转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 125 / 128 下载 TSV

上一页 125 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005198 Chr02 NC_080388.1:73245044-73245055promoter 内 542-553 bp + 3448 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 73248503-73250639(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAGAT
SmilChr01G000661 Chr01 NC_080387.1:14739884-14739895promoter 内 511-522 bp + 3479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14734474-14736405(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTGTTT
SmilChr01G004808 Chr01 NC_080387.1:66303564-66303575promoter 内 450-461 bp - 3540 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 66295259-66300024(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAGAT
SmilChr01G003938 Chr01 NC_080387.1:57712187-57712198promoter 内 445-456 bp - 3545 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57706030-57708642(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAAAGAT
SmilChr02G000949 Chr02 NC_080388.1:16498213-16498224promoter 内 414-425 bp - 3576 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 16501800-16512624(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TACTCTGTTACA
SmilChr01G005535 Chr01 NC_080387.1:72180159-72180170promoter 内 404-415 bp + 3586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 72183756-72186006(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGCGCA
SmilChr02G002037 Chr02 NC_080388.1:36662444-36662455promoter 内 397-408 bp + 3593 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36666048-36673497(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr01G003583 Chr01 NC_080387.1:54391900-54391911promoter 内 371-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 54395530-54401672(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr03G000348 Chr03 NC_080389.1:3912738-3912749promoter 内 341-352 bp + 3649 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3916398-3917393(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGGGCA
SmilChr02G003425 Chr02 NC_080388.1:55452200-55452211promoter 内 303-314 bp - 3687 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 55455898-55457804(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGTGTTT
SmilChr01G001826 Chr01 NC_080387.1:33224267-33224278promoter 内 290-301 bp - 3700 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 33201879-33220567(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAACACAGAGCA
SmilChr01G006153 Chr01 NC_080387.1:77000662-77000673promoter 内 231-242 bp + 3759 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 76973223-76996903(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATCTTTGTTTTT
SmilChr02G005468 Chr02 NC_080388.1:74959959-74959970promoter 内 220-231 bp + 3770 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74963740-74965999(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr02G002025 Chr02 NC_080388.1:36480189-36480200promoter 内 207-218 bp - 3783 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 36467687-36476406(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGAA
SmilChr01G004273 Chr01 NC_080387.1:60967160-60967171promoter 内 194-205 bp + 3796 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60970967-60974633(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTAAACAGAGCT
SmilChr01G005896 Chr01 NC_080387.1:74876123-74876134promoter 内 170-181 bp - 3820 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74879954-74880883(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr02G003725 Chr02 NC_080388.1:58870471-58870482promoter 内 85-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58874387-58885251(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr01G000886 Chr01 NC_080387.1:18922776-18922787promoter 内 50-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 18926727-18927868(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ATAAACAGAGAT
SmilChr02G000096 Chr02 NC_080388.1:1264772-1264783promoter 内 41-52 bp + 3949 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1256990-1260823(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GTCTCTGTTATT
SmilChr01G005498 Chr01 NC_080387.1:71875538-71875549promoter 内 18-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71879521-71881653(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TTCTCTGTTTAA
SmilChr01G000656 Chr01 NC_080387.1:14619466-14619477promoter 内 3935-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14614324-14619411(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr01G005939 Chr01 NC_080387.1:75132743-75132754promoter 内 3724-3735 bp + 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75131935-75132477(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CGCTCTGTACTC
SmilChr02G003347 Chr02 NC_080388.1:54681774-54681785promoter 内 3524-3535 bp - 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 54682251-54684804(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr02G004447 Chr02 NC_080388.1:66824193-66824204promoter 内 3453-3464 bp + 537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 66816892-66823656(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr02G003973 Chr02 NC_080388.1:61910422-61910433promoter 内 3404-3415 bp + 586 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61907885-61909836(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr02G003108 Chr02 NC_080388.1:52070226-52070237promoter 内 3354-3365 bp - 636 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52070873-52071691(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr01G005931 Chr01 NC_080387.1:75082072-75082083promoter 内 3273-3284 bp + 717 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75082800-75084372(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAGTACAGAGCG
SmilChr01G005938 Chr01 NC_080387.1:75117439-75117450promoter 内 3251-3262 bp + 739 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 75118189-75119802(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAGTACAGAGCG
SmilChr01G005909 Chr01 NC_080387.1:74947770-74947781promoter 内 3214-3225 bp + 776 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74948557-74950133(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAGTACAGAGCG
SmilChr01G002111 Chr01 NC_080387.1:37159291-37159302promoter 内 3012-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 37160280-37163308(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr01G001240 Chr01 NC_080387.1:24797690-24797701promoter 内 2999-3010 bp - 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24798692-24798797(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr02G001347 Chr02 NC_080388.1:25178986-25178997promoter 内 2999-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 25177889-25177995(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr03G001883 Chr03 NC_080389.1:26220351-26220362promoter 内 2999-3010 bp + 991 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 26219255-26219360(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr02G000350 Chr02 NC_080388.1:4523469-4523480promoter 内 2949-2960 bp - 1041 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4524521-4525545(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGCTCTGCACTG
SmilChr01G002766 Chr01 NC_080387.1:46057684-46057695promoter 内 2647-2658 bp + 1343 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 46051009-46056341(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AACTCTGTTATT
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