转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G003285; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025905-RA_Salv SmilChr05G003285 RAV XP_057810127.1 MP00024 TATGTTGC

可能结合的靶基因

9853 个结合位点 6450 个候选靶基因 第 3 / 129 下载 TSV

上一页 3 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G000394 Chr02 NC_080388.1:4883301-4883308promoter 内 3883-3890 bp + 111 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 4879706-4883190(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G001123 Chr01 NC_080387.1:22840628-22840635promoter 内 3775-3782 bp - 219 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 22840854-22842220(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004967 Chr01 NC_080387.1:67780729-67780736promoter 内 3754-3761 bp + 240 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 67780976-67783807(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G001460 Chr01 NC_080387.1:28362669-28362676promoter 内 3748-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 28360104-28362423(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G002623 Chr01 NC_080387.1:44503966-44503973promoter 内 3734-3741 bp + 260 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44504233-44507820(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G002567 Chr01 NC_080387.1:43770820-43770827promoter 内 3731-3738 bp + 263 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 43767301-43770557(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G001128 Chr01 NC_080387.1:22888302-22888309promoter 内 3578-3585 bp + 416 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 22887781-22887886(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001668 Chr02 NC_080388.1:30946615-30946622promoter 内 3576-3583 bp - 418 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 30947040-30948221(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G005002 Chr02 NC_080388.1:71820693-71820700promoter 内 3565-3572 bp + 429 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 71821129-71821929(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G001750 Chr02 NC_080388.1:32129670-32129677promoter 内 3547-3554 bp + 447 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 32127430-32129223(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G004935 Chr02 NC_080388.1:71335459-71335466promoter 内 3531-3538 bp + 463 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 71328852-71334996(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G006140 Chr01 NC_080387.1:76913762-76913769promoter 内 3515-3522 bp + 479 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 76909055-76913283(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G000717 Chr02 NC_080388.1:11531796-11531803promoter 内 3507-3514 bp + 487 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 11527730-11531309(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G001758 Chr01 NC_080387.1:32295058-32295065promoter 内 3493-3500 bp + 501 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 32292214-32294557(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G001378 Chr01 NC_080387.1:27152221-27152228promoter 内 3483-3490 bp + 511 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 27147069-27151710(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002386 Chr01 NC_080387.1:41108919-41108926promoter 内 3421-3428 bp - 573 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 41098661-41108346(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005300 Chr01 NC_080387.1:70296524-70296531promoter 内 3419-3426 bp + 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 70295068-70295949(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002181 Chr01 NC_080387.1:37947654-37947661promoter 内 3402-3409 bp - 592 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 37944382-37947062(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005606 Chr01 NC_080387.1:72605824-72605831promoter 内 3394-3401 bp - 600 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 72606431-72607348(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001585 Chr02 NC_080388.1:29603082-29603089promoter 内 3387-3394 bp + 607 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 29603696-29605036(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G002607 Chr02 NC_080388.1:45238137-45238144promoter 内 3363-3370 bp - 631 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 45236292-45237506(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G001752 Chr01 NC_080387.1:32248887-32248894promoter 内 3311-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 32249577-32251817(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004738 Chr01 NC_080387.1:65567940-65567947promoter 内 3311-3318 bp - 683 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 65563100-65567257(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G000404 Chr01 NC_080387.1:8237105-8237112promoter 内 3305-3312 bp - 689 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 8235658-8236416(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G000640 Chr01 NC_080387.1:14384642-14384649promoter 内 3296-3303 bp + 698 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 14381604-14383944(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001042 Chr02 NC_080388.1:18495261-18495268promoter 内 3285-3292 bp - 709 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 18495977-18498415(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G001281 Chr02 NC_080388.1:23640421-23640428promoter 内 3284-3291 bp + 710 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 23641138-23643741(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G002185 Chr02 NC_080388.1:39063829-39063836promoter 内 3256-3263 bp + 738 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 39059722-39063091(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G003041 Chr02 NC_080388.1:51149646-51149653promoter 内 3242-3249 bp + 752 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 51150405-51151238(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G005535 Chr02 NC_080388.1:75399544-75399551promoter 内 3227-3234 bp + 767 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 75395535-75398777(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G005226 Chr02 NC_080388.1:73468566-73468573promoter 内 3217-3224 bp - 777 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 73465722-73467789(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G002710 Chr02 NC_080388.1:46958718-46958725promoter 内 3140-3147 bp + 854 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 46957781-46957864(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002359 Chr02 NC_080388.1:41374226-41374233promoter 内 3138-3145 bp - 856 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 41375089-41377936(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004911 Chr01 NC_080387.1:67142033-67142040promoter 内 3124-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 67132267-67141163(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G005241 Chr01 NC_080387.1:69959441-69959448promoter 内 3084-3091 bp - 910 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 69957988-69958531(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000536 Chr02 NC_080388.1:7391259-7391266promoter 内 3023-3030 bp + 971 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 7392237-7393374(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000480 Chr02 NC_080388.1:6587515-6587522promoter 内 2994-3001 bp + 1000 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 6584781-6586515(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002007 Chr01 NC_080387.1:35629697-35629704promoter 内 2957-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 35626537-35628660(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G002010 Chr01 NC_080387.1:35661358-35661365promoter 内 2957-2964 bp - 1037 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 35658198-35660321(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G002610 Chr01 NC_080387.1:44333460-44333467promoter 内 2936-2943 bp + 1058 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 44330640-44332402(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002063 Chr01 NC_080387.1:36460258-36460265promoter 内 2934-2941 bp + 1060 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 36461325-36463456(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr01G004254 Chr01 NC_080387.1:60826370-60826377promoter 内 2933-2940 bp - 1061 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 60827438-60828265(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G002963 Chr01 NC_080387.1:48523206-48523213promoter 内 2914-2921 bp + 1080 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 48521423-48522126(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002483 Chr02 NC_080388.1:43215713-43215720promoter 内 2871-2878 bp - 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 43216843-43218769(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004612 Chr01 NC_080387.1:64082195-64082202promoter 内 2808-2815 bp + 1186 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 64076344-64081009(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G004988 Chr01 NC_080387.1:67916185-67916192promoter 内 2802-2809 bp + 1192 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 67917384-67919837(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G000473 Chr02 NC_080388.1:6470941-6470948promoter 内 2799-2806 bp + 1195 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 6467041-6469746(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr02G002311 Chr02 NC_080388.1:40735181-40735188promoter 内 2755-2762 bp + 1239 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 40731374-40733942(-) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 GCAACATA
SmilChr01G003847 Chr01 NC_080387.1:56776241-56776248promoter 内 2743-2750 bp + 1251 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 56777499-56780088(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC
SmilChr02G003644 Chr02 NC_080388.1:57798702-57798709promoter 内 2715-2722 bp + 1279 bp 位于靶基因 TSS 上游 100.0/ 100 3 57799988-57802024(+) SMil_00025905-RA_Salv MP00024 TATGTTGC