转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002743; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00022510-RA_Salv SmilChr01G002743 MYB_related XP_057765725.1 MP00565 AACCTTATCCATAAA

可能结合的靶基因

9785 个结合位点 7412 个候选靶基因 第 3 / 149 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002902 Chr03 NC_080389.1:45774178-45774192promoter 内 3521-3535 bp + 466 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45768550-45773712(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTTTGGATAAGATT
SmilChr02G004575 Chr02 NC_080388.1:68249837-68249851promoter 内 2801-2815 bp - 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68251037-68253803(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATTTGGATAAGATT
SmilChr03G004201 Chr03 NC_080389.1:60634798-60634812promoter 内 2678-2692 bp + 1309 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 60636121-60638293(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AGCCTTATCCAATAT
SmilChr03G004200 Chr03 NC_080389.1:60634798-60634812promoter 内 1830-1844 bp + 2157 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 60630235-60632641(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATATTGGATAAGGCT
SmilChr02G004574 Chr02 NC_080388.1:68249837-68249851promoter 内 1388-1402 bp - 2599 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 68246240-68247238(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCAAATT
SmilChr04G003719 Chr04 NC_080390.1:53536608-53536622promoter 内 116-130 bp - 3871 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 53540493-53543900(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTAATGGATAAGGCA
SmilChr04G002940 Chr04 NC_080390.1:45643639-45643653promoter 内 51-65 bp - 3936 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 1 45633190-45639703(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCATTAA
SmilChr02G001322 Chr02 NC_080388.1:24561176-24561190promoter 内 3877-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 24561300-24564946(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr03G000070 Chr03 NC_080389.1:829973-829987promoter 内 3573-3587 bp + 414 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 828588-829559(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAATTGGATAAGGAT
SmilChr03G001174 Chr03 NC_080389.1:13496963-13496977promoter 内 3189-3203 bp - 798 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 13497775-13500713(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr03G001173 Chr03 NC_080389.1:13486655-13486669promoter 内 3184-3198 bp - 803 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 4 13487472-13490429(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr01G001028 Chr01 NC_080387.1:21429695-21429709promoter 内 3800-3814 bp + 187 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 21425967-21429508(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr01G002426 Chr01 NC_080387.1:41796726-41796740promoter 内 3557-3571 bp + 430 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 41792986-41796296(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr03G000661 Chr03 NC_080389.1:7400371-7400385promoter 内 3418-3432 bp + 569 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 7396237-7399802(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr03G001172 Chr03 NC_080389.1:13476346-13476360promoter 内 3182-3196 bp - 805 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 13477165-13480092(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr04G001820 Chr04 NC_080390.1:29698472-29698486promoter 内 3146-3160 bp - 841 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 29699327-29702229(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr03G001543 Chr03 NC_080389.1:19360270-19360284promoter 内 3143-3157 bp - 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 19361128-19363921(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr03G003342 Chr03 NC_080389.1:51750838-51750852promoter 内 560-574 bp + 3427 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 3 51754279-51757289(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCATTAA
SmilChr01G003481 Chr01 NC_080387.1:53368150-53368164promoter 内 1865-1879 bp + 2122 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 53363761-53366028(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CAAATGGATAAGATT
SmilChr01G003416 Chr01 NC_080387.1:52795408-52795422promoter 内 1724-1738 bp + 2263 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 2 52797685-52800784(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATCTTATCCATTTG
SmilChr02G001976 Chr02 NC_080388.1:35723278-35723292promoter 内 3741-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35723538-35723879(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AATGTGGATAAGGAT
SmilChr03G000642 Chr03 NC_080389.1:7076657-7076671promoter 内 3131-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 7077527-7080412(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GCATTGGATAAGGTT
SmilChr02G000059 Chr02 NC_080388.1:757164-757178promoter 内 3095-3109 bp - 892 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 755774-756272(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCTTTTA
SmilChr04G001222 Chr04 NC_080390.1:19072567-19072581promoter 内 2965-2979 bp + 1022 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 19073603-19077993(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCCACAAT
SmilChr02G001975 Chr02 NC_080388.1:35723278-35723292promoter 内 2868-2882 bp - 1119 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35719848-35722159(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCACATT
SmilChr01G001262 Chr01 NC_080387.1:25325210-25325224promoter 内 2826-2840 bp - 1161 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 25323657-25324049(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GACCTTATCCACAAT
SmilChr04G001229 Chr04 NC_080390.1:19328953-19328967promoter 内 2423-2437 bp + 1564 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 19330531-19337972(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 AACCTTATCCTAAAG
SmilChr01G001455 Chr01 NC_080387.1:28237397-28237411promoter 内 2361-2375 bp + 1626 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 28239037-28242801(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCATTAA
SmilChr01G000586 Chr01 NC_080387.1:12669308-12669322promoter 内 2351-2365 bp + 1636 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 12667289-12667672(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAGTGGATAAGGTG
SmilChr02G000591 Chr02 NC_080388.1:8463825-8463839promoter 内 1971-1985 bp - 2016 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 8465855-8466898(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GAAGTGGATAAGGTG
SmilChr02G004345 Chr02 NC_080388.1:65733053-65733067promoter 内 1881-1895 bp + 2106 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 65735173-65737350(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCACAAT
SmilChr02G004344 Chr02 NC_080388.1:65733053-65733067promoter 内 1805-1819 bp + 2182 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 65730087-65730871(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATTGTGGATAAGGAT
SmilChr03G002350 Chr03 NC_080389.1:37130360-37130374promoter 内 1229-1243 bp + 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 37133132-37137085(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 CACCTTATCCATTTA
SmilChr04G004077 Chr04 NC_080390.1:55838754-55838768promoter 内 639-653 bp - 3348 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 55842116-55846248(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 GTTTTGGATAATGTT
SmilChr02G001974 Chr02 NC_080388.1:35723278-35723292promoter 内 256-270 bp - 3731 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.9/ 100 1 35718038-35719547(-) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCACATT
SmilChr02G005374 Chr02 NC_080388.1:74421105-74421119promoter 内 3491-3505 bp + 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 3 74421615-74424248(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCCAAACT
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SmilChr02G005375 Chr02 NC_080388.1:74425126-74425140promoter 内 1185-1199 bp + 2802 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 2 74427942-74429920(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TACCTTATCCAAACT
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SmilChr02G002735 Chr02 NC_080388.1:47288620-47288634promoter 内 1173-1187 bp + 2814 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.8/ 100 1 47291448-47294412(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 ATCCTTATCCAATTT
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SmilChr01G005292 Chr01 NC_080387.1:70247864-70247878promoter 内 15-29 bp - 3972 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.7/ 100 3 70251850-70252761(+) SMil_00022510-RA_Salv MP00565 TTACTGGATAAGGTT