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转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family，查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。

预计算阈值必须与当前索引一致。非法、未支持或需四舍五入的输入会报错；页面与下载均不会自动切换阈值。

257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中，并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因，不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif；应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引，可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card，点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID 家族 基序 候选靶基因 候选位点 操作
SmilChr04G003117 XP_057809539.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr04G003114 XP_057809538.1
C2H2 1
MP00592
 8519 9901 查靶基因
SmilChr01G005298 XP_057788621.1
ARR-B 1
MP00010
 8344 9778 查靶基因
SmilChr03G003924 XP_057798851.1
NAC 1
MP00059
 8333 9940 查靶基因
SmilChr01G005344 XP_057788686.1
MYB 1
MP00296
 8304 9873 查靶基因
SmilChr08G004408 XP_057780613.1
MYB 1
MP00114
 8151 9897 查靶基因
SmilChr04G001094 XP_057804404.1
WRKY 1
MP00408
 8149 9902 查靶基因
SmilChr07G003597 XP_057773587.1
Nin-like 1
MP00449
 8096 9453 查靶基因
SmilChr02G005433 XP_057792682.1
WRKY 1
MP00209
 8083 9910 查靶基因
SmilChr04G004136 XP_057806072.1
MYB 1
MP00627
 8075 9835 查靶基因
SmilChr01G003955 XP_057779712.1
WRKY 1
MP00450
 8044 9901 查靶基因
SmilChr03G003685 XP_057798538.1
ERF 1
MP00558
 8044 9762 查靶基因
SmilChr07G002937 XP_057777490.1
MIKC_MADS 1
MP00096
 8019 9914 查靶基因
SmilChr02G003833 XP_057794421.1
MYB 1
MP00476
 7981 9904 查靶基因
SmilChr07G002803 XP_057777238.1
NAC 1
MP00221
 7965 9903 查靶基因
SmilChr05G002364 XP_057809766.1
WRKY 1
MP00069
 7882 9917 查靶基因
SmilChr08G003267 XP_057779249.1
MYB 1
MP00406
 7839 9917 查靶基因
SmilChr02G005012 XP_057792191.1
TALE 1
MP00670
 7758 9906 查靶基因
SmilChr07G001978 XP_057776996.1
SBP 1
MP00555
 7648 9805 查靶基因
SmilChr05G000741 XP_057764423.1
ARF 1
MP00021
 7629 9812 查靶基因
SmilChr01G004579 XP_057787263.1
MYB 1
MP00132
 7583 9926 查靶基因
SmilChr05G000593 XP_057764223.1
MIKC_MADS 1
MP00609
 7575 9941 查靶基因
SmilChr03G004518 XP_057799834.1
ERF 1
MP00529
 7559 9247 查靶基因
SmilChr06G001829 XP_057766988.1
MYB 1
MP00510
 7526 9799 查靶基因
SmilChr05G000830 XP_057764550.1
NAC 1
MP00058
 7440 9855 查靶基因
SmilChr08G002543 XP_057778423.1
bZIP 1
MP00303
 7416 9868 查靶基因
SmilChr01G002743 XP_057765725.1
MYB_related 1
MP00565
 7412 9785 查靶基因
