转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G005433; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021978-RA_Salv SmilChr02G005433 WRKY XP_057792682.1 MP00209 CGTTGACTTTTTTTAACAT

可能结合的靶基因

9910 个结合位点 8083 个候选靶基因 第 26 / 162 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr08G001102 Chr08 NC_080394.1:8512014-8512032promoter 内 1792-1810 bp + 2191 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 8514223-8518250(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGACTGA
SmilChr02G003467 Chr02 NC_080388.1:55970488-55970506promoter 内 1695-1713 bp + 2288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 55972794-55975525(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGATTGA
SmilChr03G000544 Chr03 NC_080389.1:5904099-5904117promoter 内 1664-1682 bp - 2319 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 5906436-5914549(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACTTTGGGGAGGTCAACG
SmilChr01G001222 Chr01 NC_080387.1:24509541-24509559promoter 内 1524-1542 bp + 2459 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 24490718-24507082(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GCTATCAACGTAGTCAACG
SmilChr01G003826 Chr01 NC_080387.1:56591466-56591484promoter 内 1477-1495 bp + 2506 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 56593990-56598392(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCCCCAAAGTC
SmilChr01G003836 Chr01 NC_080387.1:56714990-56715008promoter 内 1469-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 56708052-56712476(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCCCCAAAGTC
SmilChr01G000576 Chr01 NC_080387.1:11984699-11984717promoter 内 1402-1420 bp - 2581 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 11987298-11989109(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGGATCGACAGAGTCAACT
SmilChr04G002499 Chr04 NC_080390.1:39921195-39921213promoter 内 1382-1400 bp - 2601 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 39923814-39929691(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GATATATAAATAGTCAACG
SmilChr08G003090 Chr08 NC_080394.1:31114953-31114971promoter 内 1248-1266 bp - 2735 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 31111109-31112218(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCCCCAAAGTC
SmilChr01G002848 Chr01 NC_080387.1:47050216-47050234promoter 内 990-1008 bp - 2993 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 47053227-47058908(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AAAATTGAAACAGTCAACG
SmilChr01G002600 Chr01 NC_080387.1:44177957-44177975promoter 内 855-873 bp + 3128 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 44170440-44174829(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TTCTACGAGGAAGTCAACG
SmilChr07G000115 Chr07 NC_080393.1:648155-648173promoter 内 798-816 bp - 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 644810-644970(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCACCGCGCACCG
SmilChr01G005674 Chr01 NC_080387.1:73014999-73015017promoter 内 736-754 bp + 3247 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 73018264-73019041(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGATTGA
SmilChr05G001561 Chr05 NC_080391.1:14302748-14302766promoter 内 701-719 bp - 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 14299396-14299466(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTGAATATATA
SmilChr07G002005 Chr07 NC_080393.1:17791499-17791517promoter 内 607-625 bp + 3376 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 17787731-17788123(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TCAATCATAAAAGTCAACG
SmilChr01G002525 Chr01 NC_080387.1:43221247-43221265promoter 内 417-435 bp + 3566 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 43224831-43231129(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGATTGA
SmilChr02G004771 Chr02 NC_080388.1:69891703-69891721promoter 内 412-430 bp - 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 69880677-69888132(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGATTGA
SmilChr08G000302 Chr08 NC_080394.1:2121606-2121624promoter 内 387-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 2114067-2118010(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGACTGA
SmilChr01G001495 Chr01 NC_080387.1:28809192-28809210promoter 内 350-368 bp - 3633 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 28804866-28805559(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGATTGA
SmilChr04G002526 Chr04 NC_080390.1:40301739-40301757promoter 内 15-33 bp - 3968 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 2 40305725-40311633(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GATATATAAATAGTCAACG
SmilChr06G002962 Chr06 NC_080392.1:42404934-42404952promoter 内 3909-3927 bp + 74 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42402488-42404860(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 TCGCCCATGGAGGTCAACG
SmilChr02G001976 Chr02 NC_080388.1:35723438-35723456promoter 内 3901-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 35723538-35723879(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GTATTTTACTCAGTCAACG
SmilChr05G003390 Chr05 NC_080391.1:44927792-44927810promoter 内 3885-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 44926187-44927694(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GACTTTGGGGAGGTCAACG
SmilChr04G003816 Chr04 NC_080390.1:54319429-54319447promoter 内 3877-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 54319553-54320253(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCCCCAAAGTC
SmilChr04G000906 Chr04 NC_080390.1:11791815-11791833promoter 内 3851-3869 bp + 132 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 11789200-11791683(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 GAGGCAGTCAAAGTCAAAG
SmilChr05G002287 Chr05 NC_080391.1:24633960-24633978promoter 内 3824-3842 bp + 159 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 24634137-24641537(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AGTTGACTCTGTCGATCCT
SmilChr04G000439 Chr04 NC_080390.1:4647795-4647813promoter 内 3822-3840 bp + 161 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 4647974-4659034(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGATTGA
SmilChr06G003039 Chr06 NC_080392.1:43255230-43255248promoter 内 3821-3839 bp - 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 43227478-43255068(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGACTGA
SmilChr03G002651 Chr03 NC_080389.1:42173827-42173845promoter 内 3750-3768 bp + 233 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 42171587-42173594(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGCCCTTACGCGGTCAACG
SmilChr03G004001 Chr03 NC_080389.1:59043288-59043306promoter 内 3748-3766 bp - 235 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59038436-59043053(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGATTGA
SmilChr03G003778 Chr03 NC_080389.1:56926638-56926656promoter 内 3745-3763 bp - 238 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 56925858-56926400(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACCTCCCCAAAGTC
SmilChr02G003968 Chr02 NC_080388.1:61824698-61824716promoter 内 3703-3721 bp - 280 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 61823186-61824418(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGACTGA
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62805064-62805082promoter 内 3695-3713 bp - 288 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 62801628-62804776(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTTTTATGATTGA
SmilChr01G004113 Chr01 NC_080387.1:59652830-59652848promoter 内 3665-3683 bp - 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 59653166-59658647(+) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 AACTCTACTGCAGTCAACG
SmilChr01G000148 Chr01 NC_080387.1:2549194-2549212promoter 内 3571-3589 bp - 412 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.5/ 100 1 2548627-2548782(-) SMil_00021978-RA_Salv MP00209 CGTTGACTACGTCCCTACC
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