转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002277; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003292-RA_Salv SmilChr05G002277 ERF XP_057809665.1 MP00452 TCTTTGCCGACATCA

可能结合的靶基因

7783 个结合位点 6671 个候选靶基因 第 12 / 134 下载 TSV

上一页 12 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005530 Chr01 NC_080387.1:72161149-72161163promoter 内 3517-3531 bp - 470 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72157631-72160679(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATTGCCGACATGA
SmilChr06G003058 Chr06 NC_080392.1:43471499-43471513promoter 内 3412-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 43472088-43474106(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGTTGTCGGCGAGGG
SmilChr06G000912 Chr06 NC_080392.1:8635287-8635301promoter 内 3259-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 8633747-8634559(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCGTTGT
SmilChr03G003035 Chr03 NC_080389.1:47254492-47254506promoter 内 3104-3118 bp + 883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 47255389-47259511(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCCTTGCCGACATTC
SmilChr01G006130 Chr01 NC_080387.1:76821185-76821199promoter 内 3072-3086 bp - 915 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 76822114-76825762(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CGATGTCGGTCGCCA
SmilChr08G002441 Chr08 NC_080394.1:23240145-23240159promoter 内 2869-2883 bp + 1118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 23233746-23239027(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGCGCTGC
SmilChr01G001174 Chr01 NC_080387.1:23797751-23797765promoter 内 2847-2861 bp + 1140 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 23798905-23802993(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCGCGCCGACATCT
SmilChr08G001510 Chr08 NC_080394.1:12245808-12245822promoter 内 2842-2856 bp + 1145 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 12246967-12249263(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTTTGCCGACATGC
SmilChr01G005081 Chr01 NC_080387.1:68678699-68678713promoter 内 2734-2748 bp - 1253 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68671744-68677446(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTTTGGCCGACATGA
SmilChr06G002858 Chr06 NC_080392.1:41368348-41368362promoter 内 2143-2157 bp - 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 41370206-41373213(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGATGTCGGTGACAA
SmilChr01G003326 Chr01 NC_080387.1:51937788-51937802promoter 内 2137-2151 bp - 1850 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 51939652-51942423(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CTGTGTCGGCGGCGC
SmilChr01G004248 Chr01 NC_080387.1:60785926-60785940promoter 内 2114-2128 bp + 1873 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60783001-60784053(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCGCCAT
SmilChr04G001211 Chr04 NC_080390.1:18776849-18776863promoter 内 2060-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 18778790-18793900(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGTTGCCGACAACG
SmilChr05G004224 Chr05 NC_080391.1:56081996-56082010promoter 内 2003-2017 bp - 1984 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 56078659-56080012(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGGTGGCCGACATCA
SmilChr08G000471 Chr08 NC_080394.1:3351415-3351429promoter 内 1446-1460 bp - 2541 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3353970-3354995(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGCACGGA
SmilChr01G001170 Chr01 NC_080387.1:23797751-23797765promoter 内 1186-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 23750700-23794950(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCGCGGT
SmilChr02G000189 Chr02 NC_080388.1:2358002-2358016promoter 内 1034-1048 bp + 2953 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2360969-2364496(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ACCGCGCCGACATCT
SmilChr01G005276 Chr01 NC_080387.1:70177022-70177036promoter 内 745-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 70180278-70183704(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TGATGTCGGTGGCTT
SmilChr07G000492 Chr07 NC_080393.1:3430614-3430628promoter 内 693-707 bp - 3294 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3426124-3427320(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCGATGCCGACATCT
SmilChr02G003719 Chr02 NC_080388.1:58804370-58804384promoter 内 342-356 bp + 3645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 58808029-58810717(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 ATGGCGCCGACATGG
SmilChr02G004159 Chr02 NC_080388.1:63913706-63913720promoter 内 223-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 63905106-63909942(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TCATGTCGGCAGCCA
SmilChr05G001486 Chr05 NC_080391.1:13625113-13625127promoter 内 3680-3694 bp + 307 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 13620632-13624806(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AGATGTCGGCAGATG
SmilChr05G003056 Chr05 NC_080391.1:38380625-38380639promoter 内 3406-3420 bp - 581 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 38381220-38381576(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCATGTCGGCGTCCA
SmilChr01G002796 Chr01 NC_080387.1:46454953-46454967promoter 内 3112-3126 bp + 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 46455842-46458021(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 TTACCGCCGACATGC
SmilChr08G001405 Chr08 NC_080394.1:11259975-11259989promoter 内 2275-2289 bp + 1712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 11261701-11261772(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 AAGTCGCCGACATCT
SmilChr08G002683 Chr08 NC_080394.1:26415658-26415672promoter 内 1466-1480 bp - 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 26410731-26413137(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GTATCACCGACATCG
SmilChr05G000221 Chr05 NC_080391.1:1733105-1733119promoter 内 924-938 bp + 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 1727623-1730042(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCAACGG
SmilChr04G003915 Chr04 NC_080390.1:54861307-54861321promoter 内 112-126 bp - 3875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 3 54865196-54868355(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CAATGTCGGCCGAGA
SmilChr01G000505 Chr01 NC_080387.1:10224761-10224775promoter 内 3790-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 10222400-10224564(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGATGG
SmilChr07G001852 Chr07 NC_080393.1:16055403-16055417promoter 内 3609-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 16049383-16055025(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTAA
SmilChr01G000504 Chr01 NC_080387.1:10215279-10215293promoter 内 3552-3566 bp + 435 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 10212918-10214844(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GGGTGTCGGCGATGG
SmilChr04G000457 Chr04 NC_080390.1:4846862-4846876promoter 内 3467-3481 bp + 520 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 4843351-4846342(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTAA
SmilChr06G003028 Chr06 NC_080392.1:43121871-43121885promoter 内 3079-3093 bp + 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 43117880-43120963(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTAA
SmilChr04G000294 Chr04 NC_080390.1:2747896-2747910promoter 内 3065-3079 bp + 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 2738606-2746974(-) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTAA
SmilChr05G004041 Chr05 NC_080391.1:54386780-54386794promoter 内 2598-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 54388183-54390280(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 GCATGTCGGCGGTAA
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SmilChr08G000538 Chr08 NC_080394.1:3916550-3916564promoter 内 964-978 bp + 3023 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 3919587-3928432(+) SMil_00003292-RA_Salv MP00452 CCTCCGCCGACAACC