SmilChr04G002704 XP_057807081.1
ERF 1
MP00026
 7408 9854 查靶基因
SmilChr05G001395 XP_057765344.1
WRKY 1
MP00071
 7408 9764 查靶基因
SmilChr04G002953 XP_057809314.1
ARF 1
MP00033
 7406 9827 查靶基因
SmilChr01G004199 XP_057782208.1
bHLH 1
MP00074
 7396 9969 查靶基因
SmilChr05G004009 XP_057810662.1
MYB 1
MP00216
 7342 9832 查靶基因
SmilChr03G001606 XP_057802772.1
WRKY 1
MP00539
 7338 9848 查靶基因
SmilChr02G004600 XP_057791481.1
ARF 1
MP00574
 7302 9846 查靶基因
SmilChr03G004179 XP_057799230.1
WRKY 1
MP00464
 7299 9864 查靶基因
SmilChr04G003805 XP_057805691.1
MIKC_MADS 1
MP00315
 7291 9567 查靶基因
SmilChr03G003761 XP_057798625.1
WRKY 1
MP00525
 7235 9838 查靶基因
SmilChr01G001885 XP_057806790.1
WRKY 1
MP00171
 7182 9833 查靶基因
SmilChr05G004392 XP_057811204.1
WRKY 1
MP00506
 7173 9818 查靶基因
SmilChr04G002757 XP_057807158.1
MIKC_MADS 1
MP00272
 7172 9889 查靶基因
SmilChr01G003404 XP_057773670.1
bZIP 1
MP00184
 7147 9840 查靶基因
SmilChr03G002335 XP_057801256.1
bZIP 1
MP00647
 7133 9953 查靶基因
SmilChr07G002075 XP_057773918.1
C2H2 1
MP00485
 7130 8059 查靶基因
SmilChr04G000162 XP_057807467.1
MYB 1
MP00134
 7078 8676 查靶基因
SmilChr04G000040 XP_057808382.1
ERF 1
MP00312
 7006 8490 查靶基因
SmilChr08G001896 XP_057783815.1
MYB 1
MP00564
 6984 9893 查靶基因
SmilChr02G005217 XP_057792502.1
G2-like 1
MP00022
 6959 9720 查靶基因
SmilChr05G000260 XP_057763683.1
bZIP 1
MP00040
 6920 9919 查靶基因
SmilChr01G002885 XP_057767601.1
ERF 1
MP00151
 6907 9976 查靶基因
SmilChr05G001518 XP_057765511.1
WRKY 1
MP00455
 6900 9792 查靶基因
SmilChr03G002503 XP_057801356.1
MYB 1
MP00482
 6899 8940 查靶基因
SmilChr03G001252 XP_057802461.1
bZIP 1
MP00291
 6894 9321 查靶基因
SmilChr06G001365 XP_057768799.1
SBP 1
MP00307
 6893 9755 查靶基因
SmilChr03G003439 XP_057798243.1
bHLH 1
MP00195
 6878 9832 查靶基因
SmilChr06G001111 XP_057768512.1
MYB 1
MP00388
 6870 9774 查靶基因
SmilChr02G000949 XP_057795176.1
bZIP 1
MP00318
 6849 9413 查靶基因
SmilChr01G000025 XP_057790305.1
SBP 1
MP00633
 6833 8026 查靶基因
SmilChr01G004313 XP_057783598.1
bHLH 1
MP00308
 6805 9826 查靶基因
SmilChr02G005502 XP_057792768.1
bHLH 1
MP00082
 6784 9435 查靶基因
SmilChr03G004274 XP_057799397.1
MIKC_MADS 1
MP00080
 6766 9850 查靶基因
SmilChr02G003688 XP_057794248.1
MYB 1
MP00028
 6764 9024 查靶基因
SmilChr04G003367 XP_057804957.1
MYB 1
MP00191
 6736 9690 查靶基因
SmilChr04G000157 XP_057807462.1
bHLH 1
MP00081
 6729 9942 查靶基因
SmilChr07G002147 XP_057774045.1
MYB 1
MP00500
 6697 9681 查靶基因
