转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G003441; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014538-RA_Salv SmilChr07G003441 NAC XP_057773618.1 MP00108 TTAAGTAAT

可能结合的靶基因

9810 个结合位点 6458 个候选靶基因 第 19 / 130 下载 TSV

上一页 19 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005450 Chr02 NC_080388.1:74851460-74851468promoter 内 3922-3930 bp + 71 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 74848273-74851389(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G000071 Chr02 NC_080388.1:899952-899960promoter 内 3919-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 897628-899878(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G003756 Chr01 NC_080387.1:55961196-55961204promoter 内 3911-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 55961286-55993711(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G005315 Chr01 NC_080387.1:70396554-70396562promoter 内 3910-3918 bp - 83 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 70396645-70397726(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr03G000656 Chr03 NC_080389.1:7291089-7291097promoter 内 3887-3895 bp - 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7290283-7290983(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G004303 Chr02 NC_080388.1:65419555-65419563promoter 内 3859-3867 bp + 134 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 65419697-65421066(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G004321 Chr01 NC_080387.1:61376189-61376197promoter 内 3850-3858 bp - 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61376340-61390721(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G000135 Chr02 NC_080388.1:1845918-1845926promoter 内 3847-3855 bp + 146 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1846072-1849597(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G003063 Chr02 NC_080388.1:51469517-51469525promoter 内 3837-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51462837-51469361(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G003875 Chr01 NC_080387.1:57023566-57023574promoter 内 3827-3835 bp - 166 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 57023740-57024237(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G001016 Chr01 NC_080387.1:21330025-21330033promoter 内 3824-3832 bp + 169 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 21322126-21329856(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G004917 Chr01 NC_080387.1:67258842-67258850promoter 内 3823-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 67256752-67258672(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G001025 Chr02 NC_080388.1:18157796-18157804promoter 内 3821-3829 bp - 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 18157552-18157624(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G003123 Chr02 NC_080388.1:52232271-52232279promoter 内 3820-3828 bp + 173 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52232452-52238966(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G001091 Chr01 NC_080387.1:22363237-22363245promoter 内 3817-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 22363421-22371155(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G005096 Chr02 NC_080388.1:72533225-72533233promoter 内 3810-3818 bp + 183 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 72524507-72533042(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G003202 Chr01 NC_080387.1:50797490-50797498promoter 内 3809-3817 bp - 184 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50795387-50797306(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G003589 Chr01 NC_080387.1:54434143-54434151promoter 内 3801-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54434343-54437470(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G004265 Chr02 NC_080388.1:64859415-64859423promoter 内 3799-3807 bp + 194 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64847257-64859221(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G005160 Chr01 NC_080387.1:69374915-69374923promoter 内 3796-3804 bp + 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 69375120-69376802(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G000617 Chr02 NC_080388.1:8989603-8989611promoter 内 3784-3792 bp - 209 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8986416-8989394(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G001584 Chr01 NC_080387.1:29864309-29864317promoter 内 3779-3787 bp - 214 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29864531-29866855(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G003495 Chr01 NC_080387.1:53554309-53554317promoter 内 3768-3776 bp + 225 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 53550772-53554084(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr03G000652 Chr03 NC_080389.1:7246284-7246292promoter 内 3766-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 7246519-7247247(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr03G000139 Chr03 NC_080389.1:1510880-1510888promoter 内 3763-3771 bp - 230 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1511118-1512343(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G003374 Chr01 NC_080387.1:52441345-52441353promoter 内 3760-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 52441586-52443773(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G000074 Chr01 NC_080387.1:1303004-1303012promoter 内 3751-3759 bp - 242 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1298878-1302762(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G004660 Chr01 NC_080387.1:64703973-64703981promoter 内 3749-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64704225-64708380(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G001401 Chr02 NC_080388.1:26593467-26593475promoter 内 3749-3757 bp - 244 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26591744-26593223(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G001475 Chr02 NC_080388.1:27550085-27550093promoter 内 3746-3754 bp + 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 27550340-27554003(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G004468 Chr02 NC_080388.1:67090030-67090038promoter 内 3746-3754 bp - 247 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 67090285-67092071(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr02G000921 Chr02 NC_080388.1:16001445-16001453promoter 内 3745-3753 bp - 248 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 16001701-16011013(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 ATTACTTAA
SmilChr01G000692 Chr01 NC_080387.1:15536817-15536825promoter 内 3744-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 15537074-15537938(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G000833 Chr02 NC_080388.1:14101850-14101858promoter 内 3736-3744 bp + 257 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 14102115-14103030(+) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr02G001404 Chr02 NC_080388.1:26631120-26631128promoter 内 3735-3743 bp - 258 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 26629385-26630862(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
SmilChr01G003200 Chr01 NC_080387.1:50788868-50788876promoter 内 3728-3736 bp - 265 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50786783-50788603(-) SMil_00014538-RA_Salv MP00108 TTAAGTAAT
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