转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001606; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00016473-RA_Salv SmilChr03G001606 WRKY XP_057802772.1 MP00539 TCGTTGACTTTTTT

可能结合的靶基因

9848 个结合位点 7338 个候选靶基因 第 131 / 147 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr01G001981 Chr01 NC_080387.1:35203602-35203615promoter 内 3912-3925 bp + 76 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 35203691-35205227(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GTGTTGACTCCTAT
SmilChr04G000221 Chr04 NC_080390.1:1950148-1950161promoter 内 2509-2522 bp + 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 1947142-1948669(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAATAAGTCAAAAC
SmilChr01G002174 Chr01 NC_080387.1:37821249-37821262promoter 内 455-468 bp - 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 37814595-37817716(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GATTTGACTTTCTT
SmilChr04G002586 Chr04 NC_080390.1:41283005-41283018promoter 内 51-64 bp - 3937 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 41276939-41279068(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTCGT
SmilChr01G005127 Chr01 NC_080387.1:69069807-69069820promoter 内 3986-3999 bp + 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 69064746-69069805(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CGCAAAGTCAAACA
SmilChr01G005505 Chr01 NC_080387.1:71908507-71908520promoter 内 3955-3968 bp + 33 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 71906613-71908474(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATAGAGTCAACTG
SmilChr01G003231 Chr01 NC_080387.1:51081141-51081154promoter 内 3937-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51081205-51081873(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTGGTGT
SmilChr01G003510 Chr01 NC_080387.1:53688698-53688711promoter 内 3919-3932 bp - 69 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53688780-53692422(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATCTAGTCAACAA
SmilChr03G000099 Chr03 NC_080389.1:1101699-1101712promoter 内 3899-3912 bp - 89 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 1100440-1101610(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACTTTGACTTATAA
SmilChr02G005556 Chr02 NC_080388.1:75515747-75515760promoter 内 3786-3799 bp - 202 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75515962-75517432(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCAAAAGTCAAATA
SmilChr02G004543 Chr02 NC_080388.1:67989767-67989780promoter 内 3785-3798 bp - 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 67989983-67994776(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATCTAGTCAACAA
SmilChr01G003451 Chr01 NC_080387.1:53071550-53071563promoter 内 3744-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53071807-53075069(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AATCTAGTCAACAA
SmilChr01G005865 Chr01 NC_080387.1:74594943-74594956promoter 内 3675-3688 bp - 313 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 74591958-74594630(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATTTGACTTTTCC
SmilChr04G002201 Chr04 NC_080390.1:35641583-35641596promoter 内 3672-3685 bp + 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 35637814-35641267(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 AAGTTAGTCAACTA
SmilChr03G004268 Chr03 NC_080389.1:61156531-61156544promoter 内 3628-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 61156904-61157998(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCCCAAGTCAAAGA
SmilChr02G000507 Chr02 NC_080388.1:6976855-6976868promoter 内 3588-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 6975700-6976455(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GAGTTAGTCAACTA
SmilChr01G001633 Chr01 NC_080387.1:30391069-30391082promoter 内 3578-3591 bp + 410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 30391492-30392433(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GGTTTGACTTTATA
SmilChr01G003834 Chr01 NC_080387.1:56669308-56669321promoter 内 3559-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 56663262-56668879(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ACAAAAGTCAAATA
SmilChr01G000343 Chr01 NC_080387.1:7004284-7004297promoter 内 3541-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7004744-7008154(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTGTTGACTGCTCT
SmilChr01G003623 Chr01 NC_080387.1:54782799-54782812promoter 内 3522-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 54783278-54790583(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TTTTTGACTTTGCT
SmilChr03G002051 Chr03 NC_080389.1:31061119-31061132promoter 内 3514-3527 bp - 474 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 31060250-31060645(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTGGTGG
SmilChr02G000613 Chr02 NC_080388.1:8946265-8946278promoter 内 3480-3493 bp + 508 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 8944679-8945757(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAGGAGTCAACCG
SmilChr02G003255 Chr02 NC_080388.1:53842064-53842077promoter 内 3408-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 53836245-53841484(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 CTACAAGTCAACTT
SmilChr01G002607 Chr01 NC_080387.1:44256072-44256085promoter 内 3391-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 44256682-44260723(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 GCAAAAGTCAATCA
SmilChr01G004429 Chr01 NC_080387.1:62387722-62387735promoter 内 3383-3396 bp + 605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 62388340-62389416(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTTTGACTTTTGG
SmilChr04G002401 Chr04 NC_080390.1:38555125-38555138promoter 内 3340-3353 bp - 648 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 38553610-38554477(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TGGTTGACTAGTAA
SmilChr03G000692 Chr03 NC_080389.1:7729536-7729549promoter 内 3329-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 7730208-7731614(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATTTAAGTCAACTA
SmilChr03G001930 Chr03 NC_080389.1:27097287-27097300promoter 内 3294-3307 bp + 694 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 27097994-27106553(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTAAAT
SmilChr04G000283 Chr04 NC_080390.1:2592430-2592443promoter 内 3291-3304 bp - 697 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 2590423-2591733(-) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATGTTGACTCTGGA
SmilChr01G000712 Chr01 NC_080387.1:15892031-15892044promoter 内 3273-3286 bp - 715 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 15892759-15905581(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 ATAAAAGTCAAGGA
SmilChr04G001741 Chr04 NC_080390.1:28658912-28658925promoter 内 3268-3281 bp + 720 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 28659645-28662241(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TAGTTGACTTAAAT
SmilChr02G000823 Chr02 NC_080388.1:13850596-13850609promoter 内 3199-3212 bp - 789 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13851398-13852798(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCAAAAGTCAAATC
SmilChr03G004361 Chr03 NC_080389.1:61843348-61843361promoter 内 3179-3192 bp + 809 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 61844170-61845864(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TCTTTGACTTGCAC
SmilChr01G005639 Chr01 NC_080387.1:72825354-72825367promoter 内 3137-3150 bp + 851 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 72826218-72828525(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATTTGACTTTTGT
SmilChr01G001572 Chr01 NC_080387.1:29764191-29764204promoter 内 3125-3138 bp + 863 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 29765067-29765138(+) SMil_00016473-RA_Salv MP00539 TATTTGACTTTTCC
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