转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错;页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因,每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G004136; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00000866-RA_Salv SmilChr04G004136 MYB XP_057806072.1 MP00627 TTACCTACCG

可能结合的靶基因

9835 个结合位点 8075 个候选靶基因 第 160 / 162 下载 TSV

上一页 160 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G001386 Chr07 NC_080393.1:10765297-10765306promoter 内 2627-2636 bp - 1365 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10762301-10763932(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr01G002782 Chr01 NC_080387.1:46280117-46280126promoter 内 2612-2621 bp + 1380 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46272630-46278737(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr03G003301 Chr03 NC_080389.1:51118302-51118311promoter 内 2611-2620 bp + 1381 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51119692-51122051(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr07G004621 Chr07 NC_080393.1:59017925-59017934promoter 内 2600-2609 bp + 1392 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 59019326-59026140(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
SmilChr01G000633 Chr01 NC_080387.1:14217877-14217886promoter 内 2584-2593 bp + 1408 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 14213891-14216469(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCGTAGGTAA
SmilChr01G003544 Chr01 NC_080387.1:54031306-54031315promoter 内 2582-2591 bp + 1410 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 54032725-54035627(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr07G002889 Chr07 NC_080393.1:29185528-29185537promoter 内 2571-2580 bp - 1421 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 29178772-29184107(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
SmilChr07G002807 Chr07 NC_080393.1:28077403-28077412promoter 内 2525-2534 bp - 1467 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 28074912-28075936(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
SmilChr07G002647 Chr07 NC_080393.1:25624630-25624639promoter 内 2517-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 25626114-25628114(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr07G000969 Chr07 NC_080393.1:7017497-7017506promoter 内 2503-2512 bp - 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7013837-7016008(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
SmilChr07G003853 Chr07 NC_080393.1:47814432-47814441promoter 内 2482-2491 bp - 1510 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47815951-47824199(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr05G000571 Chr05 NC_080391.1:4299504-4299513promoter 内 2462-2471 bp + 1530 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4297118-4297974(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr03G002243 Chr03 NC_080389.1:35389774-35389783promoter 内 2455-2464 bp - 1537 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 35384450-35388237(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr03G001502 Chr03 NC_080389.1:18364882-18364891promoter 内 2451-2460 bp - 1541 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 18366432-18367359(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCGTAGGTAA
SmilChr06G002039 Chr06 NC_080392.1:26634446-26634455promoter 内 2450-2459 bp - 1542 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 26635997-26637100(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr06G001013 Chr06 NC_080392.1:10011412-10011421promoter 内 2443-2452 bp + 1549 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10009036-10009863(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr01G004449 Chr01 NC_080387.1:62599870-62599879promoter 内 2431-2440 bp + 1561 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 62597685-62598309(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr02G000869 Chr02 NC_080388.1:14926724-14926733promoter 内 2329-2338 bp + 1663 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 14928396-14936575(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
SmilChr07G001281 Chr07 NC_080393.1:9852838-9852847promoter 内 2317-2326 bp - 1675 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 9847514-9851163(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
SmilChr02G004153 Chr02 NC_080388.1:63837707-63837716promoter 内 2310-2319 bp + 1682 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 63839398-63842477(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
SmilChr01G004668 Chr01 NC_080387.1:64793425-64793434promoter 内 2279-2288 bp + 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 64789175-64791712(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCGTAGGTAA
SmilChr06G001870 Chr06 NC_080392.1:22111282-22111291promoter 内 2270-2279 bp - 1722 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 22113013-22116867(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr01G003253 Chr01 NC_080387.1:51239204-51239213promoter 内 2266-2275 bp - 1726 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 51240939-51243824(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCGTAGGTAA
SmilChr04G003436 Chr04 NC_080390.1:50910783-50910792promoter 内 2264-2273 bp - 1728 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 50912520-50916019(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCGTAGGTAA
SmilChr07G002236 Chr07 NC_080393.1:20551409-20551418promoter 内 2225-2234 bp + 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20553185-20556732(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr02G002491 Chr02 NC_080388.1:43344682-43344691promoter 内 2185-2194 bp - 1807 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 43336395-43342875(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr01G004208 Chr01 NC_080387.1:60522545-60522554promoter 内 2178-2187 bp + 1814 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 60524368-60527197(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
SmilChr03G000494 Chr03 NC_080389.1:5286248-5286257promoter 内 2158-2167 bp + 1834 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 5277891-5284414(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr02G004639 Chr02 NC_080388.1:68837666-68837675promoter 内 2157-2166 bp - 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 68839510-68851822(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr07G004581 Chr07 NC_080393.1:58630002-58630011promoter 内 2157-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 58626283-58628167(-) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TAGTAGGTAT
SmilChr04G000729 Chr04 NC_080390.1:8617185-8617194promoter 内 2149-2158 bp + 1843 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 8619037-8620930(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr04G003036 Chr04 NC_080390.1:46843808-46843817promoter 内 2139-2148 bp - 1853 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 46845670-46846062(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCGTAGGTAA
SmilChr05G004155 Chr05 NC_080391.1:55477274-55477283promoter 内 2040-2049 bp + 1952 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 55479235-55483738(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 TTACCTACGG
SmilChr06G000003 Chr06 NC_080392.1:121918-121927promoter 内 2028-2037 bp - 1964 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 123891-131701(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 CCGTAGGTAA
SmilChr07G000848 Chr07 NC_080393.1:6048065-6048074promoter 内 2025-2034 bp + 1967 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 6050041-6050675(+) SMil_00000866-RA_Salv MP00627 ATACCTACTA
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