 75199867-75203331(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TCCAAAAAGGAAACA
SmilChr02G005027 Chr02 NC_080388.1:72012274-72012288promoter 内 2756-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 72013519-72015456(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGAGCAAAC
SmilChr06G000874 Chr06 NC_080392.1:8260304-8260318promoter 内 2736-2750 bp - 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 8261569-8265162(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGCAAAA
SmilChr05G003803 Chr05 NC_080391.1:51353050-51353064promoter 内 2657-2671 bp - 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 51354394-51354967(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACGAAAAAGGTAACT
SmilChr01G000207 Chr01 NC_080387.1:3616754-3616768promoter 内 2656-2670 bp - 1331 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 3611556-3615423(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 TTTTTCCTTATTTGT
SmilChr02G001818 Chr02 NC_080388.1:33061446-33061460promoter 内 2362-2376 bp - 1625 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33058999-33059821(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ATTTTCCTTTTCCAG
SmilChr02G001871 Chr02 NC_080388.1:33993619-33993633promoter 内 2269-2283 bp + 1718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 33990153-33991901(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTTATAAGGAAACC
SmilChr05G000033 Chr05 NC_080391.1:160702-160716promoter 内 2251-2265 bp + 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 156197-158966(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATGGCTATT
SmilChr04G003600 Chr04 NC_080390.1:52438194-52438208promoter 内 2109-2123 bp + 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 52435289-52436316(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACAAATAAGGAAAAA
SmilChr03G003477 Chr03 NC_080389.1:53308947-53308961promoter 内 2094-2108 bp - 1893 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53310854-53316655(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCTATAAAGGAAACC
SmilChr03G001107 Chr03 NC_080389.1:12755729-12755743promoter 内 1903-1917 bp + 2084 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 12757827-12758819(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CGTTTCCTTTCTGGG
SmilChr01G005594 Chr01 NC_080387.1:72571728-72571742promoter 内 1876-1890 bp + 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 72573853-72574621(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GACTACCTTTTTTGG
SmilChr03G002379 Chr03 NC_080389.1:37547816-37547830promoter 内 1768-1782 bp + 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37550049-37551242(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACATTCCTTTTTGGT
SmilChr04G002304 Chr04 NC_080390.1:37317787-37317801promoter 内 1752-1766 bp + 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37309996-37315552(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAAGGGGAAAT
SmilChr01G006066 Chr01 NC_080387.1:76069139-76069153promoter 内 1604-1618 bp - 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 76071536-76075726(+) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACGAAAGAGGAAAGT
SmilChr03G003476 Chr03 NC_080389.1:53308947-53308961promoter 内 1540-1554 bp - 2447 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 53300558-53306500(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GGTTTCCTTTATAGG
SmilChr03G002378 Chr03 NC_080389.1:37547816-37547830promoter 内 1520-1534 bp + 2467 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 37544591-37545349(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 ACCAAAAAGGAATGT
SmilChr02G003919 Chr02 NC_080388.1:61282679-61282693promoter 内 1324-1338 bp - 2663 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61277665-61280016(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GCTTTCCTCTTAAGG
SmilChr01G004364 Chr01 NC_080387.1:61841700-61841714promoter 内 1125-1139 bp - 2862 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 61834267-61838838(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 GATTTCCTTTTTTGT
SmilChr02G002514 Chr02 NC_080388.1:43643448-43643462promoter 内 1085-1099 bp + 2902 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.7/ 100 1 43638504-43640546(-) SMil_00005037-RA_Salv MP00272 CCAAAAATAGCAAAA
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