转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr07G002803; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00020702-RA_Salv SmilChr07G002803 NAC XP_057777238.1 MP00221 ACACGTAACTT

可能结合的靶基因

9903 个结合位点 7965 个候选靶基因 第 26 / 160 下载 TSV

上一页 26 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G000171 Chr05 NC_080391.1:1345966-1345976promoter 内 2041-2051 bp + 1950 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 1343933-1344016(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr05G000170 Chr05 NC_080391.1:1345966-1345976promoter 内 1364-1374 bp + 2627 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 3 1339915-1343339(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr05G000475 Chr05 NC_080391.1:3652519-3652529promoter 内 3929-3939 bp - 62 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 3650708-3652457(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCTC
SmilChr02G004564 Chr02 NC_080388.1:68156637-68156647promoter 内 3837-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 68151567-68156483(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr02G001021 Chr02 NC_080388.1:18037815-18037825promoter 内 3557-3567 bp + 434 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 18031757-18037381(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr04G003608 Chr04 NC_080390.1:52558402-52558412promoter 内 3461-3471 bp - 530 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 52553997-52557872(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTCT
SmilChr02G002875 Chr02 NC_080388.1:48994329-48994339promoter 内 3298-3308 bp - 693 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 48995032-48996916(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGATACGTGT
SmilChr04G001762 Chr04 NC_080390.1:28985964-28985974promoter 内 3190-3200 bp - 801 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 28986775-28987281(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr02G004691 Chr02 NC_080388.1:69261081-69261091promoter 内 3187-3197 bp - 804 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 69261895-69268038(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr05G000201 Chr05 NC_080391.1:1605847-1605857promoter 内 3080-3090 bp - 911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 1602192-1604936(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAACG
SmilChr04G002561 Chr04 NC_080390.1:40922144-40922154promoter 内 2854-2864 bp - 1137 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 40923291-40924443(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr05G000436 Chr05 NC_080391.1:3309339-3309349promoter 内 2443-2453 bp - 1548 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 3303914-3307791(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTCT
SmilChr02G005145 Chr02 NC_080388.1:72851504-72851514promoter 内 2183-2193 bp + 1808 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 72853322-72853687(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTCT
SmilChr02G004331 Chr02 NC_080388.1:65592413-65592423promoter 内 1464-1474 bp - 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 65584992-65589886(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTCT
SmilChr02G001353 Chr02 NC_080388.1:25297584-25297594promoter 内 853-863 bp + 3138 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 25292448-25294446(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGATACGTGT
SmilChr05G002084 Chr05 NC_080391.1:21773532-21773542promoter 内 694-704 bp + 3297 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 21776839-21779324(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAACG
SmilChr02G003992 Chr02 NC_080388.1:62218707-62218717promoter 内 521-531 bp + 3470 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 62222187-62223521(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTCT
SmilChr03G000417 Chr03 NC_080389.1:4496425-4496435promoter 内 440-450 bp + 3551 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 4499986-4500669(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCTC
SmilChr01G004871 Chr01 NC_080387.1:66834665-66834675promoter 内 352-362 bp - 3639 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 66828607-66831026(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTCT
SmilChr02G003924 Chr02 NC_080388.1:61314951-61314961promoter 内 341-351 bp - 3650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 61318611-61324376(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 CGTTTACGTGT
SmilChr02G000331 Chr02 NC_080388.1:4213049-4213059promoter 内 259-269 bp - 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 4207634-4209317(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 TTACGTAACCG
SmilChr01G004361 Chr01 NC_080387.1:61805612-61805622promoter 内 227-237 bp + 3764 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 61797285-61801848(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr01G005119 Chr01 NC_080387.1:68985238-68985248promoter 内 127-137 bp + 3864 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 68989112-68990596(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCTC
SmilChr02G005498 Chr02 NC_080388.1:75129091-75129101promoter 内 99-109 bp - 3892 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 2 75132993-75137687(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr03G000644 Chr03 NC_080389.1:7159260-7159270promoter 内 3989-3999 bp - 2 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 7156954-7159258(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATCTC
SmilChr02G005116 Chr02 NC_080388.1:72669874-72669884promoter 内 3937-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72669938-72672026(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr01G003806 Chr01 NC_080387.1:56448129-56448139promoter 内 3936-3946 bp + 55 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56446152-56448074(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr01G003868 Chr01 NC_080387.1:56917748-56917758promoter 内 3911-3921 bp - 80 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56917838-56919766(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr02G005307 Chr02 NC_080388.1:73987766-73987776promoter 内 3905-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 73985367-73987680(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr02G005111 Chr02 NC_080388.1:72631613-72631623promoter 内 3792-3802 bp - 199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 72631822-72632954(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr04G003641 Chr04 NC_080390.1:52888286-52888296promoter 内 3791-3801 bp - 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 52888496-52891657(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 GAGATACGTGT
SmilChr03G003721 Chr03 NC_080389.1:56225289-56225299promoter 内 3780-3790 bp + 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 56217161-56225078(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr05G004153 Chr05 NC_080391.1:55458931-55458941promoter 内 3779-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55459153-55461097(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 AGAATACGTGT
SmilChr05G002527 Chr05 NC_080391.1:28104946-28104956promoter 内 3746-3756 bp + 245 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 28105201-28106014(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTAAACG
SmilChr05G004160 Chr05 NC_080391.1:55504374-55504384promoter 内 3396-3406 bp + 595 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 55504979-55507681(+) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTCT
SmilChr02G003309 Chr02 NC_080388.1:54348374-54348384promoter 内 3346-3356 bp - 645 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.2/ 100 1 54345754-54347729(-) SMil_00020702-RA_Salv MP00221 ACACGTATTCT
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