靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。
下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。
| 转录因子 ID | Family | Motifs | 候选靶基因 | 候选位点 | 操作 |
|---|---|---|---|---|---|
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00592 |
8519 | 9901 | 查靶基因 | |
| ARR-B | 1MP00010 |
8344 | 9778 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00059 |
8333 | 9940 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00296 |
8304 | 9873 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00114 |
8151 | 9897 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00408 |
8149 | 9902 | 查靶基因 | |
| Nin-like | 1MP00449 |
8096 | 9453 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00209 |
8083 | 9910 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00627 |
8075 | 9835 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00450 |
8044 | 9901 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00558 |
8044 | 9762 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00096 |
8019 | 9914 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00476 |
7981 | 9904 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00221 |
7965 | 9903 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00069 |
7882 | 9917 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00406 |
7839 | 9917 | 查靶基因 | |
| TALE | 1MP00670 |
7758 | 9906 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00555 |
7648 | 9805 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00021 |
7629 | 9812 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00132 |
7583 | 9926 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00609 |
7575 | 9941 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00529 |
7559 | 9247 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00510 |
7526 | 9799 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00058 |
7440 | 9855 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00303 |
7416 | 9868 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00565 |
7412 | 9785 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00026 |
7408 | 9854 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00071 |
7408 | 9764 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00033 |
7406 | 9827 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00074 |
7396 | 9969 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00216 |
7342 | 9832 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00539 |
7338 | 9848 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00574 |
7302 | 9846 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00464 |
7299 | 9864 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00315 |
7291 | 9567 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00525 |
7235 | 9838 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00171 |
7182 | 9833 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00506 |
7173 | 9818 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00272 |
7172 | 9889 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00184 |
7147 | 9840 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00647 |
7133 | 9953 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00485 |
7130 | 8059 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00134 |
7078 | 8676 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00312 |
7006 | 8490 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00564 |
6984 | 9893 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00022 |
6959 | 9720 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00040 |
6920 | 9919 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00151 |
6907 | 9976 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00455 |
6900 | 9792 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00482 |
6899 | 8940 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00291 |
6894 | 9321 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00307 |
6893 | 9755 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00195 |
6878 | 9832 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00388 |
6870 | 9774 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00318 |
6849 | 9413 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00633 |
6833 | 8026 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00308 |
6805 | 9826 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00082 |
6784 | 9435 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00080 |
6766 | 9850 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00028 |
6764 | 9024 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00191 |
6736 | 9690 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00081 |
6729 | 9942 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00500 |
6697 | 9681 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00452 |
6671 | 7783 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00531 |
6663 | 9784 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00200 |
6661 | 9930 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00034 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00660 |
6653 | 9929 | 查靶基因 | |
| MYB | 1MP00055 |
6638 | 9685 | 查靶基因 | |
| SBP | 1MP00634 |
6619 | 7771 | 查靶基因 | |
| bHLH | 1MP00035 |
6618 | 9903 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00568 |
6611 | 9696 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00039 |
6610 | 9936 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00284 |
6552 | 9774 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00422 |
6535 | 9791 | 查靶基因 | |
| ARF | 1MP00153 |
6534 | 9706 | 查靶基因 | |
| YABBY | 1MP00620 |
6504 | 9844 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00169 |
6498 | 7295 | 查靶基因 | |
| G2-like | 1MP00252 |
6478 | 9780 | 查靶基因 | |
| NAC | 1MP00108 |
6458 | 9810 | 查靶基因 | |
| TCP | 1MP00062 |
6454 | 7249 | 查靶基因 | |
