转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001365; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010780-RA_Salv SmilChr06G001365 SBP XP_057768799.1 MP00307 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9755 个结合位点 6893 个候选靶基因 第 119 / 138 下载 TSV

上一页 119 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G001714 Chr01 NC_080387.1:31609845-31609855promoter 内 2593-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 31605432-31608447(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr01G005583 Chr01 NC_080387.1:72530162-72530172promoter 内 2215-2225 bp - 1776 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 72527807-72528386(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCCC
SmilChr02G002560 Chr02 NC_080388.1:44531103-44531113promoter 内 2041-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 44525291-44529153(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G004835 Chr01 NC_080387.1:66486308-66486318promoter 内 1974-1984 bp - 2017 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 66481641-66484291(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr01G002050 Chr01 NC_080387.1:36315579-36315589promoter 内 1756-1766 bp - 2235 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 36317824-36318761(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr02G000646 Chr02 NC_080388.1:9761406-9761416promoter 内 1723-1733 bp - 2268 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 9763684-9767184(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr03G002945 Chr03 NC_080389.1:46196436-46196446promoter 内 1705-1715 bp + 2286 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 46191717-46194150(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G005649 Chr01 NC_080387.1:72880033-72880043promoter 内 1428-1438 bp - 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 72882606-72884279(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G004836 Chr01 NC_080387.1:66486950-66486960promoter 内 1250-1260 bp + 2741 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 66489701-66500904(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr01G001877 Chr01 NC_080387.1:33776447-33776457promoter 内 1153-1163 bp - 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 33779295-33780586(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G001921 Chr01 NC_080387.1:34333258-34333268promoter 内 1123-1133 bp - 2868 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 34336136-34337437(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G005569 Chr01 NC_080387.1:72530162-72530172promoter 内 950-960 bp - 3041 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 72469292-72527121(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCCC
SmilChr01G005648 Chr01 NC_080387.1:72880033-72880043promoter 内 792-802 bp - 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 72875921-72876834(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr03G000219 Chr03 NC_080389.1:2529211-2529221promoter 内 324-334 bp + 3667 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 2532888-2534832(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr02G004483 Chr02 NC_080388.1:67299299-67299309promoter 内 323-333 bp + 3668 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 2 67302977-67307054(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr03G000982 Chr03 NC_080389.1:11111724-11111734promoter 内 3989-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11111736-11114161(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr03G003037 Chr03 NC_080389.1:47272843-47272853promoter 内 3973-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47272871-47274909(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr02G005154 Chr02 NC_080388.1:72907075-72907085promoter 内 3969-3979 bp + 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72907107-72915812(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTACG
SmilChr02G002519 Chr02 NC_080388.1:43734519-43734529promoter 内 3967-3977 bp + 24 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 43728294-43734495(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr01G003737 Chr01 NC_080387.1:55699329-55699339promoter 内 3962-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55699368-55701398(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTACG
SmilChr02G002317 Chr02 NC_080388.1:40781760-40781770promoter 内 3934-3944 bp - 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40781827-40786616(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr02G004956 Chr02 NC_080388.1:71507947-71507957promoter 内 3916-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 71505615-71507872(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GGGAGTACAAT
SmilChr03G002506 Chr03 NC_080389.1:39909077-39909087promoter 内 3913-3923 bp + 78 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39907835-39908999(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr03G001194 Chr03 NC_080389.1:13753075-13753085promoter 内 3907-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13753169-13757650(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr02G002071 Chr02 NC_080388.1:37296584-37296594promoter 内 3901-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37296684-37298030(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr03G002454 Chr03 NC_080389.1:38899503-38899513promoter 内 3884-3894 bp - 107 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 38897591-38899396(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr01G005639 Chr01 NC_080387.1:72826093-72826103promoter 内 3876-3886 bp + 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72826218-72828525(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 TTTGTACGCGC
SmilChr01G000782 Chr01 NC_080387.1:17030802-17030812promoter 内 3875-3885 bp + 116 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 17030928-17036273(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr02G004238 Chr02 NC_080388.1:64560587-64560597promoter 内 3870-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64558095-64560466(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G004575 Chr01 NC_080387.1:63797808-63797818promoter 内 3856-3866 bp + 135 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 63793365-63797673(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G003120 Chr01 NC_080387.1:50020908-50020918promoter 内 3848-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 50021061-50021720(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTCAT
SmilChr01G003906 Chr01 NC_080387.1:57351129-57351139promoter 内 3817-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57351313-57354688(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G003924 Chr01 NC_080387.1:57495292-57495302promoter 内 3817-3827 bp - 174 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 57495476-57498897(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
SmilChr01G005618 Chr01 NC_080387.1:72680198-72680208promoter 内 3816-3826 bp - 175 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72677249-72680023(-) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATTGTACTACG
SmilChr03G002628 Chr03 NC_080389.1:41710483-41710493promoter 内 3791-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 41710693-41718773(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 GTTGTACGCCA
SmilChr02G000873 Chr02 NC_080388.1:15058217-15058227promoter 内 3779-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 15058439-15063644(+) SMil_00010780-RA_Salv MP00307 ATGAGTACAAT
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