转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 141 / 152 下载 TSV

上一页 141 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001506 Chr05 NC_080391.1:13803948-13803962promoter 内 630-644 bp + 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 13807319-13814489(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGAACCGACACATA
SmilChr07G001756 Chr07 NC_080393.1:14875818-14875832promoter 内 622-636 bp + 3365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 14879197-14883102(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCACACCGACAAGCA
SmilChr04G002504 Chr04 NC_080390.1:40000124-40000138promoter 内 609-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 40003516-40005619(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GACGACCGACACGTT
SmilChr03G001118 Chr03 NC_080389.1:12893020-12893034promoter 内 608-622 bp - 3379 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 12887736-12889641(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATTACCGACATAAT
SmilChr08G000694 Chr08 NC_080394.1:5167611-5167625promoter 内 562-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5160734-5164186(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GACAACCGACAACAA
SmilChr02G002213 Chr02 NC_080388.1:39371310-39371324promoter 内 530-544 bp + 3457 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 39374781-39375809(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGGGACCGACACCAG
SmilChr01G002229 Chr01 NC_080387.1:38759738-38759752promoter 内 526-540 bp - 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 38751506-38756277(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAATGCCGACAAAGT
SmilChr05G000210 Chr05 NC_080391.1:1668651-1668665promoter 内 526-540 bp + 3461 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 1663361-1665190(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTCCGTCGGTGTCC
SmilChr01G005899 Chr01 NC_080387.1:74903520-74903534promoter 内 523-537 bp - 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 74896934-74900056(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATTACCGACACAAA
SmilChr08G004861 Chr08 NC_080394.1:57795561-57795575promoter 内 451-465 bp - 3536 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57786211-57792025(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAACACCGACAGCCA
SmilChr08G004896 Chr08 NC_080394.1:58006715-58006729promoter 内 390-404 bp - 3597 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 57996952-58003118(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAACACCGACAGCCA
SmilChr07G000441 Chr07 NC_080393.1:3089887-3089901promoter 内 336-350 bp - 3651 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3083628-3086236(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCCACCGACTACCA
SmilChr02G004862 Chr02 NC_080388.1:70754679-70754693promoter 内 279-293 bp + 3708 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 70749785-70750971(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGTTTGTCGGTGTTC
SmilChr01G002565 Chr01 NC_080387.1:43758638-43758652promoter 内 249-263 bp - 3738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 43762390-43764524(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGTTGTCGGCACGC
SmilChr01G005470 Chr01 NC_080387.1:71693148-71693162promoter 内 232-246 bp - 3755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 71686096-71689393(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGCCACCGACTTAGA
SmilChr03G004180 Chr03 NC_080389.1:60526389-60526403promoter 内 151-165 bp + 3836 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 60530239-60533198(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACCTACCGACATACA
SmilChr04G001679 Chr04 NC_080390.1:27794760-27794774promoter 内 113-127 bp + 3874 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 27798648-27800093(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCACACCGACGTGTG
SmilChr07G004592 Chr07 NC_080393.1:58725400-58725414promoter 内 78-92 bp + 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 58719919-58721491(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATTCCGTCGGTGTCC
SmilChr08G000808 Chr08 NC_080394.1:5964559-5964573promoter 内 57-71 bp + 3930 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 5954832-5960629(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TGTATGTCGGTTGTG
SmilChr03G000258 Chr03 NC_080389.1:3015432-3015446promoter 内 28-42 bp - 3959 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 3019405-3042594(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTTTTGTCGGCCACT
SmilChr02G003501 Chr02 NC_080388.1:56219753-56219767promoter 内 12-26 bp - 3975 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 56215152-56215778(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTTAACCGACATAGT
SmilChr05G001885 Chr05 NC_080391.1:19130091-19130105promoter 内 5-19 bp + 3982 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.4/ 100 1 19134087-19136375(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCACACCGACGTGTG
SmilChr04G002306 Chr04 NC_080390.1:37336514-37336528promoter 内 3562-3576 bp - 425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 37336953-37339538(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCATGTCGGTTGAA
SmilChr07G002615 Chr07 NC_080393.1:25245387-25245401promoter 内 3010-3024 bp + 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 25246378-25254004(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATCAACCGACAGAAA
SmilChr07G002025 Chr07 NC_080393.1:18234368-18234382promoter 内 1232-1246 bp - 2755 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 18237137-18238066(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ATATTGTCGGTAAAA
SmilChr06G001836 Chr06 NC_080392.1:21562827-21562841promoter 内 1225-1239 bp - 2762 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 21556603-21560065(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CATGGCCGACAAAAG
SmilChr02G000649 Chr02 NC_080388.1:9843583-9843597promoter 内 1023-1037 bp + 2964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 9836147-9840619(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCTGAGTCGGTGACC
SmilChr07G004382 Chr07 NC_080393.1:56370451-56370465promoter 内 515-529 bp + 3472 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 2 56373937-56461533(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GTCCACCGCCGGAAA
SmilChr08G000968 Chr08 NC_080394.1:7202260-7202274promoter 内 3957-3971 bp + 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 7201526-7202230(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCGGTGTCGGTCCGA
SmilChr08G001719 Chr08 NC_080394.1:14427912-14427926promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 14426989-14427831(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AATGGCCGACAAAGC
SmilChr06G002814 Chr06 NC_080392.1:40861632-40861646promoter 内 3879-3893 bp - 108 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 40860680-40861524(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCCACCGTCGCCCA
SmilChr07G004473 Chr07 NC_080393.1:57282780-57282794promoter 内 3862-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 57282919-57287557(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCAGAGGCGGTGGAG
SmilChr07G003927 Chr07 NC_080393.1:49578452-49578466promoter 内 3861-3875 bp + 126 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49578592-49582525(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CAGTACCGACAGTTG
SmilChr05G000705 Chr05 NC_080391.1:5302452-5302466promoter 内 3851-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 5302602-5307623(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AGTTGCCGACAATTT
SmilChr07G002090 Chr07 NC_080393.1:19017227-19017241promoter 内 3844-3858 bp - 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 19017384-19018488(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TCGGTGTCGGTCCGA
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