转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr06G001111; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00023725-RA_Salv SmilChr06G001111 MYB XP_057768512.1 MP00388 AAAGTTAGGTATAA

可能结合的靶基因

9774 个结合位点 6870 个候选靶基因 第 22 / 138 下载 TSV

上一页 22 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G000780 Chr03 NC_080389.1:8884306-8884319promoter 内 2275-2288 bp - 1713 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8886032-8889879(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTCTACCTAATTTA
SmilChr02G005541 Chr02 NC_080388.1:75422168-75422181promoter 内 2243-2256 bp + 1745 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 75423926-75428294(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CAAGTTAGGTTAGA
SmilChr02G001233 Chr02 NC_080388.1:22635721-22635734promoter 内 2191-2204 bp - 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 22633016-22633924(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATTGTTAGGTCTGG
SmilChr01G005172 Chr01 NC_080387.1:69472915-69472928promoter 内 2170-2183 bp - 1818 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 69474746-69476712(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACACACCTAACTCT
SmilChr01G004272 Chr01 NC_080387.1:60963402-60963415promoter 内 2110-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 60965293-60968483(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTCTACCTAATTTA
SmilChr01G003633 Chr01 NC_080387.1:54853058-54853071promoter 内 1996-2009 bp - 1992 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54855063-54856789(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCCTACCTAATTCT
SmilChr03G000214 Chr03 NC_080389.1:2502074-2502087promoter 内 1940-1953 bp + 2048 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 2496980-2500026(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTTGACCTAACTCC
SmilChr03G001119 Chr03 NC_080389.1:12889190-12889203promoter 内 1824-1837 bp + 2164 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 12891367-12901719(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGAGTTAGGTAACC
SmilChr01G000186 Chr01 NC_080387.1:3185134-3185147promoter 内 1813-1826 bp + 2175 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 3181788-3182959(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCCCACCTAACCAA
SmilChr01G003386 Chr01 NC_080387.1:52542481-52542494promoter 内 1781-1794 bp - 2207 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 52539216-52540274(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AAAGTTAGGTTAAT
SmilChr01G002827 Chr01 NC_080387.1:46871913-46871926promoter 内 1713-1726 bp + 2275 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 46866506-46869638(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCAAACCTAACTAC
SmilChr02G005423 Chr02 NC_080388.1:74702058-74702071promoter 内 1505-1518 bp + 2483 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 74698809-74699575(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCCCACCTAACATC
SmilChr03G000409 Chr03 NC_080389.1:4440857-4440870promoter 内 1458-1471 bp - 2530 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4437397-4438327(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGAGTTAGGTCAAG
SmilChr01G004460 Chr01 NC_080387.1:62719696-62719709promoter 内 1355-1368 bp + 2633 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 62713429-62717063(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTCTACCTAATTTA
SmilChr01G005855 Chr01 NC_080387.1:74496419-74496432promoter 内 1313-1326 bp + 2675 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 74491655-74493744(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACATACCTAACAAC
SmilChr03G000384 Chr03 NC_080389.1:4285425-4285438promoter 内 1288-1301 bp + 2700 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4280929-4282725(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ACTAACCTAACTTA
SmilChr02G005265 Chr02 NC_080388.1:73747481-73747494promoter 内 1284-1297 bp + 2704 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 73744097-73744777(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGACCTAACCTC
SmilChr02G005092 Chr02 NC_080388.1:72511705-72511718promoter 内 1218-1231 bp + 2770 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 72507868-72508935(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TCCCACCTAACATC
SmilChr01G002198 Chr01 NC_080387.1:38127457-38127470promoter 内 1186-1199 bp - 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 38130272-38133336(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATATACCTAACACA
SmilChr01G004474 Chr01 NC_080387.1:62854387-62854400promoter 内 1115-1128 bp + 2873 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 62840830-62851514(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GCAAACCTAACTCT
SmilChr03G000544 Chr03 NC_080389.1:5903520-5903533promoter 内 1085-1098 bp + 2903 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 5906436-5914549(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGGGTTAGGTTTGA
SmilChr01G003926 Chr01 NC_080387.1:57527911-57527924promoter 内 882-895 bp + 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 57511064-57524805(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTATACCTAACACG
SmilChr03G000984 Chr03 NC_080389.1:11145438-11145451promoter 内 846-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 11148593-11149969(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CGCTACCTAACCTG
SmilChr01G003619 Chr01 NC_080387.1:54726023-54726036promoter 内 838-851 bp - 3150 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 54729186-54734505(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCCTACCTAATTCT
SmilChr02G000740 Chr02 NC_080388.1:11988771-11988784promoter 内 824-837 bp - 3164 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 11991948-11992729(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTGGACCTAACATG
SmilChr01G005518 Chr01 NC_080387.1:71989347-71989360promoter 内 642-655 bp + 3346 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 71992706-71995479(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAATTAGGTAGAG
SmilChr02G003809 Chr02 NC_080388.1:59721677-59721690promoter 内 631-644 bp - 3357 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 59715822-59718320(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGTAGTG
SmilChr03G000408 Chr03 NC_080389.1:4440857-4440870promoter 内 441-454 bp - 3547 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 4436879-4437310(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGAGTTAGGTCAAG
SmilChr02G001488 Chr02 NC_080388.1:27858016-27858029promoter 内 378-391 bp + 3610 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 27861639-27865958(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TGAGGTAGGTATCA
SmilChr02G000458 Chr02 NC_080388.1:6124878-6124891promoter 内 371-384 bp + 3617 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 6118977-6121261(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CTCTACCTAATTTA
SmilChr01G000958 Chr01 NC_080387.1:20295860-20295873promoter 内 314-327 bp - 3674 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 20299547-20299906(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 CCGAACCTAACAAC
SmilChr03G001583 Chr03 NC_080389.1:20041800-20041813promoter 内 270-283 bp - 3718 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 20028623-20038082(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AGTGTTAGGTCTGG
SmilChr03G000087 Chr03 NC_080389.1:1008603-1008616promoter 内 259-272 bp - 3729 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 995964-1004874(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 GGAGTTAGGTCAAG
SmilChr02G003779 Chr02 NC_080388.1:59479653-59479666promoter 内 186-199 bp - 3802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 59474405-59475851(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTAGTTAGGTAGTG
SmilChr01G005083 Chr01 NC_080387.1:68705852-68705865promoter 内 146-159 bp + 3842 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 68709707-68710950(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 AATGTTAGGTTCAT
SmilChr03G000779 Chr03 NC_080389.1:8884306-8884319promoter 内 63-76 bp - 3925 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.4/ 100 1 8876744-8880381(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TAAATTAGGTAGAG
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SmilChr03G001345 Chr03 NC_080389.1:15702645-15702658promoter 内 1131-1144 bp + 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 4 15705515-15707125(+) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 TTGGTTAGGTGTGG
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SmilChr03G001812 Chr03 NC_080389.1:24741739-24741752promoter 内 2329-2342 bp - 1659 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.3/ 100 3 24738227-24740080(-) SMil_00023725-RA_Salv MP00388 ATGGTTAGGTCAGA
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