转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G002543; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020892-RA_Salv SmilChr08G002543 bZIP XP_057778423.1 MP00303 ACCAGCTGTCA

可能结合的靶基因

9868 个结合位点 7416 个候选靶基因 第 126 / 149 下载 TSV

上一页 126 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G002981 Chr05 NC_080391.1:36334894-36334904promoter 内 3037-3047 bp + 954 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 36335858-36343342(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCG
SmilChr02G003310 Chr02 NC_080388.1:54349669-54349679promoter 内 2934-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54350736-54351601(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCG
SmilChr01G001892 Chr01 NC_080387.1:34039493-34039503promoter 内 2931-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 34040563-34041389(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCG
SmilChr02G002814 Chr02 NC_080388.1:48195154-48195164promoter 内 2929-2939 bp + 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48196226-48197047(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCG
SmilChr02G005537 Chr02 NC_080388.1:75409273-75409283promoter 内 2909-2919 bp - 1082 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 75404654-75408191(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCT
SmilChr01G000335 Chr01 NC_080387.1:6829275-6829285promoter 内 2902-2912 bp + 1089 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 6830374-6831466(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCT
SmilChr03G002998 Chr03 NC_080389.1:46798584-46798594promoter 内 2899-2909 bp - 1092 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46795834-46797492(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCCC
SmilChr03G000086 Chr03 NC_080389.1:991802-991812promoter 内 2860-2870 bp - 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 989522-990671(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCG
SmilChr04G002981 Chr04 NC_080390.1:46237159-46237169promoter 内 2772-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 46238388-46242612(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCCC
SmilChr07G000640 Chr07 NC_080393.1:4317210-4317220promoter 内 2700-2710 bp - 1291 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 4312094-4315919(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCG
SmilChr02G002812 Chr02 NC_080388.1:48176969-48176979promoter 内 2605-2615 bp + 1386 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 48178365-48180165(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCG
SmilChr04G000492 Chr04 NC_080390.1:5367174-5367184promoter 内 2518-2528 bp - 1473 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 5364503-5365701(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCG
SmilChr03G000832 Chr03 NC_080389.1:9557127-9557137promoter 内 2460-2470 bp - 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9548359-9555596(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCT
SmilChr02G005357 Chr02 NC_080388.1:74306997-74307007promoter 内 2152-2162 bp + 1839 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 74302413-74305158(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTAAG
SmilChr02G003309 Chr02 NC_080388.1:54349669-54349679promoter 内 2051-2061 bp + 1940 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 54345754-54347729(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTATA
SmilChr05G003102 Chr05 NC_080391.1:39421356-39421366promoter 内 2029-2039 bp - 1962 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 39423328-39425985(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATC
SmilChr07G003065 Chr07 NC_080393.1:32155059-32155069promoter 内 1934-1944 bp + 2057 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 32150444-32153002(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr02G001617 Chr02 NC_080388.1:30119757-30119767promoter 内 1880-1890 bp - 2111 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 30116256-30117646(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCG
SmilChr03G003780 Chr03 NC_080389.1:56932650-56932660promoter 内 1812-1822 bp + 2179 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 56928008-56930471(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTATA
SmilChr01G004633 Chr01 NC_080387.1:64355323-64355333promoter 内 1811-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64357513-64358550(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr01G003724 Chr01 NC_080387.1:55560670-55560680promoter 内 1715-1725 bp + 2276 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55553418-55558394(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATC
SmilChr03G000823 Chr03 NC_080389.1:9428263-9428273promoter 内 1696-1706 bp - 2295 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9424805-9425968(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCT
SmilChr01G002375 Chr01 NC_080387.1:40961000-40961010promoter 内 1626-1636 bp - 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 40963375-40970669(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTATA
SmilChr05G001140 Chr05 NC_080391.1:9534251-9534261promoter 内 1429-1439 bp - 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 9529481-9531689(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCCC
