转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004447; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00027346-RA_Salv SmilChr02G004447 HD-ZIP XP_057797242.1 MP00200 AAAAGTAATGATTAC

可能结合的靶基因

9930 个结合位点 6661 个候选靶基因 第 23 / 134 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G005165 Chr01 NC_080387.1:69427946-69427960promoter 内 2987-3001 bp - 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 69428960-69430316(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATGACC
SmilChr02G000774 Chr02 NC_080388.1:12717772-12717786promoter 内 2963-2977 bp + 1024 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 12714141-12716748(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATATTC
SmilChr01G002445 Chr01 NC_080387.1:42039870-42039884promoter 内 2815-2829 bp + 1172 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 42041056-42044875(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAGAGCAATGATTAT
SmilChr02G000625 Chr02 NC_080388.1:9345032-9345046promoter 内 2668-2682 bp - 1319 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 9342466-9343713(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAGTGATGATTAG
SmilChr01G001624 Chr01 NC_080387.1:30330627-30330641promoter 内 2415-2429 bp + 1572 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 30328983-30329055(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCGCATTG
SmilChr03G003183 Chr03 NC_080389.1:49284818-49284832promoter 内 1983-1997 bp - 2004 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 49286836-49291900(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTATAATG
SmilChr02G002419 Chr02 NC_080388.1:42173900-42173914promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 42176151-42180320(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TCAATCATTGCCATT
SmilChr01G004722 Chr01 NC_080387.1:65422042-65422056promoter 内 1674-1688 bp - 2313 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 65418099-65419729(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAGAATAATGATGAA
SmilChr01G005574 Chr01 NC_080387.1:72485680-72485694promoter 内 1183-1197 bp - 2804 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 72488498-72489364(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGCATA
SmilChr03G000518 Chr03 NC_080389.1:5572729-5572743promoter 内 1145-1159 bp - 2842 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 5575585-5578173(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTACACTG
SmilChr02G002417 Chr02 NC_080388.1:42173900-42173914promoter 内 782-796 bp - 3205 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 42158821-42170695(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATGGCAATGATTGA
SmilChr03G001087 Chr03 NC_080389.1:12580166-12580180promoter 内 511-525 bp + 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 12574078-12576690(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCAGATTT
SmilChr01G005166 Chr01 NC_080387.1:69427946-69427960promoter 内 387-401 bp - 3600 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 69431560-69432940(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATGACC
SmilChr02G003710 Chr02 NC_080388.1:58693134-58693148promoter 内 216-230 bp + 3771 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 58688629-58689363(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATGTTA
SmilChr02G001926 Chr02 NC_080388.1:34683632-34683646promoter 内 77-91 bp + 3910 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.8/ 100 1 34678675-34679722(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GTAATCATCATCGTC
SmilChr03G001117 Chr03 NC_080389.1:12884518-12884532promoter 内 3843-3857 bp - 144 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 12884676-12886638(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGTTTA
SmilChr02G002119 Chr02 NC_080388.1:37953161-37953175promoter 内 3350-3364 bp - 637 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 37953812-37955934(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCATTTTT
SmilChr03G003138 Chr03 NC_080389.1:48613469-48613483promoter 内 1684-1698 bp - 2303 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 48615786-48618697(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGTTTA
SmilChr02G004211 Chr02 NC_080388.1:64371319-64371333promoter 内 830-844 bp - 3157 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 4 64374490-64376363(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGTACC
SmilChr03G003054 Chr03 NC_080389.1:47445975-47445989promoter 内 3906-3920 bp - 81 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 47446070-47451652(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATCATCATTAGTTTA
SmilChr01G004835 Chr01 NC_080387.1:66485983-66485997promoter 内 2295-2309 bp - 1692 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 66481641-66484291(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAGTAATAATTAC
SmilChr03G000462 Chr03 NC_080389.1:4942145-4942159promoter 内 1155-1169 bp + 2832 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 4944991-4950450(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAATCTAATGATGAA
SmilChr03G000794 Chr03 NC_080389.1:9034412-9034426promoter 内 1020-1034 bp + 2967 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 9037393-9044194(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATTAT
SmilChr01G002013 Chr01 NC_080387.1:35683059-35683073promoter 内 999-1013 bp + 2988 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 3 35676485-35680071(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATCACTTAT
SmilChr02G001531 Chr02 NC_080388.1:28566315-28566329promoter 内 3933-3947 bp + 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 28562341-28566261(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 CTCATCATTATTAAC
SmilChr02G003528 Chr02 NC_080388.1:56428238-56428252promoter 内 3931-3945 bp - 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 56428308-56429727(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTCATCATTATCGTC
SmilChr02G005565 Chr02 NC_080388.1:75575477-75575491promoter 内 3930-3944 bp + 57 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 75572911-75575420(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATATAT
SmilChr01G004054 Chr01 NC_080387.1:58982757-58982771promoter 内 3884-3898 bp + 103 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 58982874-58984511(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TTAAGTAATGATTAA
SmilChr02G005072 Chr02 NC_080388.1:72377805-72377819promoter 内 3335-3349 bp + 652 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 72378471-72381964(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AATTATAATGATTGT
SmilChr02G005566 Chr02 NC_080388.1:75575477-75575491promoter 内 3326-3340 bp + 661 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 75576152-75579955(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATTAT
SmilChr02G003294 Chr02 NC_080388.1:54215421-54215435promoter 内 3193-3207 bp - 794 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 54216229-54221417(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTAAT
SmilChr02G005291 Chr02 NC_080388.1:73908883-73908897promoter 内 2781-2795 bp - 1206 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 73906407-73907677(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 AAAAATGATGATTAT
SmilChr01G001154 Chr01 NC_080387.1:23496979-23496993promoter 内 2746-2760 bp - 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 23498234-23508312(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 GCAATCATTATCTCA
SmilChr01G004659 Chr01 NC_080387.1:64680234-64680248promoter 内 2523-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 64676701-64678770(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATAATCATTATTGTT
SmilChr03G000824 Chr03 NC_080389.1:9436474-9436488promoter 内 2273-2287 bp - 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 9427890-9434760(-) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 TAGAATAATGATGAT
SmilChr03G003264 Chr03 NC_080389.1:50558738-50558752promoter 内 2190-2204 bp + 1797 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.7/ 100 2 50560549-50561271(+) SMil_00027346-RA_Salv MP00200 ATATATAATGATTGC
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