| RAV | 1MP00024 |
6450 | 9853 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00167 |
6439 | 9756 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00416 |
6433 | 9716 | 查靶基因 | |
| C2H2 | 1MP00608 |
6398 | 9817 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00240 |
6368 | 9978 | 查靶基因 | |
| MYB_related | 1MP00607 |
6362 | 9718 | 查靶基因 | |
| Dof | 1MP00402 |
6278 | 9875 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00409 |
6252 | 8429 | 查靶基因 | |
| GRAS | 1MP00611 |
6232 | 9807 | 查靶基因 | |
| bZIP | 1MP00648 |
6170 | 9939 | 查靶基因 | |
| ERF | 1MP00120 |
6144 | 7514 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00251 |
6140 | 9713 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00077 |
6125 | 9815 | 查靶基因 | |
| GATA | 1MP00130 |
6015 | 9821 | 查靶基因 | |
| MIKC_MADS | 1MP00508 |
5979 | 7481 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00260 |
5932 | 9706 | 查靶基因 | |
| HD-ZIP | 1MP00013 |
5927 | 9712 | 查靶基因 | |
| WRKY | 1MP00299 |
5919 | 9699 | 查靶基因 |
输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90
| TF ID | 新 Gene ID | 家族 | Protein | Motif | 共识序列 |
|---|---|---|---|---|---|
SMil_00007112-RA_Salv |
SmilChr02G001791 |
TCP | XP_057795933.1 |
MP00062 |
GGGACCAC |
7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 29 / 130 下载 TSV
| 靶基因 | 染色体 | 最佳结合位点 | 链方向 | 靶基因上游距离 | 结合可能性 | 启动子命中位点 | 基因区间 | TF | Motif | 匹配序列 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SmilChr07G003629 |
Chr07 | NC_080393.1:42840490-42840497promoter 内 1506-1513 bp |
+ | 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 42842985-42844942(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr07G002450 |
Chr07 | NC_080393.1:23034920-23034927promoter 内 1504-1511 bp |
+ | 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 23037417-23039879(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G000805 |
Chr01 | NC_080387.1:17422243-17422250promoter 内 1502-1509 bp |
+ | 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 17424742-17427727(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr06G002361 |
Chr06 | NC_080392.1:34395180-34395187promoter 内 1502-1509 bp |
- | 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34397679-34398254(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr01G004373 |
Chr01 | NC_080387.1:61931329-61931336promoter 内 1500-1507 bp |
+ | 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 61933830-61935588(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr08G004137 |
Chr08 | NC_080394.1:50394313-50394320promoter 内 1497-1504 bp |
+ | 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 50396817-50400469(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr07G002156 |
Chr07 | NC_080393.1:19729342-19729349promoter 内 1496-1503 bp |
+ | 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 19724640-19726844(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr03G000730 |
Chr03 | NC_080389.1:8217554-8217561promoter 内 1494-1501 bp |
+ | 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 8212387-8215054(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr01G003012 |
Chr01 | NC_080387.1:49156542-49156549promoter 内 1493-1500 bp |
- | 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 49159050-49166685(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr03G002207 |
Chr03 | NC_080389.1:34770132-34770139promoter 内 1490-1497 bp |
- | 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34772643-34776230(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr08G001577 |
Chr08 | NC_080394.1:12983394-12983401promoter 内 1489-1496 bp |
- | 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 12985906-12987609(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr03G000350 |
Chr03 | NC_080389.1:3924215-3924222promoter 内 1487-1494 bp |
- | 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 3926729-3927735(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr02G003674 |
Chr02 | NC_080388.1:58125276-58125283promoter 内 1486-1493 bp |
- | 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 58127791-58131837(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr04G002626 |
Chr04 | NC_080390.1:41684097-41684104promoter 内 1486-1493 bp |
- | 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 41680936-41681589(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G000570 |
Chr01 | NC_080387.1:11835533-11835540promoter 内 1480-1487 bp |
+ | 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 11838054-11840706(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr02G002391 |
Chr02 | NC_080388.1:41826748-41826755promoter 内 1480-1487 bp |
+ | 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 41829269-41830793(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr04G000208 |
Chr04 | NC_080390.1:1854142-1854149promoter 内 1473-1480 bp |
+ | 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 1850725-1851621(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr03G003727 |
Chr03 | NC_080389.1:56288758-56288765promoter 内 1470-1477 bp |
+ | 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 56291289-56293924(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr04G001289 |
Chr04 | NC_080390.1:20563945-20563952promoter 内 1470-1477 bp |
+ | 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 20566476-20567639(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr03G002205 |
Chr03 | NC_080389.1:34754846-34754853promoter 内 1468-1475 bp |
+ | 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 34757379-34761774(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G002844 |
Chr01 | NC_080387.1:47016057-47016064promoter 内 1467-1474 bp |
+ | 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 47012250-47013530(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr05G000623 |
Chr05 | NC_080391.1:4703745-4703752promoter 内 1467-1474 bp |
