转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 124 / 164 下载 TSV

上一页 124 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001698 Chr02 NC_080388.1:31291398-31291412promoter 内 1609-1623 bp + 2378 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 31293790-31297449(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CAGTTGGTTGTTGTG
SmilChr06G001085 Chr06 NC_080392.1:10848063-10848077promoter 内 1599-1613 bp - 2388 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10850465-10854304(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGCAACTACCAATTC
SmilChr04G000158 Chr04 NC_080390.1:1384431-1384445promoter 内 1541-1555 bp + 2446 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 1379306-1381985(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr01G001827 Chr01 NC_080387.1:33216303-33216317promoter 内 1538-1552 bp + 2449 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33207252-33213854(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr07G001321 Chr07 NC_080393.1:10150551-10150565promoter 内 1526-1540 bp + 2461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 10144583-10148090(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTAATTCCAA
SmilChr07G001286 Chr07 NC_080393.1:9903281-9903295promoter 内 1511-1525 bp + 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9899737-9900805(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr01G004204 Chr01 NC_080387.1:60493278-60493292promoter 内 1506-1520 bp - 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 60495773-60497387(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCAACTACCAAAAT
SmilChr03G004351 Chr03 NC_080389.1:61755183-61755197promoter 内 1504-1518 bp - 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 61757680-61758356(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr02G004673 Chr02 NC_080388.1:69098241-69098255promoter 内 1500-1514 bp - 2487 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 69091695-69095754(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATTAAGGTAGGTTTG
SmilChr02G003804 Chr02 NC_080388.1:59661127-59661141promoter 内 1429-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 59663699-59667162(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTCGAAGTAGGTGAC
SmilChr05G004004 Chr05 NC_080391.1:53949452-53949466promoter 内 1426-1440 bp - 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53952027-53953751(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr05G002870 Chr05 NC_080391.1:34396517-34396531promoter 内 1374-1388 bp - 2613 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 34392959-34393904(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr04G002947 Chr04 NC_080390.1:45798583-45798597promoter 内 1372-1386 bp + 2615 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 45801212-45802033(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr04G001231 Chr04 NC_080390.1:19344416-19344430promoter 内 1338-1352 bp + 2649 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 19347079-19348048(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr02G003146 Chr02 NC_080388.1:52483826-52483840promoter 内 1294-1308 bp + 2693 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 52480406-52481133(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCACCTACTCACTT
SmilChr07G001214 Chr07 NC_080393.1:9282306-9282320promoter 内 1269-1283 bp - 2718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 9273841-9279588(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCAATGGTAGGTGTT
SmilChr05G001007 Chr05 NC_080391.1:8271329-8271343promoter 内 1259-1273 bp - 2728 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8274071-8277762(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCAATCA
SmilChr08G001452 Chr08 NC_080394.1:11686200-11686214promoter 内 1255-1269 bp + 2732 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11688946-11692857(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ATCGTGTTAGGTGAC
SmilChr02G000774 Chr02 NC_080388.1:12719482-12719496promoter 内 1253-1267 bp - 2734 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 12714141-12716748(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GTTCTGGTAGGTATA
SmilChr05G003760 Chr05 NC_080391.1:50831583-50831597promoter 内 1240-1254 bp - 2747 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 50827640-50828836(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr05G001006 Chr05 NC_080391.1:8243580-8243594promoter 内 1177-1191 bp - 2810 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 8246404-8248998(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACAACCTACCAATCA
SmilChr03G001985 Chr03 NC_080389.1:29030609-29030623promoter 内 1168-1182 bp - 2819 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29033442-29034056(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACTGAAAT
SmilChr03G001154 Chr03 NC_080389.1:13322358-13322372promoter 内 1163-1177 bp + 2824 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 13316217-13319534(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr05G002930 Chr05 NC_080391.1:35312950-35312964promoter 内 1116-1130 bp - 2871 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 35308586-35310079(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr01G001844 Chr01 NC_080387.1:33402169-33402183promoter 内 1096-1110 bp + 2891 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 33396188-33399278(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACTAGAAT
SmilChr07G003610 Chr07 NC_080393.1:42338071-42338085promoter 内 1079-1093 bp - 2908 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 42340993-42347296(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTAACCTACCGTCAT
SmilChr01G003500 Chr01 NC_080387.1:53603397-53603411promoter 内 1048-1062 bp - 2939 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 53596876-53600458(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACTTGGTAGTTAGG
SmilChr06G001154 Chr06 NC_080392.1:11679310-11679324promoter 内 1044-1058 bp - 2943 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11682267-11683487(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTTAAAT
SmilChr06G001157 Chr06 NC_080392.1:11748694-11748708promoter 内 1042-1056 bp - 2945 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 11751653-11752870(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TACACCTACTTAAAT
SmilChr07G000157 Chr07 NC_080393.1:937287-937301promoter 内 1021-1035 bp - 2966 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 940267-942214(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACAACTACCAAGGC
SmilChr08G002093 Chr08 NC_080394.1:18830079-18830093promoter 内 1005-1019 bp + 2982 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 18826561-18827097(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 ACCACCTACTTCTAC
SmilChr01G001525 Chr01 NC_080387.1:29214842-29214856promoter 内 1004-1018 bp + 2983 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 29209008-29211859(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr04G002594 Chr04 NC_080390.1:41366270-41366284promoter 内 1000-1014 bp - 2987 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 41369271-41371661(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGCAACTACCAAGAA
SmilChr02G001630 Chr02 NC_080388.1:30257277-30257291promoter 内 907-921 bp + 3080 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 30260371-30268091(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TGATTGGTAGGTTGT
SmilChr03G002517 Chr03 NC_080389.1:40101810-40101824promoter 内 891-905 bp + 3096 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40097042-40098714(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCTAACTACCAAGTG
SmilChr03G002516 Chr03 NC_080389.1:40034444-40034458promoter 内 881-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.4/ 100 1 40029942-40031338(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AATTAAGTAGGTGGT
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