转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G002048; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00024366-RA_Salv SmilChr06G002048 bHLH XP_057770293.1 MP00035 CCCACGTGC

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 6618 个候选靶基因 第 14 / 133 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005562 Chr01 NC_080387.1:72433792-72433800promoter 内 1234-1242 bp + 2759 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 72428708-72431033(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr04G002451 Chr04 NC_080390.1:39227783-39227791promoter 内 1161-1169 bp - 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 39230623-39236288(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr02G004305 Chr02 NC_080388.1:65428505-65428513promoter 内 1141-1149 bp + 2852 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 65431365-65443597(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr01G003357 Chr01 NC_080387.1:52322755-52322763promoter 内 1061-1069 bp + 2932 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 52318677-52319823(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr01G004901 Chr01 NC_080387.1:67078705-67078713promoter 内 850-858 bp - 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 67081856-67085121(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr04G003125 Chr04 NC_080390.1:47858459-47858467promoter 内 759-767 bp + 3234 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 47861701-47866822(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr03G000447 Chr03 NC_080389.1:4797112-4797120promoter 内 625-633 bp + 3368 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 4792703-4793744(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr02G005266 Chr02 NC_080388.1:73742157-73742165promoter 内 617-625 bp - 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 73745541-73756597(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr01G005566 Chr01 NC_080387.1:72460593-72460601promoter 内 591-599 bp - 3402 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 72451656-72457191(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr02G005264 Chr02 NC_080388.1:73742157-73742165promoter 内 410-418 bp - 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 73734651-73738574(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr04G001524 Chr04 NC_080390.1:25154883-25154891promoter 内 379-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 25158505-25162846(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr01G005770 Chr01 NC_080387.1:73771241-73771249promoter 内 370-378 bp + 3623 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 73774872-73777998(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr01G000011 Chr01 NC_080387.1:246155-246163promoter 内 353-361 bp - 3640 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 242443-242515(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr04G000131 Chr04 NC_080390.1:1121175-1121183promoter 内 345-353 bp + 3648 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 1124831-1126727(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr01G003087 Chr01 NC_080387.1:49707665-49707673promoter 内 224-232 bp - 3769 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 49701859-49703896(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr01G005564 Chr01 NC_080387.1:72445947-72445955promoter 内 168-176 bp + 3825 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 72440327-72442122(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr02G003910 Chr02 NC_080388.1:61178929-61178937promoter 内 109-117 bp - 3884 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 61182821-61185828(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr03G002328 Chr03 NC_080389.1:36646708-36646716promoter 内 88-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 36639930-36642803(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CGCACGTGC
SmilChr03G004462 Chr03 NC_080389.1:62703158-62703166promoter 内 36-44 bp + 3957 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 62695383-62699201(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCACGTGCG
SmilChr02G004844 Chr02 NC_080388.1:70570638-70570646promoter 内 3975-3983 bp - 18 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 6 70570664-70571957(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67817258-67817266promoter 内 1692-1700 bp + 2301 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 6 67819567-67820587(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGG
SmilChr01G000173 Chr01 NC_080387.1:2833042-2833050promoter 内 606-614 bp - 3387 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 6 2836437-2840730(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr04G001858 Chr04 NC_080390.1:30266624-30266632promoter 内 2953-2961 bp - 1040 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 30267672-30268295(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr02G000319 Chr02 NC_080388.1:4003661-4003669promoter 内 2799-2807 bp + 1194 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 4004863-4005674(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 GCCACGTGG
SmilChr04G000845 Chr04 NC_080390.1:10685918-10685926promoter 内 1720-1728 bp - 2273 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 10688199-10689450(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr02G000066 Chr02 NC_080388.1:860743-860751promoter 内 1298-1306 bp - 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 863446-866698(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr01G003590 Chr01 NC_080387.1:54442801-54442809promoter 内 412-420 bp + 3581 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 54437545-54439220(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr01G003593 Chr01 NC_080387.1:54471319-54471327promoter 内 392-400 bp + 3601 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 54466042-54467718(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr04G000493 Chr04 NC_080390.1:5380700-5380708promoter 内 379-387 bp - 3614 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 5 5384322-5389410(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr03G003362 Chr03 NC_080389.1:51965045-51965053promoter 内 3921-3929 bp + 72 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 51963163-51964973(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr01G001462 Chr01 NC_080387.1:28428532-28428540promoter 内 3868-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 28428665-28432876(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr03G003194 Chr03 NC_080389.1:49417796-49417804promoter 内 3855-3863 bp - 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 49417942-49442263(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr03G002714 Chr03 NC_080389.1:43100035-43100043promoter 内 3721-3729 bp + 272 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 43097783-43099763(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr03G002960 Chr03 NC_080389.1:46360511-46360519promoter 内 3588-3596 bp + 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 46357573-46360106(-) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
SmilChr02G004571 Chr02 NC_080388.1:68212545-68212553promoter 内 3366-3374 bp - 627 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 68213180-68218239(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 ACACGTGGG
SmilChr01G003533 Chr01 NC_080387.1:53950102-53950110promoter 内 3021-3029 bp - 972 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 53951082-53956762(+) SMil_00024366-RA_Salv MP00035 CCACGTGGC
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