转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 17 / 149 下载 TSV

上一页 17 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004285 Chr01 NC_080387.1:61074575-61074589promoter 内 1926-1940 bp + 2061 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 61076650-61078939(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATCTTATCCATTTT
SmilChr01G005907 Chr01 NC_080387.1:74927007-74927021promoter 内 1717-1731 bp - 2270 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 74929291-74932311(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTGGATAAGCTC
SmilChr04G000292 Chr04 NC_080390.1:2717431-2717445promoter 内 1673-1687 bp + 2314 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 2719759-2720911(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCCTAACT
SmilChr03G004393 Chr03 NC_080389.1:62105636-62105650promoter 内 1668-1682 bp + 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 62107969-62119002(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TGCCTTATCCTCATC
SmilChr02G001654 Chr02 NC_080388.1:30695846-30695860promoter 内 1620-1634 bp - 2367 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 30689682-30693479(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AAACTTATCCAAAAT
SmilChr01G005915 Chr01 NC_080387.1:74985461-74985475promoter 内 1614-1628 bp - 2373 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 74987848-74990787(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTGGATAAGCTC
SmilChr01G004286 Chr01 NC_080387.1:61074575-61074589promoter 内 1213-1227 bp + 2774 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 61077363-61166893(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CATCTTATCCATTTT
SmilChr04G000140 Chr04 NC_080390.1:1193183-1193197promoter 内 1207-1221 bp + 2780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 1195977-1204618(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTCTTATCCATACT
SmilChr03G003001 Chr03 NC_080389.1:46819517-46819531promoter 内 1113-1127 bp - 2874 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 46822405-46828848(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGAGGATAAGGAT
SmilChr02G000897 Chr02 NC_080388.1:15405778-15405792promoter 内 875-889 bp + 3112 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 15408904-15409815(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCATTAC
SmilChr02G000317 Chr02 NC_080388.1:3981751-3981765promoter 内 782-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3984970-3986986(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTGGATAAGTTT
SmilChr01G005990 Chr01 NC_080387.1:75513029-75513043promoter 内 721-735 bp + 3266 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 75506859-75509763(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GATTTGGATAAGCTC
SmilChr04G000139 Chr04 NC_080390.1:1193183-1193197promoter 内 533-547 bp + 3454 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 1188095-1189729(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTATGGATAAGACT
SmilChr01G001934 Chr01 NC_080387.1:34530594-34530608promoter 内 419-433 bp + 3568 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 34523682-34527026(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATATTGGATAAAGTT
SmilChr04G000361 Chr04 NC_080390.1:3591279-3591293promoter 内 301-315 bp + 3686 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 3594979-3596101(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATGCTTATCCAAAAC
SmilChr03G002198 Chr03 NC_080389.1:34592758-34592772promoter 内 298-312 bp - 3689 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 34588198-34589069(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATTATCCATTAC
SmilChr02G001378 Chr02 NC_080388.1:26058610-26058624promoter 内 235-249 bp + 3752 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 26062376-26064595(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACGTTATCCATTAC
SmilChr02G001121 Chr02 NC_080388.1:20212765-20212779promoter 内 122-136 bp + 3865 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 20206755-20208900(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTTTGGATAATGCT
SmilChr03G004063 Chr03 NC_080389.1:59593014-59593028promoter 内 121-135 bp + 3866 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 59596894-59599925(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACATTATCCACAAA
SmilChr04G001170 Chr04 NC_080390.1:17515183-17515197promoter 内 23-37 bp - 3964 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 17505225-17511219(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATGCTTATCCAAAAC
SmilChr01G005118 Chr01 NC_080387.1:68979381-68979395promoter 内 2971-2985 bp + 1016 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 68977183-68978365(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGAATGGATAAGATA
SmilChr02G002138 Chr02 NC_080388.1:38476264-38476278promoter 内 2509-2523 bp - 1478 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 38477756-38480250(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTGTGGATAAGTTT
SmilChr04G001661 Chr04 NC_080390.1:27586824-27586838promoter 内 2418-2432 bp - 1569 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 27588407-27589223(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTAGTGGATAAAGTT
SmilChr02G003157 Chr02 NC_080388.1:52607881-52607895promoter 内 2198-2212 bp + 1789 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 52609684-52612850(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCTATATT
SmilChr03G002450 Chr03 NC_080389.1:38884976-38884990promoter 内 3929-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 38885048-38885557(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTATGGATAACATT
SmilChr02G003155 Chr02 NC_080388.1:52607881-52607895promoter 内 3799-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 52600597-52607693(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATAGATAAGGTA
SmilChr02G003156 Chr02 NC_080388.1:52607881-52607895promoter 内 3757-3771 bp + 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 52607271-52607651(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATAGATAAGGTA
SmilChr04G002847 Chr04 NC_080390.1:44582548-44582562promoter 内 3677-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 44581122-44582238(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATAATGGATAATGTA
SmilChr02G000274 Chr02 NC_080388.1:3524968-3524982promoter 内 3645-3659 bp - 342 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 3518093-3524626(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTCTTATCCATAAA
SmilChr04G000271 Chr04 NC_080390.1:2510444-2510458promoter 内 3184-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 2511261-2513123(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TATATGGATAAGAAA
SmilChr02G000275 Chr02 NC_080388.1:3524968-3524982promoter 内 2925-2939 bp - 1062 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 3519795-3523906(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTTCTTATCCATAAA
SmilChr01G006091 Chr01 NC_080387.1:76395675-76395689promoter 内 2550-2564 bp + 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 76397126-76481394(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTCTTATCCACTCC
SmilChr04G002135 Chr04 NC_080390.1:34335930-34335944promoter 内 2498-2512 bp + 1489 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 34337433-34340075(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTCTTATCCACTCC
SmilChr03G002581 Chr03 NC_080389.1:41077126-41077140promoter 内 1416-1430 bp + 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 41073099-41074555(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CCTAAGGATAAGGTT
SmilChr02G005261 Chr02 NC_080388.1:73703543-73703557promoter 内 207-221 bp - 3780 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 73698250-73699763(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAGCTTATCCAAAAA
SmilChr02G004340 Chr02 NC_080388.1:65640948-65640962promoter 内 92-106 bp - 3895 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 65644857-65647214(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TAATTGGATAATGTA
SmilChr02G003030 Chr02 NC_080388.1:51005941-51005955promoter 内 3836-3850 bp - 151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 51006106-51006841(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATATAGATAAGGTA
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SmilChr03G001353 Chr03 NC_080389.1:15797386-15797400promoter 内 3592-3606 bp - 395 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 15796164-15796991(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCTAAATA
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SmilChr03G004203 Chr03 NC_080389.1:60644609-60644623promoter 内 2466-2480 bp - 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 1 60641507-60643088(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGTCTTATCCACTTT
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