转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001829; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00004434-RA_Salv SmilChr06G001829 MYB XP_057766988.1 MP00510 TTTACCTACCTTT

可能结合的靶基因

9799 个结合位点 7526 个候选靶基因 第 140 / 151 下载 TSV

上一页 140 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr04G001625 Chr04 NC_080390.1:27009006-27009018promoter 内 262-274 bp + 3727 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 27012745-27017117(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CTTACCTATCGAA
SmilChr05G001551 Chr05 NC_080391.1:14247987-14247999promoter 内 235-247 bp + 3754 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 14241996-14244233(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAAGTAGGTATC
SmilChr03G000514 Chr03 NC_080389.1:5525746-5525758promoter 内 194-206 bp - 3795 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 5529553-5551350(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TCTATTAGGTAAT
SmilChr04G002603 Chr04 NC_080390.1:41455727-41455739promoter 内 121-133 bp + 3868 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 41445377-41451859(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTAAGTAGGTATC
SmilChr03G002254 Chr03 NC_080389.1:35466554-35466566promoter 内 104-116 bp - 3885 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 35470451-35472772(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GTTAATAGGTAAA
SmilChr04G000265 Chr04 NC_080390.1:2413012-2413024promoter 内 84-96 bp - 3905 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.6/ 100 1 2416929-2417676(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTTGTAGGTACG
SmilChr04G000506 Chr04 NC_080390.1:5518617-5518629promoter 内 3834-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 5516429-5518462(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATA
SmilChr01G001398 Chr01 NC_080387.1:27477109-27477121promoter 内 3588-3600 bp + 401 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 27475464-27476708(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTCATTAGGTAAT
SmilChr01G004251 Chr01 NC_080387.1:60803324-60803336promoter 内 3095-3107 bp + 894 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 60804230-60806045(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTGCC
SmilChr03G002955 Chr03 NC_080389.1:46301509-46301521promoter 内 1217-1229 bp + 2772 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 46304293-46307288(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCCTAAT
SmilChr04G003713 Chr04 NC_080390.1:53432247-53432259promoter 内 1151-1163 bp - 2838 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 53424719-53429409(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATACCTACCATA
SmilChr03G002335 Chr03 NC_080389.1:36837474-36837486promoter 内 682-694 bp + 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 36833359-36834167(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGGGGTAGGTTCC
SmilChr01G004250 Chr01 NC_080387.1:60803324-60803336promoter 内 456-468 bp + 3533 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 2 60798950-60799791(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GGCAATAGGTAAA
SmilChr02G004838 Chr02 NC_080388.1:70497043-70497055promoter 内 3986-3998 bp + 3 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 70495683-70497040(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGTGAGGTAAA
SmilChr03G004031 Chr03 NC_080389.1:59321567-59321579promoter 内 3980-3992 bp + 9 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 59319766-59321558(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAAATAGGTAAA
SmilChr01G003309 Chr01 NC_080387.1:51778715-51778727promoter 内 3902-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 51778814-51781960(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATA
SmilChr01G000239 Chr01 NC_080387.1:4489395-4489407promoter 内 3899-3911 bp + 90 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 4489497-4492600(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAACCTACCCAA
SmilChr04G004000 Chr04 NC_080390.1:55361210-55361222promoter 内 3807-3819 bp + 182 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55358942-55361028(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TATAATAGGTAAA
SmilChr03G002863 Chr03 NC_080389.1:45249468-45249480promoter 内 3769-3781 bp - 220 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 45249700-45250683(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGCTTTAGGTAAC
SmilChr04G001181 Chr04 NC_080390.1:17914445-17914457promoter 内 3738-3750 bp - 251 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 17914708-17915253(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGTGAGGTAAA
SmilChr04G001409 Chr04 NC_080390.1:22933691-22933703promoter 内 3737-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22932117-22933439(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGTGAGGTAAA
SmilChr04G001408 Chr04 NC_080390.1:22926066-22926078promoter 内 3735-3747 bp + 254 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 22924574-22925812(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAGTGAGGTAAA
SmilChr01G000750 Chr01 NC_080387.1:16575529-16575541promoter 内 3667-3679 bp - 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 16575863-16581141(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGGGGTAGGTTCC
SmilChr05G001161 Chr05 NC_080391.1:9763230-9763242promoter 内 3612-3624 bp - 377 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 9757662-9762853(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 AATACCTACCACA
SmilChr04G003240 Chr04 NC_080390.1:49182224-49182236promoter 内 3602-3614 bp - 387 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49179459-49181837(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CGAACCTACCTGA
SmilChr04G002124 Chr04 NC_080390.1:34256038-34256050promoter 内 3501-3513 bp + 488 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 34256538-34258161(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATA
SmilChr01G003096 Chr01 NC_080387.1:49784668-49784680promoter 内 3465-3477 bp - 524 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 49780127-49784144(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 ACTACCTACAACA
SmilChr04G004013 Chr04 NC_080390.1:55424566-55424578promoter 内 3418-3430 bp - 571 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55425149-55427025(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGTAATAGGTAAA
SmilChr04G004001 Chr04 NC_080390.1:55361210-55361222promoter 内 3417-3429 bp + 572 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55361794-55365671(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATA
SmilChr04G000980 Chr04 NC_080390.1:13216196-13216208promoter 内 3385-3397 bp + 604 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 13213520-13215592(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGGAGGAGGTAAA
SmilChr02G001264 Chr02 NC_080388.1:23172623-23172635promoter 内 3140-3152 bp + 849 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 23173484-23176757(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTCACTCG
SmilChr04G004030 Chr04 NC_080390.1:55563207-55563219promoter 内 3043-3055 bp - 946 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 55556816-55562261(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 CATACCTACAACC
SmilChr04G002284 Chr04 NC_080390.1:37093229-37093241promoter 内 3011-3023 bp - 978 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 37089830-37092251(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 GATACCTACTAAA
SmilChr01G005992 Chr01 NC_080387.1:75529914-75529926promoter 内 2992-3004 bp - 997 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 75527745-75528917(-) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TTTACCTATTATA
SmilChr04G001596 Chr04 NC_080390.1:26584494-26584506promoter 内 2908-2920 bp - 1081 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.5/ 100 1 26585587-26587743(+) SMil_00004434-RA_Salv MP00510 TGAAATAGGTAAA
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