转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G001980; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003923-RA_Salv SmilChr05G001980 ARF XP_057766076.1 MP00153 GCCGACAAAA

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 6534 个候选靶基因 第 130 / 131 下载 TSV

上一页 130 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G001723 Chr02 NC_080388.1:31702741-31702750promoter 内 2062-2071 bp + 1930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31699763-31700811(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr01G000702 Chr01 NC_080387.1:15748208-15748217promoter 内 1942-1951 bp + 2050 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15745337-15746158(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGTA
SmilChr02G000567 Chr02 NC_080388.1:7990336-7990345promoter 内 1889-1898 bp + 2103 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7992448-7995052(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr02G004799 Chr02 NC_080388.1:70198026-70198035promoter 内 1755-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70188690-70195789(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TACGACAAAG
SmilChr02G000590 Chr02 NC_080388.1:8459798-8459807promoter 内 1682-1691 bp - 2310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8462117-8462620(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr02G001181 Chr02 NC_080388.1:21700826-21700835promoter 内 1674-1683 bp + 2318 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21703153-21705194(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TACGACAAAG
SmilChr02G004067 Chr02 NC_080388.1:62959616-62959625promoter 内 1427-1436 bp - 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 62950342-62957051(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TACGACAAAG
SmilChr02G000566 Chr02 NC_080388.1:7990336-7990345promoter 内 1351-1360 bp + 2641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 7980525-7987695(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr01G002813 Chr01 NC_080387.1:46687684-46687693promoter 内 1211-1220 bp + 2781 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46680753-46684903(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr02G005494 Chr02 NC_080388.1:75102182-75102191promoter 内 1143-1152 bp + 2849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75097484-75099333(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr01G000476 Chr01 NC_080387.1:9704839-9704848promoter 内 985-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9707855-9708570(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr02G004671 Chr02 NC_080388.1:69073403-69073412promoter 内 985-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 69065789-69070396(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr01G001163 Chr01 NC_080387.1:23621277-23621286promoter 内 978-987 bp - 3014 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 23617057-23618263(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr02G002191 Chr02 NC_080388.1:39142860-39142869promoter 内 976-985 bp - 3016 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 39136070-39139844(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TACGACAAAG
SmilChr01G005493 Chr01 NC_080387.1:71855837-71855846promoter 内 972-981 bp - 3020 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71850644-71852817(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TACGACAAAG
SmilChr01G005495 Chr01 NC_080387.1:71855837-71855846promoter 内 952-961 bp - 3040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 71858886-71862240(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGTA
SmilChr01G005628 Chr01 NC_080387.1:72743441-72743450promoter 内 909-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 72738344-72740358(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr01G000094 Chr01 NC_080387.1:1697325-1697334promoter 内 761-770 bp - 3231 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1684452-1694094(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr02G001762 Chr02 NC_080388.1:32374154-32374163promoter 内 661-670 bp - 3331 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 32370276-32370823(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr02G001356 Chr02 NC_080388.1:25343585-25343594promoter 内 613-622 bp + 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 25338398-25340206(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr01G004510 Chr01 NC_080387.1:63192823-63192832promoter 内 581-590 bp + 3411 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63184665-63189412(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr01G003174 Chr01 NC_080387.1:50542256-50542265promoter 内 494-503 bp - 3498 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50545763-50553870(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGTA
SmilChr02G003620 Chr02 NC_080388.1:57499685-57499694promoter 内 491-500 bp - 3501 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 57494061-57496184(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr01G003181 Chr01 NC_080387.1:50596517-50596526promoter 内 465-474 bp + 3527 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 50587005-50592990(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr02G004479 Chr02 NC_080388.1:67217351-67217360promoter 内 400-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67220952-67222163(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr02G005505 Chr02 NC_080388.1:75183708-75183717promoter 内 373-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 75174159-75180089(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr01G001975 Chr01 NC_080387.1:35166307-35166316promoter 内 342-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35160349-35162657(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr01G001543 Chr01 NC_080387.1:29439231-29439240promoter 内 302-311 bp + 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 29442930-29445692(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr01G003060 Chr01 NC_080387.1:49485573-49485582promoter 内 226-235 bp - 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49489348-49493065(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 GTTTGTCGTT
SmilChr01G000802 Chr01 NC_080387.1:17302422-17302431promoter 内 174-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17295571-17298604(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGTA
SmilChr01G000752 Chr01 NC_080387.1:16601402-16601411promoter 内 162-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 16605241-16608282(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTTTGTCGTA
SmilChr01G003998 Chr01 NC_080387.1:58387060-58387069promoter 内 162-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58380414-58383230(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 AACGACAAAC
SmilChr01G002713 Chr01 NC_080387.1:45388051-45388060promoter 内 17-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 45371855-45384076(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 TACGACAAAG
SmilChr02G000074 Chr02 NC_080388.1:948806-948815promoter 内 3958-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 945915-948772(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr02G000144 Chr02 NC_080388.1:1935219-1935228promoter 内 3921-3930 bp + 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 1935299-1938061(+) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
SmilChr01G004305 Chr01 NC_080387.1:61248063-61248072promoter 内 3877-3886 bp - 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61246807-61247948(-) SMil_00003923-RA_Salv MP00153 CTAGACAAAA
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