转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G002704; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00005062-RA_Salv SmilChr04G002704 ERF XP_057807081.1 MP00026 CACCGACCAT

可能结合的靶基因

9854 个结合位点 7408 个候选靶基因 第 28 / 149 下载 TSV

上一页 28 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G002468 Chr04 NC_080390.1:39499901-39499910promoter 内 750-759 bp - 3242 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 39503152-39505282(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTGGTCGGCC
SmilChr04G000988 Chr04 NC_080390.1:13390756-13390765promoter 内 675-684 bp - 3317 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 13394082-13417190(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTGGTCGGCC
SmilChr05G004267 Chr05 NC_080391.1:56452486-56452495promoter 内 226-235 bp + 3766 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 56456261-56459762(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GGCCGACCAG
SmilChr04G003491 Chr04 NC_080390.1:51354595-51354604promoter 内 6-15 bp + 3986 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.1/ 100 1 51350130-51350609(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CTGGTCGGCC
SmilChr01G000965 Chr01 NC_080387.1:20489798-20489807promoter 内 1313-1322 bp + 2679 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 6 20483415-20487119(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr05G000357 Chr05 NC_080391.1:2680198-2680207promoter 内 1189-1198 bp - 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 2675180-2677395(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr05G004268 Chr05 NC_080391.1:56461322-56461331promoter 内 716-725 bp - 3276 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 4 56464607-56467849(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr03G003076 Chr03 NC_080389.1:47782321-47782330promoter 内 3955-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 47781488-47782284(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr02G002887 Chr02 NC_080388.1:49169143-49169152promoter 内 2572-2581 bp - 1420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 49170572-49173761(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr02G000356 Chr02 NC_080388.1:4592585-4592594promoter 内 1958-1967 bp + 2034 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 4594628-4601151(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr02G005600 Chr02 NC_080388.1:75718544-75718553promoter 内 1834-1843 bp - 2158 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 3 75714527-75716386(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr01G004323 Chr01 NC_080387.1:61395785-61395794promoter 内 3146-3155 bp - 846 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 61396640-61402054(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr02G000718 Chr02 NC_080388.1:11532505-11532514promoter 内 3000-3009 bp - 992 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 11533506-11537729(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr02G000717 Chr02 NC_080388.1:11532505-11532514promoter 内 2796-2805 bp - 1196 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 11527730-11531309(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr06G000455 Chr06 NC_080392.1:3681631-3681640promoter 内 2489-2498 bp + 1503 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 3677323-3680128(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr01G004506 Chr01 NC_080387.1:63165793-63165802promoter 内 2408-2417 bp + 1584 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 63167386-63168771(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr05G000353 Chr05 NC_080391.1:2635709-2635718promoter 内 2256-2265 bp - 1736 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 2637454-2639308(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr01G005285 Chr01 NC_080387.1:70214091-70214100promoter 内 2193-2202 bp - 1799 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 70215899-70216693(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr04G001001 Chr04 NC_080390.1:13897069-13897078promoter 内 1804-1813 bp + 2188 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 13892626-13894881(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr05G000413 Chr05 NC_080391.1:3135912-3135921promoter 内 913-922 bp + 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 3130443-3132833(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr03G003366 Chr03 NC_080389.1:52009704-52009713promoter 内 827-836 bp + 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 52005138-52006539(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr05G000359 Chr05 NC_080391.1:2680198-2680207promoter 内 620-629 bp - 3372 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 2683579-2685331(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr03G002475 Chr03 NC_080389.1:39216207-39216216promoter 内 600-609 bp + 3392 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 2 39211130-39212815(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr03G001687 Chr03 NC_080389.1:22282993-22283002promoter 内 3970-3979 bp - 22 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 22282306-22282971(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr03G004671 Chr03 NC_080389.1:64166485-64166494promoter 内 3927-3936 bp - 65 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 64166559-64168856(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr06G000847 Chr06 NC_080392.1:8009078-8009087promoter 内 3865-3874 bp + 127 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 7995821-8008951(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr06G000361 Chr06 NC_080392.1:2762069-2762078promoter 内 3787-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 2762283-2765846(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr03G004670 Chr03 NC_080389.1:64166485-64166494promoter 内 3786-3795 bp - 206 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 64163545-64166279(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr04G004163 Chr04 NC_080390.1:56300365-56300374promoter 内 3775-3784 bp - 217 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 56300591-56302912(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr01G004187 Chr01 NC_080387.1:60296480-60296489promoter 内 3598-3607 bp + 394 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 60296883-60301401(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr04G003098 Chr04 NC_080390.1:47578165-47578174promoter 内 3592-3601 bp + 400 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47578574-47579306(+) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr02G002722 Chr02 NC_080388.1:47058328-47058337promoter 内 3572-3581 bp + 420 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 47056261-47057908(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr05G002275 Chr05 NC_080391.1:24473739-24473748promoter 内 3543-3552 bp - 449 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 24472206-24473290(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr04G003574 Chr04 NC_080390.1:52160613-52160622promoter 内 3477-3486 bp + 515 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 52157094-52160098(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
SmilChr01G003665 Chr01 NC_080387.1:55071083-55071092promoter 内 3288-3297 bp - 704 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 55067997-55070379(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 CACCGACAAC
SmilChr01G003640 Chr01 NC_080387.1:54902090-54902099promoter 内 3170-3179 bp + 822 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 54897961-54901268(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG
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SmilChr02G002069 Chr02 NC_080388.1:37245999-37246008promoter 内 1791-1800 bp + 2201 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 37243238-37243798(-) SMil_00005062-RA_Salv MP00026 GTTGTCGGTG