SmilChr03G001134 Chr03 NC_080389.1:13072066-13072076promoter 内 1387-1397 bp - 2604 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13074680-13077615(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr04G003987 Chr04 NC_080390.1:55293406-55293416promoter 内 1370-1380 bp - 2621 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 55296037-55297756(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr03G000973 Chr03 NC_080389.1:11021092-11021102promoter 内 1356-1366 bp + 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11023737-11029542(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GATAGCTGTCT
SmilChr05G001454 Chr05 NC_080391.1:13289243-13289253promoter 内 1218-1228 bp - 2773 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13284606-13286470(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCC
SmilChr01G005520 Chr01 NC_080387.1:72012838-72012848promoter 内 1184-1194 bp + 2807 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 72007360-72010031(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CGACAGCTATA
SmilChr02G002411 Chr02 NC_080388.1:42088046-42088056promoter 内 1010-1020 bp - 2981 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 42084993-42085065(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCG
SmilChr03G000971 Chr03 NC_080389.1:11021092-11021102promoter 内 1003-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 11017998-11018104(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AGACAGCTATC
SmilChr06G002588 Chr06 NC_080392.1:37089700-37089710promoter 内 919-929 bp - 3072 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 37082597-37086628(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 AATAGCTGTCC
SmilChr07G000154 Chr07 NC_080393.1:940540-940550promoter 内 802-812 bp + 3189 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 907677-937351(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr07G002561 Chr07 NC_080393.1:24354502-24354512promoter 内 795-805 bp + 3196 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 24349118-24351306(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGACAGCTATT
SmilChr07G000998 Chr07 NC_080393.1:7253523-7253533promoter 内 762-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 7256762-7262435(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr04G001303 Chr04 NC_080390.1:20727581-20727591promoter 内 685-695 bp + 3306 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 20730897-20748029(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TATAGCTGTCG
SmilChr05G001688 Chr05 NC_080391.1:16024198-16024208promoter 内 599-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 16019380-16020806(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr04G001732 Chr04 NC_080390.1:28564382-28564392promoter 内 583-593 bp - 3408 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 28558171-28560974(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CTTAGCTGTCG
SmilChr01G004631 Chr01 NC_080387.1:64355323-64355333promoter 内 552-562 bp - 3439 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 64349703-64351884(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GCCAGCTGCCC
SmilChr04G003322 Chr04 NC_080390.1:49966521-49966531promoter 内 482-492 bp + 3509 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 49958649-49963012(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr03G001133 Chr03 NC_080389.1:13077316-13077326promoter 内 357-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 13071779-13073682(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr04G003068 Chr04 NC_080390.1:47211487-47211497promoter 内 300-310 bp - 3691 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.2/ 100 1 47215188-47223158(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGC
SmilChr04G004182 Chr04 NC_080390.1:56396456-56396466promoter 内 3544-3554 bp - 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 56394557-56396009(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCCC
SmilChr07G000397 Chr07 NC_080393.1:2741089-2741099promoter 内 3371-3381 bp - 620 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 2741719-2747399(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGGA
SmilChr04G003486 Chr04 NC_080390.1:51307613-51307623promoter 内 928-938 bp - 3063 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 51310686-51313740(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGGA
SmilChr07G000396 Chr07 NC_080393.1:2741089-2741099promoter 内 557-567 bp - 3434 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 2 2736649-2737655(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 TCCAGCTGTAT
SmilChr03G003421 Chr03 NC_080389.1:52543900-52543910promoter 内 3959-3969 bp - 32 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 52543942-52546964(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGGA
SmilChr01G005178 Chr01 NC_080387.1:69515750-69515760promoter 内 3900-3910 bp - 91 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 69512361-69515659(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 CCCAGCTGCCC
SmilChr01G005853 Chr01 NC_080387.1:74482692-74482702promoter 内 3752-3762 bp - 239 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 74482941-74485901(+) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 ATACAGCTGGA
SmilChr01G002305 Chr01 NC_080387.1:39945931-39945941promoter 内 3746-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 92.1/ 100 1 39941461-39945686(-) SMil_00020892-RA_Salv MP00303 GGGCAGCTGGG