转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003404; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027732-RA_Salv SmilChr01G003404 bZIP XP_057773670.1 MP00184 TTGACAGCTGTA

可能结合的靶基因

9840 个结合位点 7147 个候选靶基因 第 137 / 143 下载 TSV

上一页 137 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G004295 Chr03 NC_080389.1:61353571-61353582promoter 内 1479-1490 bp + 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61356093-61361591(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTCCG
SmilChr07G003351 Chr07 NC_080393.1:35988043-35988054promoter 内 1465-1476 bp + 2525 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 35984700-35985518(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCCT
SmilChr05G003353 Chr05 NC_080391.1:44253520-44253531promoter 内 1385-1396 bp - 2605 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 44246554-44250915(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGGACAGCTGCG
SmilChr05G000164 Chr05 NC_080391.1:1311839-1311850promoter 内 1383-1394 bp + 2607 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1306150-1309232(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACCAGCTGTTTC
SmilChr03G003417 Chr03 NC_080389.1:52526085-52526096promoter 内 1307-1318 bp - 2683 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 52519592-52523402(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTAGT
SmilChr02G001598 Chr02 NC_080388.1:29811008-29811019promoter 内 1257-1268 bp + 2733 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29813752-29815278(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTAGT
SmilChr04G001697 Chr04 NC_080390.1:28073930-28073941promoter 内 1232-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28070247-28071172(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GAAACAGCTGTG
SmilChr02G002291 Chr02 NC_080388.1:40432568-40432579promoter 内 1193-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40435376-40439292(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr01G001765 Chr01 NC_080387.1:32442456-32442467promoter 内 1092-1103 bp - 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32445365-32445886(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TGCAGCTGTCCT
SmilChr07G002420 Chr07 NC_080393.1:22534606-22534617promoter 内 1036-1047 bp - 2954 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 22537571-22538300(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr06G000278 Chr06 NC_080392.1:1929072-1929083promoter 内 771-782 bp - 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1923526-1925853(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATG
SmilChr02G003528 Chr02 NC_080388.1:56425068-56425079promoter 内 761-772 bp - 3229 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56428308-56429727(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CACAGCTGTTTC
SmilChr01G000903 Chr01 NC_080387.1:19089740-19089751promoter 内 650-661 bp + 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19085731-19086400(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGA
SmilChr08G002557 Chr08 NC_080394.1:24873670-24873681promoter 内 640-651 bp - 3350 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 24868593-24870320(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTAGT
SmilChr04G004174 Chr04 NC_080390.1:56363979-56363990promoter 内 623-634 bp - 3367 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56358324-56360612(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr07G004408 Chr07 NC_080393.1:56713771-56713782promoter 内 494-505 bp - 3496 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56704514-56710275(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr07G004659 Chr07 NC_080393.1:59506694-59506705promoter 内 475-486 bp - 3515 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59503098-59503179(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATG
SmilChr06G001724 Chr06 NC_080392.1:19882661-19882672promoter 内 387-398 bp - 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19876374-19879058(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr07G004658 Chr07 NC_080393.1:59506694-59506705promoter 内 253-264 bp - 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 59497297-59502957(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATG
SmilChr05G003727 Chr05 NC_080391.1:50368537-50368548promoter 内 233-244 bp + 3757 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50372305-50375796(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TCAACAGCTGAA
SmilChr08G003654 Chr08 NC_080394.1:40183240-40183251promoter 内 20-31 bp + 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40187221-40188765(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTAACAGCTGAG
SmilChr02G003741 Chr02 NC_080388.1:59062832-59062843promoter 内 2392-2403 bp + 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 59064441-59066787(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAG
SmilChr01G003469 Chr01 NC_080387.1:53234424-53234435promoter 内 1878-1889 bp - 2112 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 53236547-53239556(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTGAAC
SmilChr03G001970 Chr03 NC_080389.1:28381428-28381439promoter 内 1177-1188 bp + 2813 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 28376639-28378615(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AATAACTGTCAA
SmilChr07G001831 Chr07 NC_080393.1:15797376-15797387promoter 内 3897-3908 bp + 93 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15792218-15797283(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AATAACTGTCAA
