转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G003955; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007215-RA_Salv SmilChr01G003955 WRKY XP_057779712.1 MP00450 AGCGTTGACTTTTT

可能结合的靶基因

9901 个结合位点 8044 个候选靶基因 第 150 / 161 下载 TSV

上一页 150 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G001185 Chr03 NC_080389.1:13608218-13608231promoter 内 913-926 bp + 3075 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13611306-13612343(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GATGTTGACTATTT
SmilChr02G000711 Chr02 NC_080388.1:11454676-11454689promoter 内 905-918 bp - 3083 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11457772-11472778(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGAAGTCAACCAG
SmilChr03G000227 Chr03 NC_080389.1:2719367-2719380promoter 内 886-899 bp + 3102 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 2714835-2716265(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATAGTCAACAAT
SmilChr03G001062 Chr03 NC_080389.1:12335149-12335162promoter 内 859-872 bp - 3129 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12331670-12332020(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAGTTGACTCTTC
SmilChr03G000614 Chr03 NC_080389.1:6809041-6809054promoter 内 855-868 bp - 3133 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 6804871-6805908(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GATGTTGACTATTT
SmilChr02G001765 Chr02 NC_080388.1:32393735-32393748promoter 内 785-798 bp + 3203 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32384930-32390532(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACAAGTCAACCAA
SmilChr01G001451 Chr01 NC_080387.1:28212010-28212023promoter 内 755-768 bp - 3233 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 28205401-28208777(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTTTTGACTTTTC
SmilChr01G005123 Chr01 NC_080387.1:69044677-69044690promoter 内 732-745 bp + 3256 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 69047946-69053001(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAGTTGACTATCT
SmilChr03G000421 Chr03 NC_080389.1:4564336-4564349promoter 内 725-738 bp - 3263 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 4567612-4568583(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAATAGTCAACAAT
SmilChr07G001146 Chr07 NC_080393.1:8616601-8616614promoter 内 718-731 bp + 3270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8610833-8613331(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CGAATGTCAACGTA
SmilChr02G002795 Chr02 NC_080388.1:48033936-48033949promoter 内 704-717 bp + 3284 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 48037233-48039898(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCTGTTGACTATTT
SmilChr05G001044 Chr05 NC_080391.1:8538816-8538829promoter 内 701-714 bp + 3287 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8542116-8543316(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GAGTTTGACTTTAT
SmilChr06G002552 Chr06 NC_080392.1:36663326-36663339promoter 内 677-690 bp + 3311 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 36666650-36669164(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTGTTGACTTCCG
SmilChr07G001576 Chr07 NC_080393.1:13000096-13000109promoter 内 655-668 bp + 3333 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 12991271-12996763(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCGTAGTCAACGGG
SmilChr02G003708 Chr02 NC_080388.1:58640059-58640072promoter 内 639-652 bp + 3349 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 58634544-58636710(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TATAGGTCAACGTT
SmilChr01G003820 Chr01 NC_080387.1:56543247-56543260promoter 内 628-641 bp - 3360 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56546620-56550205(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TGTAAGTCAACCAA
SmilChr07G001277 Chr07 NC_080393.1:9821124-9821137promoter 内 610-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 9814983-9817746(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AATAAGTCAACATA
SmilChr01G003080 Chr01 NC_080387.1:49640820-49640833promoter 内 585-598 bp + 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 49644236-49647282(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CATGTTGACTTCGT
SmilChr02G003933 Chr02 NC_080388.1:61410939-61410952promoter 内 563-576 bp - 3425 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 61405369-61407514(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AGCGTTGACCATGG
SmilChr04G002796 Chr04 NC_080390.1:43824772-43824785promoter 内 553-566 bp + 3435 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43820057-43821337(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAATCGC
SmilChr03G003247 Chr03 NC_080389.1:50354302-50354315promoter 内 511-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 50357792-50360236(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGAAGTCAACCAG
SmilChr03G001986 Chr03 NC_080389.1:29059109-29059122promoter 内 502-515 bp - 3486 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 29054470-29055623(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGGTTGACTTGTC
SmilChr04G000212 Chr04 NC_080390.1:1888063-1888076promoter 内 396-409 bp - 3592 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 1878878-1884471(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGTTTGACTTTAT
SmilChr07G003154 Chr07 NC_080393.1:33475878-33475891promoter 内 360-373 bp - 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 33467906-33472250(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GCGTTTGACTTTAA
