转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G001978; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00026506-RA_Salv SmilChr07G001978 SBP XP_057776996.1 MP00555 ATTGTACGGAT

可能结合的靶基因

9805 个结合位点 7648 个候选靶基因 第 23 / 153 下载 TSV

上一页 23 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000240 Chr04 NC_080390.1:2147513-2147523promoter 内 2990-3000 bp + 1001 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 2148524-2149440(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GATGTACGGAT
SmilChr04G003500 Chr04 NC_080390.1:51415370-51415380promoter 内 2717-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 51413015-51414096(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACACG
SmilChr05G003761 Chr05 NC_080391.1:50860289-50860299promoter 内 2711-2721 bp - 1280 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 50861579-50864291(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACGCT
SmilChr03G003021 Chr03 NC_080389.1:47111012-47111022promoter 内 2709-2719 bp - 1282 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 47112304-47113024(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACATC
SmilChr02G003672 Chr02 NC_080388.1:58100779-58100789promoter 内 2695-2705 bp - 1296 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 58102085-58104031(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACACG
SmilChr01G006066 Chr01 NC_080387.1:76070075-76070085promoter 内 2540-2550 bp + 1451 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 76071536-76075726(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GCCGTACGGAT
SmilChr01G001179 Chr01 NC_080387.1:23845511-23845521promoter 内 2166-2176 bp - 1825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 23836130-23843686(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACTGTACGGCA
SmilChr02G004636 Chr02 NC_080388.1:68819660-68819670promoter 内 2101-2111 bp + 1890 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 68821560-68828980(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGTGTACGGAT
SmilChr04G004160 Chr04 NC_080390.1:56285129-56285139promoter 内 2094-2104 bp - 1897 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 56287036-56288624(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACACG
SmilChr05G001390 Chr05 NC_080391.1:12458807-12458817promoter 内 1343-1353 bp - 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 12461465-12462124(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACACG
SmilChr04G002267 Chr04 NC_080390.1:36679913-36679923promoter 内 1141-1151 bp + 2850 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 36682773-36686580(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGCC
SmilChr04G002206 Chr04 NC_080390.1:35741218-35741228promoter 内 1069-1079 bp - 2922 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 35735867-35738296(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGTGTACGGAT
SmilChr02G004473 Chr02 NC_080388.1:67114611-67114621promoter 内 872-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 67117740-67120938(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTCCGTACAGA
SmilChr03G003655 Chr03 NC_080389.1:55393223-55393233promoter 内 846-856 bp - 3145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 55388151-55390078(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACTGTACGGCA
SmilChr02G000542 Chr02 NC_080388.1:7470103-7470113promoter 内 691-701 bp + 3300 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 7473413-7474540(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GATGTACGGAT
SmilChr01G002752 Chr01 NC_080387.1:45837656-45837666promoter 内 635-645 bp + 3356 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 45841022-45846134(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GATGTACGGAT
SmilChr03G004104 Chr03 NC_080389.1:59937586-59937596promoter 内 528-538 bp - 3463 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 59931671-59934123(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGCC
SmilChr03G004110 Chr03 NC_080389.1:60000897-60000907promoter 内 515-525 bp - 3476 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 59994982-59997421(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGCC
SmilChr05G001388 Chr05 NC_080391.1:12458807-12458817promoter 内 431-441 bp - 3560 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 12453179-12455247(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGTGTACGGAT
SmilChr02G001882 Chr02 NC_080388.1:34142987-34142997promoter 内 228-238 bp - 3763 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 34137767-34139224(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACTGTACGGCA
SmilChr04G003563 Chr04 NC_080390.1:51992123-51992133promoter 内 130-140 bp - 3861 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 51995994-51996069(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGCCGTACATT
SmilChr05G000748 Chr05 NC_080391.1:5797259-5797269promoter 内 3975-3985 bp + 16 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 5797285-5801799(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AATGTACGGCC
SmilChr01G003562 Chr01 NC_080387.1:54219653-54219663promoter 内 3805-3815 bp + 186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 54219849-54224105(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GATGTACGGAT
SmilChr02G000330 Chr02 NC_080388.1:4204454-4204464promoter 内 3741-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 4204714-4205148(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACGCT
SmilChr02G000333 Chr02 NC_080388.1:4212442-4212452promoter 内 3741-3751 bp - 250 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 4212702-4213136(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACGCT
SmilChr01G004404 Chr01 NC_080387.1:62147891-62147901promoter 内 3592-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 62144212-62147492(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGCCGTACATT
SmilChr02G000706 Chr02 NC_080388.1:11353047-11353057promoter 内 3537-3547 bp + 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 11351622-11352593(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGCCGTACATT
SmilChr02G000261 Chr02 NC_080388.1:3365570-3365580promoter 内 3514-3524 bp + 477 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 3366057-3369031(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GATGTACGGAT
SmilChr04G002164 Chr04 NC_080390.1:34913456-34913466promoter 内 3478-3488 bp + 513 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 34912024-34912943(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTCCGTACCGA
SmilChr04G001570 Chr04 NC_080390.1:26023657-26023667promoter 内 3372-3382 bp - 619 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 26024286-26026852(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TTCCGTACGCT
SmilChr02G004576 Chr02 NC_080388.1:68263090-68263100promoter 内 3208-3218 bp - 783 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 68256724-68262307(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GATGTACGGAT
SmilChr01G002774 Chr01 NC_080387.1:46185395-46185405promoter 内 3167-3177 bp - 824 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 46186229-46186729(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGCCGTACATT
SmilChr02G005482 Chr02 NC_080388.1:75032521-75032531promoter 内 3166-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 75029459-75031696(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CGTGTACGGAT
SmilChr01G000072 Chr01 NC_080387.1:1235001-1235011promoter 内 3120-3130 bp + 871 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1235882-1236703(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 AGCGTACGGAT
SmilChr04G002947 Chr04 NC_080390.1:45800294-45800304promoter 内 3083-3093 bp - 908 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 45801212-45802033(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GGCCGTACATT
SmilChr05G000261 Chr05 NC_080391.1:2001261-2001271promoter 内 2963-2973 bp + 1028 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 1998283-2000233(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 TGCCGTACAGT
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SmilChr05G000090 Chr05 NC_080391.1:502722-502732promoter 内 2858-2868 bp - 1133 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 499024-501589(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GATGTACGGAT
SmilChr05G001114 Chr05 NC_080391.1:9292892-9292902promoter 内 2818-2828 bp + 1173 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 9290405-9291719(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ATCCGTACACG
SmilChr04G002761 Chr04 NC_080390.1:43358832-43358842promoter 内 2734-2744 bp - 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 43354008-43357575(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGCC
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SmilChr03G002718 Chr03 NC_080389.1:43203611-43203621promoter 内 2595-2605 bp - 1396 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 43200851-43202215(-) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 GTCGTACGGAA
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SmilChr01G004164 Chr01 NC_080387.1:60131142-60131152promoter 内 2075-2085 bp + 1916 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 60133068-60134915(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 ACTGTACGGCA
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SmilChr04G000287 Chr04 NC_080390.1:2661257-2661267promoter 内 1991-2001 bp + 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 2663267-2664339(+) SMil_00026506-RA_Salv MP00555 CTTGTACGGCC