转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 15 / 134 下载 TSV

上一页 15 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G003239 Chr01 NC_080387.1:51130645-51130659promoter 内 2226-2240 bp - 1761 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 51132420-51135151(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTTATA
SmilChr02G002985 Chr02 NC_080388.1:50470723-50470737promoter 内 1586-1600 bp - 2401 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 50473138-50474582(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTTATA
SmilChr02G002401 Chr02 NC_080388.1:41891911-41891925promoter 内 1506-1520 bp + 2481 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 41894406-41895602(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAACAATGATTAC
SmilChr01G000640 Chr01 NC_080387.1:14387302-14387316promoter 内 629-643 bp - 3358 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 4 14381604-14383944(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAACAATGATTAC
SmilChr01G001987 Chr01 NC_080387.1:35300201-35300215promoter 内 3120-3134 bp + 867 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 35294455-35299334(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTATT
SmilChr01G001988 Chr01 NC_080387.1:35300201-35300215promoter 内 2411-2425 bp + 1576 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 35301791-35304445(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATTAA
SmilChr01G001363 Chr01 NC_080387.1:26988395-26988409promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 26990646-26992428(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGCACAT
SmilChr02G001748 Chr02 NC_080388.1:32076332-32076346promoter 内 1664-1678 bp - 2323 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 32072280-32074009(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACAAATAATGATTAC
SmilChr01G004614 Chr01 NC_080387.1:64096107-64096121promoter 内 1653-1667 bp - 2334 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 64089102-64093773(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAACAATGATTAC
SmilChr02G001538 Chr02 NC_080388.1:28620636-28620650promoter 内 914-928 bp - 3073 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 28607906-28617563(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAACAATGATTAC
SmilChr02G003876 Chr02 NC_080388.1:60817588-60817602promoter 内 788-802 bp + 3199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 60812787-60814389(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTTATA
SmilChr01G004654 Chr01 NC_080387.1:64652991-64653005promoter 内 393-407 bp + 3594 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 64648470-64649397(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATTGTTATA
SmilChr02G002385 Chr02 NC_080388.1:41795615-41795629promoter 内 169-183 bp - 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 3 41790946-41791797(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGGGTAATGATGGA
SmilChr02G002130 Chr02 NC_080388.1:38147741-38147755promoter 内 3982-3996 bp + 5 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 38146714-38147736(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATCATT
SmilChr02G003705 Chr02 NC_080388.1:58577821-58577835promoter 内 3910-3924 bp - 77 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 58576139-58577744(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAGATAATGATGAT
SmilChr03G001306 Chr03 NC_080389.1:15319253-15319267promoter 内 3192-3206 bp + 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 15309028-15318458(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTCTT
SmilChr01G004021 Chr01 NC_080387.1:58605328-58605342promoter 内 3153-3167 bp - 834 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 58606176-58610147(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATTATT
SmilChr02G005131 Chr02 NC_080388.1:72772641-72772655promoter 内 2966-2980 bp - 1021 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 72770229-72771620(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGATAATGATGGT
SmilChr01G003109 Chr01 NC_080387.1:49904768-49904782promoter 内 2923-2937 bp - 1064 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 49905846-49911205(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGCCAAT
SmilChr01G005123 Chr01 NC_080387.1:69046772-69046786promoter 内 2827-2841 bp + 1160 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 69047946-69053001(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATATAATGATTAA
SmilChr01G002513 Chr01 NC_080387.1:43052833-43052847promoter 内 2462-2476 bp - 1525 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 43054372-43064125(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTCTT
SmilChr01G003798 Chr01 NC_080387.1:56365603-56365617promoter 内 2097-2111 bp - 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 56359032-56363713(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATTAA
SmilChr01G004599 Chr01 NC_080387.1:63979834-63979848promoter 内 2027-2041 bp - 1960 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 63981808-63989116(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTCTT
SmilChr01G003717 Chr01 NC_080387.1:55497170-55497184promoter 内 1674-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 55499497-55502956(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATTT
SmilChr02G005132 Chr02 NC_080388.1:72772641-72772655promoter 内 1590-1604 bp - 2397 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 72775052-72778639(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ACCATCATTATCATT