SmilChr07G001577 Chr07 NC_080393.1:13000096-13000109promoter 内 347-360 bp + 3641 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 13003750-13006074(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CCCGTTGACTACGG
SmilChr04G003724 Chr04 NC_080390.1:53580836-53580849promoter 内 290-303 bp + 3698 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 53574876-53577138(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAAAAGTCAATTGC
SmilChr05G003431 Chr05 NC_080391.1:45552259-45552272promoter 内 266-279 bp + 3722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 45546377-45548537(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TAAAAGTCAAAACA
SmilChr01G003723 Chr01 NC_080387.1:55555858-55555871promoter 内 264-277 bp - 3724 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 55542510-55552134(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ACTGTTGACTTCAT
SmilChr01G001804 Chr01 NC_080387.1:32972992-32973005promoter 内 203-216 bp - 3785 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 32967597-32969207(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CAAGTTGACTCTTT
SmilChr04G004132 Chr04 NC_080390.1:56143979-56143992promoter 内 201-214 bp + 3787 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 56135328-56140192(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATAAAGTCAAACTC
SmilChr03G002733 Chr03 NC_080389.1:43429396-43429409promoter 内 180-193 bp + 3808 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 43433217-43434944(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATTGTTGACTTAGT
SmilChr07G001147 Chr07 NC_080393.1:8616601-8616614promoter 内 133-146 bp + 3855 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 8620469-8624299(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TACGTTGACATTCG
SmilChr05G000066 Chr05 NC_080391.1:328522-328535promoter 内 95-108 bp - 3893 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 323560-324629(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTGGTTGACTTGTC
SmilChr04G002726 Chr04 NC_080390.1:42872610-42872623promoter 内 60-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 42876551-42880067(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGTTTGACTTTCC
SmilChr05G001321 Chr05 NC_080391.1:11354425-11354438promoter 内 35-48 bp + 3953 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.3/ 100 1 11347204-11350472(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACAAGTCAACAAC
SmilChr01G003997 Chr01 NC_080387.1:58372833-58372846promoter 内 3382-3395 bp - 606 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 58373452-58375694(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATCAAGTCAACCCT
SmilChr05G000061 Chr05 NC_080391.1:287712-287725promoter 内 3250-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 288463-291452(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGTTTGACTTTGA
SmilChr05G001192 Chr05 NC_080391.1:9987306-9987319promoter 内 1768-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 9989539-9992850(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 CACAAGTCAACAGT
SmilChr07G002323 Chr07 NC_080393.1:21548294-21548307promoter 内 1575-1588 bp + 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 2 21550720-21552370(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AAGTTTGACTTTGA
SmilChr02G000589 Chr02 NC_080388.1:8446583-8446596promoter 内 3972-3985 bp - 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 8446612-8447289(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 ATGAAGTCAACACA
SmilChr01G001605 Chr01 NC_080387.1:30211987-30212000promoter 内 3958-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 30212030-30213779(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 AACAAGTCAAAGCA
SmilChr02G004628 Chr02 NC_080388.1:68771430-68771443promoter 内 3958-3971 bp - 30 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 68769284-68771400(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTAGTTGACTTAAT
SmilChr06G002232 Chr06 NC_080392.1:31524104-31524117promoter 内 3936-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 31524169-31524903(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAATTT
SmilChr03G002649 Chr03 NC_080389.1:42141260-42141273promoter 内 3934-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 42141327-42153624(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCCGTTGACTCTAA
SmilChr04G003233 Chr04 NC_080390.1:49153004-49153017promoter 内 3891-3904 bp - 97 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 49151594-49152907(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TATGTTGACTTATG
SmilChr05G003781 Chr05 NC_080391.1:51141040-51141053promoter 内 3867-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51141174-51143598(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTTTTGACTTTTG
SmilChr05G001340 Chr05 NC_080391.1:11815841-11815854promoter 内 3863-3876 bp - 125 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 11815979-11817212(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GACAAGTCAACACT
SmilChr06G001091 Chr06 NC_080392.1:10906249-10906262promoter 内 3854-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 10905684-10906115(-) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TCAAAGTCAAATTT
SmilChr02G003062 Chr02 NC_080388.1:51457545-51457558promoter 内 3842-3855 bp - 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 51457704-51459502(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 GGAAAGTCAAATAA
SmilChr07G000374 Chr07 NC_080393.1:2545580-2545593promoter 内 3838-3851 bp + 150 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.2/ 100 1 2545743-2549009(+) SMil_00007215-RA_Salv MP00450 TTTTTTGACTTTTG