SmilChr05G002277 XP_057809665.1
ERF 1
MP00452
 6671 7783 查靶基因
SmilChr07G004480 XP_057776222.1
WRKY 1
MP00531
 6663 9784 查靶基因
SmilChr02G004447 XP_057797242.1
HD-ZIP 1
MP00200
 6661 9930 查靶基因
SmilChr04G000070 XP_057807324.1
bHLH 1
MP00034
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G002039 XP_057808459.1
bHLH 1
MP00660
 6653 9929 查靶基因
SmilChr01G005851 XP_057789306.1
MYB 1
MP00055
 6638 9685 查靶基因
SmilChr02G005238 XP_057792594.1
SBP 1
MP00634
 6619 7771 查靶基因
SmilChr06G002048 XP_057770293.1
bHLH 1
MP00035
 6618 9903 查靶基因
SmilChr07G000836 XP_057772437.1
MYB_related 1
MP00568
 6611 9696 查靶基因
SmilChr04G003119 XP_057809542.1
bZIP 1
MP00039
 6610 9936 查靶基因
SmilChr01G004114 XP_057781125.1
WRKY 1
MP00284
 6552 9774 查靶基因
SmilChr08G004246 XP_057780410.1
WRKY 1
MP00422
 6535 9791 查靶基因
SmilChr05G001980 XP_057766076.1
ARF 1
MP00153
 6534 9706 查靶基因
SmilChr04G000094 XP_057807365.1
YABBY 1
MP00620
 6504 9844 查靶基因
SmilChr02G002534 XP_057797741.1
TCP 1
MP00169
 6498 7295 查靶基因
SmilChr05G001269 XP_057765199.1
G2-like 1
MP00252
 6478 9780 查靶基因
SmilChr07G003441 XP_057773618.1
NAC 1
MP00108
 6458 9810 查靶基因
SmilChr02G001791 XP_057795933.1
TCP 1
MP00062
 6454 7249 查靶基因
SmilChr05G003285 XP_057810127.1
RAV 1
MP00024
 6450 9853 查靶基因
SmilChr05G000619 XP_057764205.1
WRKY 1
MP00167
 6439 9756 查靶基因
SmilChr04G003745 XP_057809144.1
C2H2 1
MP00416
 6433 9716 查靶基因
SmilChr02G004607 XP_057791470.1
C2H2 1
MP00608
 6398 9817 查靶基因
SmilChr02G003399 XP_057793859.1
ERF 1
MP00240
 6368 9978 查靶基因
SmilChr01G004920 XP_057788125.1
MYB_related 1
MP00607
 6362 9718 查靶基因
SmilChr06G001059 XP_057768449.1
Dof 1
MP00402
 6278 9875 查靶基因
SmilChr01G004552 XP_057786668.1
bZIP 1
MP00409
 6252 8429 查靶基因
SmilChr01G006187 XP_057798078.1
GRAS 1
MP00611
 6232 9807 查靶基因
SmilChr01G001516 XP_057803325.1
bZIP 1
MP00648
 6170 9939 查靶基因
SmilChr04G003955 XP_057805828.1
ERF 1
MP00120
 6144 7514 查靶基因
SmilChr01G004708 XP_057787833.1
WRKY 1
MP00251
 6140 9713 查靶基因
SmilChr05G001961 XP_057766054.1
MIKC_MADS 1
MP00077
 6125 9815 查靶基因
SmilChr08G000478 XP_057781809.1
GATA 1
MP00130
 6015 9821 查靶基因
SmilChr01G000943 XP_057790035.1
MIKC_MADS 1
MP00508
 5979 7481 查靶基因
SmilChr05G004106 XP_057810779.1
WRKY 1
MP00260
 5932 9706 查靶基因
SmilChr04G003973 XP_057805857.1
HD-ZIP 1
MP00013
 5927 9712 查靶基因
SmilChr03G002207 XP_057801109.1
WRKY 1
MP00299
 5919 9699 查靶基因