+ | 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 4706279-4715947(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr05G000658 |
Chr05 | NC_080391.1:4956058-4956065promoter 内 1465-1472 bp |
+ | 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 4951831-4953529(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr08G004456 |
Chr08 | NC_080394.1:54268799-54268806promoter 内 1465-1472 bp |
- | 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54271335-54272630(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr01G004675 |
Chr01 | NC_080387.1:64844070-64844077promoter 内 1463-1470 bp |
+ | 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 64846608-64849641(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G004471 |
Chr01 | NC_080387.1:62807316-62807323promoter 内 1454-1461 bp |
- | 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 62801628-62804776(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G004739 |
Chr01 | NC_080387.1:65580970-65580977promoter 内 1447-1454 bp |
- | 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 65583524-65588628(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr08G004208 |
Chr08 | NC_080394.1:51491246-51491253promoter 内 1445-1452 bp |
+ | 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51486291-51488697(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr01G003322 |
Chr01 | NC_080387.1:51925626-51925633promoter 内 1444-1451 bp |
+ | 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51920813-51923076(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr05G003329 |
Chr05 | NC_080391.1:43683259-43683266promoter 内 1444-1451 bp |
+ | 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 43685816-43687626(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr08G001149 |
Chr08 | NC_080394.1:9062780-9062787promoter 内 1444-1451 bp |
- | 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 9057738-9060230(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr06G002327 |
Chr06 | NC_080392.1:33671728-33671735promoter 内 1443-1450 bp |
- | 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33662077-33669177(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G001552 |
Chr01 | NC_080387.1:29513054-29513061promoter 内 1442-1449 bp |
- | 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 29507698-29510502(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr05G002832 |
Chr05 | NC_080391.1:33653509-33653516promoter 内 1441-1448 bp |
- | 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 33646582-33650956(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr01G002103 |
Chr01 | NC_080387.1:37058859-37058866promoter 内 1436-1443 bp |
+ | 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 37061424-37062479(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr02G004041 |
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+ | 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 62719642-62725784(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
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+ | 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 10891801-10894381(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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Chr08 | NC_080394.1:40581110-40581117promoter 内 1435-1442 bp |
+ | 2559 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 40578449-40578551(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr01G003678 |
Chr01 | NC_080387.1:55192035-55192042promoter 内 1434-1441 bp |
+ | 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 55194602-55196007(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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Chr03 | NC_080389.1:52374398-52374405promoter 内 1434-1441 bp |
+ | 2560 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 52369776-52371838(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
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- | 2561 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 14052273-14053478(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GTGGTCCC |
SmilChr01G006140 |
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- | 2562 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 76909055-76913283(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
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GGGACCAC |
SmilChr02G003076 |
Chr02 | NC_080388.1:51681171-51681178promoter 内 1431-1438 bp |
+ | 2563 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 51683741-51687524(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr02G003678 |
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- | 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 58147251-58156922(-) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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+ | 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 54921667-54927229(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
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GGGACCAC |
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+ | 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 9356991-9359244(+) |
SMil_00007112-RA_Salv |
MP00062 |
GGGACCAC |
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- | 2565 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 23237326-23252423(-) |
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GGGACCAC |
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- | 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 58964002-58969077(-) |
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MP00062 |
GGGACCAC |
SmilChr03G002799 |
Chr03 | NC_080389.1:44488887-44488894promoter 内 1423-1430 bp |
+ | 2571 bp 位于靶基因 TSS 上游 | 100.0/ 100 | 1 | 44482541-44486316(-) |
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