转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G004408; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00011278-RA_Salv SmilChr08G004408 MYB XP_057780613.1 MP00114 AAGTTGGTAGGTGAG

可能结合的靶基因

9897 个结合位点 8151 个候选靶基因 第 14 / 164 下载 TSV

上一页 14 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G002395 Chr02 NC_080388.1:41848023-41848037promoter 内 285-299 bp - 3702 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 41851739-41855872(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G002257 Chr01 NC_080387.1:39334640-39334654promoter 内 279-293 bp - 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 39327723-39330932(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G000304 Chr02 NC_080388.1:3845107-3845121promoter 内 274-288 bp - 3713 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 3839067-3841394(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G000343 Chr01 NC_080387.1:7001016-7001030promoter 内 273-287 bp + 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 7004744-7008154(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G000556 Chr03 NC_080389.1:6011233-6011247promoter 内 252-266 bp - 3735 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 6014982-6020144(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr05G001402 Chr05 NC_080391.1:12616227-12616241promoter 内 250-264 bp + 3737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 12608100-12612490(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G005566 Chr01 NC_080387.1:72460938-72460952promoter 内 240-254 bp - 3747 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 72451656-72457191(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G003659 Chr05 NC_080391.1:49313154-49313168promoter 内 197-211 bp + 3790 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 49303007-49309364(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr02G005050 Chr02 NC_080388.1:72223754-72223768promoter 内 196-210 bp + 3791 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 72227559-72227661(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr06G000420 Chr06 NC_080392.1:3476401-3476415promoter 内 177-191 bp + 3810 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 3480225-3481470(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr01G004484 Chr01 NC_080387.1:62961719-62961733promoter 内 173-187 bp + 3814 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 62965547-62971988(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G001891 Chr05 NC_080391.1:19228140-19228154promoter 内 156-170 bp - 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 19219687-19224309(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G003023 Chr03 NC_080389.1:47145509-47145523promoter 内 133-147 bp + 3854 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 47138749-47141655(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr07G002176 Chr07 NC_080393.1:19948037-19948051promoter 内 107-121 bp - 3880 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 19940805-19944157(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000383 Chr05 NC_080391.1:2894073-2894087promoter 内 102-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 2886909-2890188(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr08G000890 Chr08 NC_080394.1:6612373-6612387promoter 内 92-106 bp + 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 6607017-6608478(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G003986 Chr01 NC_080387.1:58303585-58303599promoter 内 86-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 58299614-58299684(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr07G002027 Chr07 NC_080393.1:18268248-18268262promoter 内 86-100 bp - 3901 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 18272163-18273742(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G003304 Chr04 NC_080390.1:49769936-49769950promoter 内 68-82 bp - 3919 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 49773869-49777293(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr08G002213 Chr08 NC_080394.1:20125473-20125487promoter 内 60-74 bp - 3927 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 20113570-20121546(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr02G005051 Chr02 NC_080388.1:72223754-72223768promoter 内 54-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 72227701-72227787(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr03G000336 Chr03 NC_080389.1:3811883-3811897promoter 内 45-59 bp - 3942 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 3815839-3818373(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr04G002688 Chr04 NC_080390.1:42302053-42302067promoter 内 43-57 bp + 3944 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 42306011-42310324(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr05G000397 Chr05 NC_080391.1:2989754-2989768promoter 内 35-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 2993720-2995559(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGTGTGGTAGGTGAA
SmilChr04G003130 Chr04 NC_080390.1:47906552-47906566promoter 内 11-25 bp + 3976 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 47902505-47902576(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACACT
SmilChr01G002000 Chr01 NC_080387.1:35514076-35514090promoter 内 2409-2423 bp + 1578 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 35509874-35512498(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCATTT
SmilChr08G000894 Chr08 NC_080394.1:6635692-6635706promoter 内 1777-1791 bp - 2210 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 6630555-6633482(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGGAGGTAGGTGTG
SmilChr02G000286 Chr02 NC_080388.1:3666946-3666960promoter 内 547-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 3656537-3663506(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CCCACCTACCCATTT
SmilChr06G000654 Chr06 NC_080392.1:5764044-5764058promoter 内 449-463 bp - 3538 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 2 5759192-5760506(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AGGGAGGTAGGTGTG
SmilChr01G005178 Chr01 NC_080387.1:69515693-69515707promoter 内 3953-3967 bp - 34 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 69512361-69515659(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GACGTGGTAGGTGGA
SmilChr01G000578 Chr01 NC_080387.1:12098627-12098641promoter 内 3396-3410 bp + 591 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 12099232-12911775(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 AAATGGGTAGGTGGG
SmilChr01G004955 Chr01 NC_080387.1:67641827-67641841promoter 内 2856-2870 bp + 1131 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67638247-67640696(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CTCACCTACCCACCG
SmilChr08G000612 Chr08 NC_080394.1:4558413-4558427promoter 内 2713-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 4555276-4557139(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 TTCACCTACCACTCT
SmilChr08G002610 Chr08 NC_080394.1:25470228-25470242promoter 内 2598-2612 bp - 1389 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 25465970-25468839(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 GCGTAGGTAGGTGGA
SmilChr01G004956 Chr01 NC_080387.1:67641827-67641841promoter 内 2459-2473 bp + 1528 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 67643369-67647185(+) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CGGTGGGTAGGTGAG
SmilChr05G000783 Chr05 NC_080391.1:6109634-6109648promoter 内 2426-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 6106539-6108073(-) SMil_00011278-RA_Salv MP00114 CACACCTACCAACAC
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