转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G003924; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010794-RA_Salv SmilChr03G003924 NAC XP_057798851.1 MP00059 TAACACGCCACA

可能结合的靶基因

9940 个结合位点 8333 个候选靶基因 第 131 / 167 下载 TSV

上一页 131 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001025 Chr05 NC_080391.1:8405698-8405709promoter 内 1089-1100 bp + 2901 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8408610-8411944(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCTCC
SmilChr07G003450 Chr07 NC_080393.1:38447126-38447137promoter 内 965-976 bp + 3025 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 38441711-38444101(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGCGGCGTGTCG
SmilChr03G001806 Chr03 NC_080389.1:24672682-24672693promoter 内 934-945 bp - 3056 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 24675749-24675822(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GATGACGTGTTA
SmilChr07G003899 Chr07 NC_080393.1:49033446-49033457promoter 内 861-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49036586-49042506(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGCGGCGTGTAC
SmilChr03G000433 Chr03 NC_080389.1:4683670-4683681promoter 内 647-658 bp + 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 4687024-4693070(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CTACACGCCCCC
SmilChr04G001800 Chr04 NC_080390.1:29474403-29474414promoter 内 635-646 bp - 3355 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 29465572-29471048(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGGCATG
SmilChr06G000974 Chr06 NC_080392.1:9462336-9462347promoter 内 613-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 9465724-9468300(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCACACGCCTCC
SmilChr07G001627 Chr07 NC_080393.1:13635851-13635862promoter 内 609-620 bp - 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13639243-13642052(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGCGGCGTGTGT
SmilChr02G001815 Chr02 NC_080388.1:33001762-33001773promoter 内 545-556 bp - 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 33005218-33010452(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGGGGCGTGTAC
SmilChr08G000741 Chr08 NC_080394.1:5480626-5480637promoter 内 529-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 5484098-5491842(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGTCATC
SmilChr04G002119 Chr04 NC_080390.1:34184923-34184934promoter 内 520-531 bp - 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 34177739-34181453(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCTCG
SmilChr02G004363 Chr02 NC_080388.1:65917185-65917196promoter 内 507-518 bp + 3483 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 65920679-65922154(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGTCATC
SmilChr08G002150 Chr08 NC_080394.1:19349701-19349712promoter 内 427-438 bp + 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19353275-19357281(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGACACGCCTCC
SmilChr02G000814 Chr02 NC_080388.1:13630639-13630650promoter 内 385-396 bp + 3605 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13624671-13627034(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGGGGCGTGTGT
SmilChr06G001527 Chr06 NC_080392.1:16487037-16487048promoter 内 371-382 bp - 3619 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16490667-16491985(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CATGCCGTGTTA
SmilChr07G001628 Chr07 NC_080393.1:13640262-13640273promoter 内 344-355 bp - 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 13643919-13650662(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGCGGCGTGTGT
SmilChr02G000938 Chr02 NC_080388.1:16371235-16371246promoter 内 272-283 bp + 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 16358836-16367517(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGCGGCGTGTCT
SmilChr04G002853 Chr04 NC_080390.1:44659424-44659435promoter 内 233-244 bp - 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 44663192-44664980(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGGGGCGTGTGT
SmilChr01G003105 Chr01 NC_080387.1:49853061-49853072promoter 内 131-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 49856931-49862217(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGCGGCGTGTAC
SmilChr07G003479 Chr07 NC_080393.1:39074512-39074523promoter 内 131-142 bp - 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 39078382-39080909(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGCGGCGTGTGT
SmilChr08G001440 Chr08 NC_080394.1:11546774-11546785promoter 内 116-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 11550659-11557114(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GCACACGCCCCT
SmilChr07G001958 Chr07 NC_080393.1:17049611-17049622promoter 内 88-99 bp + 3902 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 17053524-17055329(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCACACGCCTCG
SmilChr01G000635 Chr01 NC_080387.1:14273291-14273302promoter 内 63-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 14277229-14280357(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGCGGCGTGTCG
