转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G004518; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00009629-RA_Salv SmilChr03G004518 ERF XP_057799834.1 MP00529 CTCCACCGACAAAAT

可能结合的靶基因

9247 个结合位点 7559 个候选靶基因 第 150 / 152 下载 TSV

上一页 150 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001282 Chr05 NC_080391.1:10965883-10965897promoter 内 698-712 bp + 3289 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 10969186-10969259(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACCAACCGACAAACA
SmilChr08G003950 Chr08 NC_080394.1:47276027-47276041promoter 内 691-705 bp - 3296 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 47279337-47280834(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAAGTCGGTGGAG
SmilChr08G002669 Chr08 NC_080394.1:26206878-26206892promoter 内 684-698 bp + 3303 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 26200189-26203575(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAAGTCGGTGGAG
SmilChr01G003185 Chr01 NC_080387.1:50604918-50604932promoter 内 647-661 bp - 3340 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 50608272-50610918(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAAGTCGGTGGAG
SmilChr04G002535 Chr04 NC_080390.1:40453558-40453572promoter 内 547-561 bp + 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 40457012-40457554(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACGGACCGACACCCC
SmilChr07G001975 Chr07 NC_080393.1:17309682-17309696promoter 内 531-545 bp + 3456 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17313152-17313615(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr05G000859 Chr05 NC_080391.1:6790756-6790770promoter 内 528-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 6794229-6794827(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr07G003664 Chr07 NC_080393.1:43834964-43834978promoter 内 523-537 bp + 3464 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43825772-43831500(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAGTTGTCGGTTTAG
SmilChr01G004900 Chr01 NC_080387.1:67068573-67068587promoter 内 496-510 bp + 3491 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67072078-67072761(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr07G000657 Chr07 NC_080393.1:4430401-4430415promoter 内 495-509 bp + 3492 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4433907-4434359(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr02G004001 Chr02 NC_080388.1:62344322-62344336promoter 内 493-507 bp - 3494 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 62347830-62348439(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAAGTCGGTGGAG
SmilChr07G001974 Chr07 NC_080393.1:17309682-17309696promoter 内 482-496 bp + 3505 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17303669-17306177(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAAGTCGGTGGAG
SmilChr05G004225 Chr05 NC_080391.1:56092981-56092995promoter 内 475-489 bp - 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 56088883-56089469(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr01G005360 Chr01 NC_080387.1:70826849-70826863promoter 内 459-473 bp + 3528 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 70830391-70831054(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr01G001211 Chr01 NC_080387.1:24339760-24339774promoter 内 446-460 bp + 3541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 24343315-24345554(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GCGCACCGACGTGCC
SmilChr01G004048 Chr01 NC_080387.1:58912519-58912533promoter 内 419-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 58916101-58916997(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr05G004383 Chr05 NC_080391.1:57322360-57322374promoter 内 407-421 bp - 3580 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 57310871-57318780(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCCACCGACTATTT
SmilChr05G003971 Chr05 NC_080391.1:53515083-53515097promoter 内 404-418 bp + 3583 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 53503955-53511500(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTAATGACGGTGGAA
SmilChr01G004899 Chr01 NC_080387.1:67068573-67068587promoter 内 385-399 bp + 3602 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 67057716-67064971(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAAGTCGGTGGAG
SmilChr04G003306 Chr04 NC_080390.1:49794443-49794457promoter 内 280-294 bp + 3707 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 49789894-49790736(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAAGTCGGTGGAG
SmilChr06G001609 Chr06 NC_080392.1:17939124-17939138promoter 内 278-292 bp + 3709 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17934423-17935415(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAAGTCGGTGGAG
SmilChr07G002628 Chr07 NC_080393.1:25354006-25354020promoter 内 216-230 bp - 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 25348733-25350235(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TACAACCGACATCAG
SmilChr06G000539 Chr06 NC_080392.1:4498849-4498863promoter 内 207-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 4502643-4503525(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTATTGTCGGTAAAA
SmilChr07G003632 Chr07 NC_080393.1:42955845-42955859promoter 内 195-209 bp - 3792 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 42945079-42952053(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 ACCCACCGACTAATG
SmilChr06G003043 Chr06 NC_080392.1:43283404-43283418promoter 内 164-178 bp - 3823 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 43276520-43279581(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCGCACCGACTGCGG
SmilChr06G000769 Chr06 NC_080392.1:7189941-7189955promoter 内 157-171 bp - 3830 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 7185653-7186111(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr03G004130 Chr03 NC_080389.1:60142408-60142422promoter 内 120-134 bp + 3867 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 60132350-60138541(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTGCTGTCGGTAAGA
SmilChr01G004309 Chr01 NC_080387.1:61270336-61270350promoter 内 90-104 bp - 3897 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 61265873-61266439(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTCCACCGACTTGAA
SmilChr05G001542 Chr05 NC_080391.1:14131999-14132013promoter 内 79-93 bp + 3908 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 14125695-14128091(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 GAACTGTCGGTCACA
SmilChr05G003349 Chr05 NC_080391.1:44197428-44197442promoter 内 56-70 bp - 3931 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 44201373-44201921(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTGTTGTCGGCCACA
SmilChr08G003910 Chr08 NC_080394.1:46502001-46502015promoter 内 16-30 bp - 3971 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 46505986-46507179(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CCCAAGTCGGTGGCA
SmilChr02G000992 Chr02 NC_080388.1:17446494-17446508promoter 内 4-18 bp - 3983 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.1/ 100 1 17438728-17442511(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TAACACCGACAAGCT
SmilChr02G002557 Chr02 NC_080388.1:44473821-44473835promoter 内 3949-3963 bp + 38 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44473873-44500678(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 TTCAACCGACATATG
SmilChr05G003820 Chr05 NC_080391.1:51508009-51508023promoter 内 3833-3847 bp - 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51504907-51507855(-) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 CTATACCGACAATTT
SmilChr01G003326 Chr01 NC_080387.1:51939434-51939448promoter 内 3783-3797 bp + 204 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51939652-51942423(+) SMil_00009629-RA_Salv MP00529 AACGACCGACAGTTT
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