转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G001791; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00007112-RA_Salv SmilChr02G001791 TCP XP_057795933.1 MP00062 GGGACCAC

可能结合的靶基因

7249 个结合位点 6454 个候选靶基因 第 29 / 130 下载 TSV

上一页 29 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G003629 Chr07 NC_080393.1:42840490-42840497promoter 内 1506-1513 bp + 2488 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 42842985-42844942(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr07G002450 Chr07 NC_080393.1:23034920-23034927promoter 内 1504-1511 bp + 2490 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 23037417-23039879(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G000805 Chr01 NC_080387.1:17422243-17422250promoter 内 1502-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 17424742-17427727(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr06G002361 Chr06 NC_080392.1:34395180-34395187promoter 内 1502-1509 bp - 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34397679-34398254(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G004373 Chr01 NC_080387.1:61931329-61931336promoter 内 1500-1507 bp + 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 61933830-61935588(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr08G004137 Chr08 NC_080394.1:50394313-50394320promoter 内 1497-1504 bp + 2497 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 50396817-50400469(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr07G002156 Chr07 NC_080393.1:19729342-19729349promoter 内 1496-1503 bp + 2498 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 19724640-19726844(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr03G000730 Chr03 NC_080389.1:8217554-8217561promoter 内 1494-1501 bp + 2500 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 8212387-8215054(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G003012 Chr01 NC_080387.1:49156542-49156549promoter 内 1493-1500 bp - 2501 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 49159050-49166685(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr03G002207 Chr03 NC_080389.1:34770132-34770139promoter 内 1490-1497 bp - 2504 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34772643-34776230(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G001577 Chr08 NC_080394.1:12983394-12983401promoter 内 1489-1496 bp - 2505 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 12985906-12987609(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr03G000350 Chr03 NC_080389.1:3924215-3924222promoter 内 1487-1494 bp - 2507 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 3926729-3927735(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr02G003674 Chr02 NC_080388.1:58125276-58125283promoter 内 1486-1493 bp - 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 58127791-58131837(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr04G002626 Chr04 NC_080390.1:41684097-41684104promoter 内 1486-1493 bp - 2508 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 41680936-41681589(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G000570 Chr01 NC_080387.1:11835533-11835540promoter 内 1480-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 11838054-11840706(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G002391 Chr02 NC_080388.1:41826748-41826755promoter 内 1480-1487 bp + 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 41829269-41830793(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr04G000208 Chr04 NC_080390.1:1854142-1854149promoter 内 1473-1480 bp + 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 1850725-1851621(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr03G003727 Chr03 NC_080389.1:56288758-56288765promoter 内 1470-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 56291289-56293924(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr04G001289 Chr04 NC_080390.1:20563945-20563952promoter 内 1470-1477 bp + 2524 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 20566476-20567639(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr03G002205 Chr03 NC_080389.1:34754846-34754853promoter 内 1468-1475 bp + 2526 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 34757379-34761774(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G002844 Chr01 NC_080387.1:47016057-47016064promoter 内 1467-1474 bp + 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 47012250-47013530(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr05G000623 Chr05 NC_080391.1:4703745-4703752promoter 内 1467-1474 bp + 2527 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4706279-4715947(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr05G000658 Chr05 NC_080391.1:4956058-4956065promoter 内 1465-1472 bp + 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 4951831-4953529(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G004456 Chr08 NC_080394.1:54268799-54268806promoter 内 1465-1472 bp - 2529 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 54271335-54272630(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G004675 Chr01 NC_080387.1:64844070-64844077promoter 内 1463-1470 bp + 2531 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 64846608-64849641(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G004471 Chr01 NC_080387.1:62807316-62807323promoter 内 1454-1461 bp - 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 62801628-62804776(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G004739 Chr01 NC_080387.1:65580970-65580977promoter 内 1447-1454 bp - 2547 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 65583524-65588628(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr08G004208 Chr08 NC_080394.1:51491246-51491253promoter 内 1445-1452 bp + 2549 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51486291-51488697(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr01G003322 Chr01 NC_080387.1:51925626-51925633promoter 内 1444-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 51920813-51923076(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
SmilChr05G003329 Chr05 NC_080391.1:43683259-43683266promoter 内 1444-1451 bp + 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 43685816-43687626(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr08G001149 Chr08 NC_080394.1:9062780-9062787promoter 内 1444-1451 bp - 2550 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 9057738-9060230(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr06G002327 Chr06 NC_080392.1:33671728-33671735promoter 内 1443-1450 bp - 2551 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33662077-33669177(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G001552 Chr01 NC_080387.1:29513054-29513061promoter 内 1442-1449 bp - 2552 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 29507698-29510502(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr05G002832 Chr05 NC_080391.1:33653509-33653516promoter 内 1441-1448 bp - 2553 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 33646582-33650956(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr01G002103 Chr01 NC_080387.1:37058859-37058866promoter 内 1436-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 37061424-37062479(+) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GGGACCAC
SmilChr02G004041 Chr02 NC_080388.1:62728342-62728349promoter 内 1436-1443 bp + 2558 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 1 62719642-62725784(-) SMil_00007112-RA_Salv MP00062 GTGGTCCC
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