转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 19 / 138 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G004120 Chr05 NC_080391.1:55105999-55106013promoter 内 1952-1966 bp + 2035 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 55108048-55113002(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGATGCCACGTGGCG
SmilChr04G003695 Chr04 NC_080390.1:53334090-53334104promoter 内 1738-1752 bp + 2249 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 53331770-53331841(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTGAAAA
SmilChr01G002148 Chr01 NC_080387.1:37472143-37472157promoter 内 1658-1672 bp + 2329 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 37474486-37476248(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATGTGACACGTGGCA
SmilChr08G004819 Chr08 NC_080394.1:57479676-57479690promoter 内 1601-1615 bp + 2386 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 57474275-57477290(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCACTATT
SmilChr08G000903 Chr08 NC_080394.1:6692643-6692657promoter 内 1190-1204 bp + 2797 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 6688781-6689846(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCATTG
SmilChr07G002445 Chr07 NC_080393.1:22949439-22949453promoter 内 949-963 bp + 3038 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 22952491-22955251(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATGTGCCACGTGGCG
SmilChr08G004660 Chr08 NC_080394.1:56087627-56087641promoter 内 560-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 56082836-56084200(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGGAAAA
SmilChr04G003697 Chr04 NC_080390.1:53334090-53334104promoter 内 128-142 bp + 3859 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 2 53337963-53340609(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTTTCACACGTGGCA
SmilChr03G003896 Chr03 NC_080389.1:58057289-58057303promoter 内 3944-3958 bp - 43 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 58057346-58057959(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTGCGCT
SmilChr04G002097 Chr04 NC_080390.1:33807736-33807750promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 33807836-33814671(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CCGGCACACGTGGCA
SmilChr05G002470 Chr05 NC_080391.1:27218268-27218282promoter 内 3838-3852 bp - 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 27218431-27222151(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAGAATT
SmilChr02G004660 Chr02 NC_080388.1:69002762-69002776promoter 内 3832-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 69002931-69006333(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCATCCTG
SmilChr05G000360 Chr05 NC_080391.1:2688829-2688843promoter 内 3689-3703 bp + 298 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2686892-2688531(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCTCATCA
SmilChr07G001416 Chr07 NC_080393.1:11019431-11019445promoter 内 3676-3690 bp - 311 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 11019756-11020617(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGAAACC
SmilChr02G001958 Chr02 NC_080388.1:35342878-35342892promoter 内 3447-3461 bp - 540 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 35343432-35344730(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCAGCT
SmilChr08G001164 Chr08 NC_080394.1:9300724-9300738promoter 内 3428-3442 bp - 559 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 9299590-9300165(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GCTTCCCACGTGGCG
SmilChr01G000876 Chr01 NC_080387.1:18626367-18626381promoter 内 3354-3368 bp + 633 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 18627014-18632149(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACAGGACACGTGGCG
SmilChr04G003787 Chr04 NC_080390.1:54026844-54026858promoter 内 3303-3317 bp + 684 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54021630-54026160(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGAAACC
SmilChr08G004549 Chr08 NC_080394.1:55078576-55078590promoter 内 3098-3112 bp + 889 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55075471-55077687(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGGAAAA
SmilChr07G003956 Chr07 NC_080393.1:50147530-50147544promoter 内 2864-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 50148667-50156310(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CACGACGACGTGGCA
SmilChr02G003149 Chr02 NC_080388.1:52520473-52520487promoter 内 2740-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 52517472-52519226(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTTGTTGACGTGGCG
SmilChr08G004552 Chr08 NC_080394.1:55097116-55097130promoter 内 2580-2594 bp + 1407 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 55093319-55095709(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGGAAAA
SmilChr08G004541 Chr08 NC_080394.1:55001927-55001941promoter 内 2569-2583 bp + 1418 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54998214-55000509(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGGAAAA
SmilChr08G004653 Chr08 NC_080394.1:56046834-56046848promoter 内 2532-2546 bp + 1455 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 56043115-56045379(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGGAAAA
SmilChr02G000911 Chr02 NC_080388.1:15758081-15758095promoter 内 2471-2485 bp + 1516 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 15751612-15756565(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCGGCCTC
SmilChr02G004892 Chr02 NC_080388.1:70962181-70962195promoter 内 2423-2437 bp - 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 70959676-70960617(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCCGGTCACGTGGCG
SmilChr02G000889 Chr02 NC_080388.1:15325666-15325680promoter 内 2416-2430 bp - 1571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 15327251-15329273(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCGGCCTC
SmilChr03G003897 Chr03 NC_080389.1:58057289-58057303promoter 内 2410-2424 bp - 1577 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 58058880-58058953(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTGCGCT
SmilChr05G000148 Chr05 NC_080391.1:1213503-1213517promoter 内 2294-2308 bp + 1693 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1194552-1211810(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGTCGTG
SmilChr08G002521 Chr08 NC_080394.1:24416865-24416879promoter 内 2167-2181 bp - 1820 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 24410241-24415045(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AAGGTTGACGTGGCA
SmilChr01G005928 Chr01 NC_080387.1:75074456-75074470promoter 内 2051-2065 bp - 1936 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 75076406-75077641(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTCGAAACC
SmilChr04G001811 Chr04 NC_080390.1:29605101-29605115promoter 内 1922-1936 bp + 2065 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 29607180-29610502(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGGGTTGACGTGGCA
SmilChr01G005607 Chr01 NC_080387.1:72607665-72607679promoter 内 1857-1871 bp - 2130 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 72609809-72610787(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCGGCCTC
SmilChr06G000180 Chr06 NC_080392.1:1261891-1261905promoter 内 1802-1816 bp - 2185 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 1257697-1259706(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAGGCCGACGTGGCC
SmilChr07G000909 Chr07 NC_080393.1:6499471-6499485promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 6495237-6497247(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGAGTTCACGTGGCA
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SmilChr08G002687 Chr08 NC_080394.1:26476329-26476343promoter 内 876-890 bp + 3111 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 26479454-26480477(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TATTCCGACGTGGCG