SmilChr05G000605 Chr05 NC_080391.1:4558938-4558949promoter 内 3885-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4555374-4558833(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGCAGCTGTCCC
SmilChr06G003003 Chr06 NC_080392.1:42900512-42900523promoter 内 3832-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42900681-42902063(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AATAACTGTCAA
SmilChr05G003377 Chr05 NC_080391.1:44665754-44665765promoter 内 3811-3822 bp + 179 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44665944-44677322(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTCCT
SmilChr05G001256 Chr05 NC_080391.1:10691749-10691760promoter 内 3787-3798 bp + 203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10691963-10699580(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTACC
SmilChr02G004159 Chr02 NC_080388.1:63910212-63910223promoter 内 3720-3731 bp + 270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 63905106-63909942(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AATAACTGTCAA
SmilChr01G002768 Chr01 NC_080387.1:46132847-46132858promoter 内 3666-3677 bp + 324 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 46131516-46132523(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTCAGCTGTTGT
SmilChr03G004651 Chr03 NC_080389.1:64047668-64047679promoter 内 3617-3628 bp + 373 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64045244-64047295(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AATAACTGTCAA
SmilChr01G003416 Chr01 NC_080387.1:52797209-52797220promoter 内 3525-3536 bp + 465 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 52797685-52800784(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATT
SmilChr08G003536 Chr08 NC_080394.1:37981492-37981503promoter 内 3497-3508 bp - 493 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 37980893-37980999(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTCCT
SmilChr04G000059 Chr04 NC_080390.1:537722-537733promoter 内 3434-3445 bp + 556 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 534627-537166(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGTAGCTGTCAA
SmilChr08G001960 Chr08 NC_080394.1:17258527-17258538promoter 内 3403-3414 bp - 587 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 17259125-17260410(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CCCAGCTGTTTA
SmilChr07G003235 Chr07 NC_080393.1:34319396-34319407promoter 内 3256-3267 bp - 734 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 34314041-34318662(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACAACAGCTGAA
SmilChr08G002190 Chr08 NC_080394.1:19781800-19781811promoter 内 3241-3252 bp + 749 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 19782560-19787121(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACAACAGCTGAA
SmilChr06G001080 Chr06 NC_080392.1:10752523-10752534promoter 内 3173-3184 bp + 817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10753351-10754692(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACAACAGCTGAA
SmilChr03G004046 Chr03 NC_080389.1:59444601-59444612promoter 内 3128-3139 bp + 862 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 59440091-59443739(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GGTAGCTGTCAA
SmilChr03G004673 Chr03 NC_080389.1:64177044-64177055promoter 内 3106-3117 bp - 884 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 64175484-64176160(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 GCAACAGCTGAG
SmilChr05G004311 Chr05 NC_080391.1:56797495-56797506promoter 内 3102-3113 bp - 888 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56796236-56796607(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGCTCCT
SmilChr01G003794 Chr01 NC_080387.1:56336847-56336858promoter 内 3061-3072 bp + 929 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56335848-56335918(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGC
SmilChr05G003376 Chr05 NC_080391.1:44665754-44665765promoter 内 3024-3035 bp + 966 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44663088-44664788(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 AGGAGCTGTCAA
SmilChr07G003364 Chr07 NC_080393.1:36222922-36222933promoter 内 2950-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36223973-36224394(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ATCAGCTGTTAG
SmilChr05G000113 Chr05 NC_080391.1:795794-795805promoter 内 2876-2887 bp + 1114 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 796919-797556(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACAACAGCTGAA
SmilChr03G001342 Chr03 NC_080389.1:15678420-15678431promoter 内 2808-2819 bp - 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 15674776-15677238(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 ACAACAGCTGAA
SmilChr01G003793 Chr01 NC_080387.1:56336847-56336858promoter 内 2771-2782 bp + 1219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 56334125-56335628(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 CTCAGCTGTTGC
SmilChr01G003999 Chr01 NC_080387.1:58397664-58397675promoter 内 2687-2698 bp - 1303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 58395409-58396361(-) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TTGACAGTTATT
SmilChr05G002530 Chr05 NC_080391.1:28128176-28128187promoter 内 2639-2650 bp - 1351 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 28129538-28131501(+) SMil_00027732-RA_Salv MP00184 TACAGCTTTCTA