下载包含当前查询和阈值下的全部候选靶基因，每个基因保留一个最佳位点及命中位点数。0–100 标准化 motif 得分不代表结合概率。

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G005344; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族蛋白基序共识序列
SMil_00016717-RA_Salv SmilChr01G005344 MYB XP_057788686.1 MP00296 AAAAAATTGGATAAGGATAAG

可能结合的靶基因

9873 个结合位点 8304 个候选靶基因 第 164 / 167 下载 TSV

上一页 164 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 标准化 motif 得分 启动子命中位点 基因区间 TF 基序 匹配序列
SmilChr05G000970 Chr05 NC_080391.1:7830752-7830772promoter 内 3952-3972 bp + 29 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7827197-7830723(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGCTTATTATCCAATCAGAT
SmilChr05G000907 Chr05 NC_080391.1:7179952-7179972promoter 内 3945-3965 bp + 36 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7176158-7179916(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGCTTATTATCCAATCAGAT
SmilChr07G001308 Chr07 NC_080393.1:10077778-10077798promoter 内 3929-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 10074834-10077726(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTTTATTTTATCTTATTTTTT
SmilChr08G000636 Chr08 NC_080394.1:4748035-4748055promoter 内 3896-3916 bp - 85 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 4743391-4747950(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TAAATATTGGATATGTAGGCG
SmilChr08G001215 Chr08 NC_080394.1:9809570-9809590promoter 内 3887-3907 bp - 94 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 9809684-9817763(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CACCAATTTATCCAAACAGTA
SmilChr05G003580 Chr05 NC_080391.1:47837929-47837949promoter 内 3868-3888 bp - 113 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 47838062-47839718(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATGATATTTATCCAAAATAAA
SmilChr07G003701 Chr07 NC_080393.1:44640035-44640055promoter 内 3808-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44638927-44639862(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AAGTTCCTTATCCTTGATGTG
SmilChr04G003568 Chr04 NC_080390.1:52055512-52055532promoter 内 3798-3818 bp - 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 52055715-52056212(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TCCGATATTATCCATATAGTT
SmilChr05G000120 Chr05 NC_080391.1:943823-943843promoter 内 3768-3788 bp - 213 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 944056-944742(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CTCAACAATATCCAATACCAT
SmilChr05G002429 Chr05 NC_080391.1:26768828-26768848promoter 内 3763-3783 bp + 218 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 26751519-26768610(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTTGTTTATCCATTTATTT
SmilChr03G001589 Chr03 NC_080389.1:20159540-20159560promoter 内 3755-3775 bp - 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 20157875-20159314(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATATATTGGATAAAGTATAT
SmilChr05G003366 Chr05 NC_080391.1:44492761-44492781promoter 内 3755-3775 bp + 226 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 44491102-44492535(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 ATCTTGATTATCCACATATGA
SmilChr06G000253 Chr06 NC_080392.1:1677296-1677316promoter 内 3732-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 1675512-1677047(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TTCAGCATTATCCATTGCAAG
SmilChr07G001007 Chr07 NC_080393.1:7330377-7330397promoter 内 3732-3752 bp - 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 7330646-7332974(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTTACTTATCCTTTTTAAG
SmilChr06G002782 Chr06 NC_080392.1:40500812-40500832promoter 内 3720-3740 bp + 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 40501093-40503339(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CAAAAAAATGATAAGGAAATA
SmilChr04G002727 Chr04 NC_080390.1:42882273-42882293promoter 内 3671-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 42882603-42885612(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTTTTGGATAAGTTTTAT
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SmilChr05G002523 Chr05 NC_080391.1:28061308-28061328promoter 内 3654-3674 bp - 327 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 28061655-28066276(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 AATTTGTTTATCCATTTATTT
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SmilChr06G002781 Chr06 NC_080392.1:40500812-40500832promoter 内 3603-3623 bp + 378 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 40499076-40500434(-) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TATTTCCTTATCATTTTTTTG
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SmilChr02G001274 Chr02 NC_080388.1:23376879-23376899promoter 内 3362-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 23377518-23380899(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 CGAGTGTTTATCCAGTTTTGT
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SmilChr01G004157 Chr01 NC_080387.1:60072472-60072492promoter 内 2711-2731 bp - 1270 bp 位于靶基因 TSS 上游 90.0/ 100 1 60073762-60076300(+) SMil_00016717-RA_Salv MP00296 TGCAACCTTATCAGCTTCCAC