转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 142 / 148 下载 TSV

上一页 142 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G003486 Chr04 NC_080390.1:51307461-51307474promoter 内 776-789 bp + 3212 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 51310686-51313740(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TATGATTCACGTGC
SmilChr07G001097 Chr07 NC_080393.1:8084554-8084567promoter 内 769-782 bp + 3219 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8078234-8081335(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGATAGAT
SmilChr02G004177 Chr02 NC_080388.1:64065158-64065171promoter 内 746-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 64059365-64061916(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGATTTTCACGTGC
SmilChr05G001224 Chr05 NC_080391.1:10299184-10299197promoter 内 730-743 bp + 3258 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 10302455-10306055(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAGGAATCACGTGA
SmilChr04G002654 Chr04 NC_080390.1:41943407-41943420promoter 内 526-539 bp + 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41946882-41950074(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGTTCTCACGTGC
SmilChr08G000077 Chr08 NC_080394.1:444372-444385promoter 内 520-533 bp - 3468 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 447853-450177(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATACACA
SmilChr08G000101 Chr08 NC_080394.1:621745-621758promoter 内 484-497 bp - 3504 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 625262-627529(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATACACA
SmilChr03G001389 Chr03 NC_080389.1:16467863-16467876promoter 内 457-470 bp + 3531 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 16471407-16494841(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGTGTATCACGTGT
SmilChr08G000085 Chr08 NC_080394.1:485218-485231promoter 内 426-439 bp - 3562 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 488793-491689(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATACACA
SmilChr04G002613 Chr04 NC_080390.1:41543899-41543912promoter 内 401-414 bp + 3587 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 41547499-41550623(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGTTCTCACGTGC
SmilChr04G003222 Chr04 NC_080390.1:49037827-49037840promoter 内 368-381 bp + 3620 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49030494-49034207(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAACTATT
SmilChr02G005346 Chr02 NC_080388.1:74274918-74274931promoter 内 172-185 bp - 3816 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74278747-74282868(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAATCATA
SmilChr02G005344 Chr02 NC_080388.1:74267476-74267489promoter 内 171-184 bp - 3817 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 74257641-74263659(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TATGATTCACGTGC
SmilChr04G001449 Chr04 NC_080390.1:23814577-23814590promoter 内 161-174 bp + 3827 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 23810666-23810750(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAAATTAT
SmilChr07G002970 Chr07 NC_080393.1:30225515-30225528promoter 内 144-157 bp + 3844 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 30209884-30221671(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGATCTTAA
SmilChr02G000465 Chr02 NC_080388.1:6231774-6231787promoter 内 105-118 bp - 3883 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6225120-6227891(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGACGATCACGTGT
SmilChr01G002932 Chr01 NC_080387.1:48090019-48090032promoter 内 70-83 bp - 3918 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48093950-48097012(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGTGACT
SmilChr06G001241 Chr06 NC_080392.1:12796778-12796791promoter 内 3957-3970 bp - 31 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 12796822-12805597(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGAATTTAT
SmilChr01G004993 Chr01 NC_080387.1:67969406-67969419promoter 内 3933-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 67966518-67969351(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTTTTTTG
SmilChr03G004353 Chr03 NC_080389.1:61764860-61764873promoter 内 3930-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61764931-61771322(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGATTTTAC
SmilChr04G001962 Chr04 NC_080390.1:31815026-31815039promoter 内 3927-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31810581-31814965(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACCTGACCTTCA
SmilChr01G002975 Chr01 NC_080387.1:48689398-48689411promoter 内 3913-3926 bp + 75 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 48689486-48691261(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATATAACACGTGG
SmilChr04G000128 Chr04 NC_080390.1:1091951-1091964promoter 内 3829-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 1092123-1101303(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TACAGATCACGTGT
SmilChr01G000450 Chr01 NC_080387.1:9172388-9172401promoter 内 3765-3778 bp - 223 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 9172624-9187531(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAACGAAT
SmilChr03G000387 Chr03 NC_080389.1:4292079-4292092promoter 内 3754-3767 bp - 234 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4292326-4293199(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGATCGGAG
SmilChr04G002366 Chr04 NC_080390.1:38157063-38157076promoter 内 3623-3636 bp - 365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 38152966-38156698(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GAGTCTTCACGTGT
SmilChr03G002243 Chr03 NC_080389.1:35388603-35388616promoter 内 3622-3635 bp - 366 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 35384450-35388237(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGTCAACACGTGG
SmilChr01G000501 Chr01 NC_080387.1:10172488-10172501promoter 内 3595-3608 bp - 393 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10172894-10175787(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAGTTTTA
SmilChr08G000667 Chr08 NC_080394.1:4933906-4933919promoter 内 3488-3501 bp + 500 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 4926567-4933406(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAATTAAA
SmilChr02G002035 Chr02 NC_080388.1:36632955-36632968promoter 内 3329-3342 bp - 659 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 36631646-36632296(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATCATATCACGTGA
SmilChr01G002639 Chr01 NC_080387.1:44677455-44677468promoter 内 3267-3280 bp - 721 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 44675989-44676734(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ATGTGTTCACGTGA
SmilChr03G000749 Chr03 NC_080389.1:8566919-8566932promoter 内 3115-3128 bp - 873 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8567805-8568735(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAAACGTG
SmilChr02G000722 Chr02 NC_080388.1:11618260-11618273promoter 内 3109-3122 bp + 879 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11615294-11617381(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTACAATT
SmilChr02G003951 Chr02 NC_080388.1:61680889-61680902promoter 内 3098-3111 bp + 890 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 61675241-61679999(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAATTAAA
SmilChr07G002358 Chr07 NC_080393.1:21916887-21916900promoter 内 3027-3040 bp + 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 21912633-21915926(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAAATATT
SmilChr02G004434 Chr02 NC_080388.1:66733177-66733190promoter 内 2964-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 66729661-66732153(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 ACACGTGAATGCCA
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SmilChr02G004842 Chr02 NC_080388.1:70545258-70545271promoter 内 2421-2434 bp + 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 70546838-70550264(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CATGAAACACGTGG