SmilChr08G002149 Chr08 NC_080394.1:19349701-19349712promoter 内 10-21 bp + 3980 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 19341711-19345721(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGAGGCGTGTCG
SmilChr03G000757 Chr03 NC_080389.1:8640671-8640682promoter 内 6-17 bp - 3984 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.3/ 100 1 8644666-8646235(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGGGGCGTGTGC
SmilChr01G000608 Chr01 NC_080387.1:13455983-13455994promoter 内 1609-1620 bp - 2381 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 3 13458375-13460408(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGTGAAT
SmilChr04G003536 Chr04 NC_080390.1:51724842-51724853promoter 内 3803-3814 bp + 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 51720969-51724655(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTCCGG
SmilChr07G000850 Chr07 NC_080393.1:6062689-6062700promoter 内 3519-3530 bp - 471 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 6063171-6068599(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTCCGG
SmilChr02G001817 Chr02 NC_080388.1:33042398-33042409promoter 内 3498-3509 bp - 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 33037891-33041906(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTCACGCCACA
SmilChr02G003076 Chr02 NC_080388.1:51680744-51680755promoter 内 1004-1015 bp + 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 51683741-51687524(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGACAAT
SmilChr03G001134 Chr03 NC_080389.1:13071304-13071315promoter 内 625-636 bp - 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 13074680-13077615(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCAA
SmilChr07G000211 Chr07 NC_080393.1:1344196-1344207promoter 内 289-300 bp + 3701 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 2 1338719-1340495(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTCCGC
SmilChr07G001713 Chr07 NC_080393.1:14547893-14547904promoter 内 3857-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 14544139-14547760(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGAGACGCCACG
SmilChr07G001572 Chr07 NC_080393.1:12964998-12965009promoter 内 3850-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 12959426-12964858(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CGTGGCGTCTCC
SmilChr01G004724 Chr01 NC_080387.1:65430159-65430170promoter 内 3712-3723 bp - 278 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 65426068-65429881(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGAGACGCCACG
SmilChr07G002065 Chr07 NC_080393.1:18776653-18776664promoter 内 3707-3718 bp + 283 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 18774292-18776370(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTAGCGTGTTA
SmilChr03G000268 Chr03 NC_080389.1:3098071-3098082promoter 内 3650-3661 bp + 340 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 3094510-3097731(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGTCGTGTTA
SmilChr08G001269 Chr08 NC_080394.1:10099515-10099526promoter 内 3566-3577 bp - 424 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 10099950-10109983(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 AGTGGCGTGATT
SmilChr02G004074 Chr02 NC_080388.1:63028339-63028350promoter 内 3550-3561 bp + 440 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 63028790-63037407(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCAGACGCCACC
SmilChr03G004305 Chr03 NC_080389.1:61405926-61405937promoter 内 3527-3538 bp - 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 61405392-61405463(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGACAAT
SmilChr03G002170 Chr03 NC_080389.1:33748967-33748978promoter 内 3518-3529 bp + 472 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 33746205-33748495(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 GGTGGCGTCCGG
SmilChr07G001987 Chr07 NC_080393.1:17528171-17528182promoter 内 3502-3513 bp - 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 17526492-17527683(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCGGACGCCACC
SmilChr05G002098 Chr05 NC_080391.1:21954547-21954558promoter 内 3427-3438 bp + 563 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 21955121-21958091(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TAACACGCCGCC
SmilChr03G004393 Chr03 NC_080389.1:62107356-62107367promoter 内 3388-3399 bp - 602 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 62107969-62119002(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 ATTGTCGTGTTA
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SmilChr03G001132 Chr03 NC_080389.1:13065480-13065491promoter 内 3068-3079 bp - 922 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 13066413-13071497(+) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 TGTGGCGAGCAA
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SmilChr07G001067 Chr07 NC_080393.1:7861384-7861395promoter 内 3026-3037 bp - 964 bp 位于靶基因 TSS 上游 91.2/ 100 1 7858052-7860420(-) SMil_00010794-RA_Salv MP00059 CCGGACGCCACC