SmilChr02G002501 Chr02 NC_080388.1:43465094-43465108promoter 内 1008-1022 bp - 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 43460472-43462115(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATTAA
SmilChr02G004787 Chr02 NC_080388.1:70031396-70031410promoter 内 94-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 2 70026246-70027503(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATTAA
SmilChr02G000263 Chr02 NC_080388.1:3411834-3411848promoter 内 3965-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3411870-3414319(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTA
SmilChr02G000262 Chr02 NC_080388.1:3411834-3411848promoter 内 3829-3843 bp - 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3409681-3411676(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAATAATGATTAT
SmilChr01G004319 Chr01 NC_080387.1:61367232-61367246promoter 内 3807-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 61367426-61371693(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAAAATAATGATTGC
SmilChr01G004344 Chr01 NC_080387.1:61608149-61608163promoter 内 3716-3730 bp - 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 61602473-61607878(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATATAATGATTAA
SmilChr03G002596 Chr03 NC_080389.1:41259639-41259653promoter 内 3671-3685 bp - 316 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41259969-41262756(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTCTT
SmilChr03G002587 Chr03 NC_080389.1:41165090-41165104promoter 内 3657-3671 bp - 330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41165434-41170176(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTAC
SmilChr03G002586 Chr03 NC_080389.1:41135058-41135072promoter 内 3628-3642 bp - 359 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41135431-41140133(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATTTAC
SmilChr02G000264 Chr02 NC_080388.1:3422240-3422254promoter 内 3615-3629 bp + 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 3422626-3423363(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GACGACAATGATTAC
SmilChr01G003808 Chr01 NC_080387.1:56453291-56453305promoter 内 3501-3515 bp + 486 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 56453791-56457790(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTGTAATGATTGA
SmilChr03G001764 Chr03 NC_080389.1:24069329-24069343promoter 内 3193-3207 bp + 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 24065719-24068535(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATTT
SmilChr02G004184 Chr02 NC_080388.1:64165056-64165070promoter 内 2665-2679 bp + 1322 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 64157960-64163734(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTTTA
SmilChr02G002277 Chr02 NC_080388.1:40259840-40259854promoter 内 2570-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 40253801-40258423(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GATTATAATGATTAA
SmilChr02G001938 Chr02 NC_080388.1:34830464-34830478promoter 内 2505-2519 bp + 1482 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 34831960-34835432(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTAGTAATGATTAA
SmilChr02G005163 Chr02 NC_080388.1:72965228-72965242promoter 内 2314-2328 bp + 1673 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 72966915-72976046(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATTGGCAATGATTAT
SmilChr01G000284 Chr01 NC_080387.1:5583543-5583557promoter 内 2222-2236 bp + 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 5576383-5581778(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTACTTCA
SmilChr02G005162 Chr02 NC_080388.1:72965228-72965242promoter 内 2060-2074 bp + 1927 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 72961236-72963301(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGCCAAT
SmilChr01G004345 Chr01 NC_080387.1:61608149-61608163promoter 内 2045-2059 bp - 1942 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 61610105-61613153(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATTT
SmilChr02G000794 Chr02 NC_080388.1:13109144-13109158promoter 内 1986-2000 bp - 2001 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 13111159-13114865(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTGCAACT
SmilChr01G002832 Chr01 NC_080387.1:46931567-46931581promoter 内 1985-1999 bp - 2002 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 46933583-46934074(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAATCATTATATTT
SmilChr01G002912 Chr01 NC_080387.1:47847225-47847239promoter 内 1805-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 47841294-47845043(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTGCCAAT
SmilChr02G002389 Chr02 NC_080388.1:41821483-41821497promoter 内 1604-1618 bp + 2383 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 41817003-41819100(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTACAACA
SmilChr02G003427 Chr02 NC_080388.1:55495329-55495343promoter 内 1583-1597 bp - 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 55491482-55492925(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATAATAATGATTAA
SmilChr02G003737 Chr02 NC_080388.1:59011413-59011427promoter 内 1089-1103 bp + 2898 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.4/ 100 1 59014325-59019945(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TATAACAATGATTAC