转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr03G001252; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00025976-RA_Salv SmilChr03G001252 bZIP XP_057802461.1 MP00291 AATGGTCACGTGGCA

可能结合的靶基因

9321 个结合位点 6894 个候选靶基因 第 30 / 138 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr05G001071 Chr05 NC_080391.1:8852995-8853009promoter 内 996-1010 bp + 2991 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 8856000-8864137(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAACGACACGTGGCA
SmilChr06G001763 Chr06 NC_080392.1:20603342-20603356promoter 内 881-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 20598312-20600236(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GCTGCTGACGTGGCC
SmilChr08G003581 Chr08 NC_080394.1:38585171-38585185promoter 内 844-858 bp + 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 38588328-38597372(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAACGACACGTGGCA
SmilChr07G001508 Chr07 NC_080393.1:12022095-12022109promoter 内 814-828 bp - 3173 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 12025282-12028518(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCACCACC
SmilChr03G004023 Chr03 NC_080389.1:59194407-59194421promoter 内 680-694 bp - 3307 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 59197728-59199496(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTGAGCATG
SmilChr02G000121 Chr02 NC_080388.1:1638785-1638799promoter 内 652-666 bp - 3335 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 1631201-1635450(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAACGACACGTGGCA
SmilChr03G001992 Chr03 NC_080389.1:29340745-29340759promoter 内 644-658 bp + 3343 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 29331425-29337402(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCGTTC
SmilChr05G003519 Chr05 NC_080391.1:46992990-46993004promoter 内 589-603 bp - 3398 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 46987806-46989592(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GAACGACACGTGGCA
SmilChr02G003744 Chr02 NC_080388.1:59089680-59089694promoter 内 416-430 bp + 3571 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 59093265-59098414(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCGTGTGACGTGGCA
SmilChr01G001477 Chr01 NC_080387.1:28554152-28554166promoter 内 245-259 bp + 3742 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28557908-28560722(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACTGAACACGTGGCA
SmilChr08G002863 Chr08 NC_080394.1:28462516-28462530promoter 内 142-156 bp + 3845 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 28456742-28458671(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCACCACC
SmilChr07G001143 Chr07 NC_080393.1:8585718-8585732promoter 内 99-113 bp + 3888 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 8589620-8590343(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATTATGACGTGGCA
SmilChr01G002582 Chr01 NC_080387.1:43959900-43959914promoter 内 80-94 bp - 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 43953659-43955993(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGGTGACGTGGCT
SmilChr06G000710 Chr06 NC_080392.1:6392971-6392985promoter 内 35-49 bp + 3952 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 6396937-6401290(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATCGTTGACGTGGCA
SmilChr05G001301 Chr05 NC_080391.1:11239378-11239392promoter 内 8-22 bp - 3979 bp 位于靶基因 TSS 上游 96.0/ 100 1 11243371-11245954(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCACCACC
SmilChr08G004180 Chr08 NC_080394.1:51214840-51214854promoter 内 2458-2472 bp - 1529 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 51210967-51213311(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACATGACACGTGGCA
SmilChr05G000785 Chr05 NC_080391.1:6130088-6130102promoter 内 1788-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 4 6126607-6127889(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGTCATGT
SmilChr03G003212 Chr03 NC_080389.1:49743352-49743366promoter 内 3934-3948 bp - 53 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 49743419-49745671(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCGGATGC
SmilChr02G002246 Chr02 NC_080388.1:39894424-39894438promoter 内 2723-2737 bp + 1264 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 39895702-39906559(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGCCCACGTGGAA
SmilChr05G002649 Chr05 NC_080391.1:29975359-29975373promoter 内 2158-2172 bp - 1829 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 29977202-29978950(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGGCACC
SmilChr02G000874 Chr02 NC_080388.1:15069122-15069136promoter 内 1203-1217 bp + 2784 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 15071920-15075086(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGCCCACGTGGAA
SmilChr04G000845 Chr04 NC_080390.1:10684464-10684478promoter 内 266-280 bp + 3721 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 3 10688199-10689450(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGGCGACACGTGGCA
SmilChr05G000064 Chr05 NC_080391.1:312310-312324promoter 内 3924-3938 bp + 63 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 312387-314742(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ACATGACACGTGGCA
SmilChr01G002781 Chr01 NC_080387.1:46268737-46268751promoter 内 2493-2507 bp + 1494 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 46270245-46272496(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 ATAGTACACGTGGCA
SmilChr08G002404 Chr08 NC_080394.1:22830409-22830423promoter 内 2441-2455 bp - 1546 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 22831969-22836883(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGGCACC
SmilChr08G002403 Chr08 NC_080394.1:22829940-22829954promoter 内 1474-1488 bp - 2513 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 22819350-22827427(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGCCCACGTGGAA
SmilChr03G001333 Chr03 NC_080389.1:15565016-15565030promoter 内 1447-1461 bp + 2540 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 15559588-15562476(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AGCCACGTCACCATC
SmilChr01G006172 Chr01 NC_080387.1:77237166-77237180promoter 内 1194-1208 bp - 2793 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 77239973-77247195(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGACAGCA
SmilChr03G002104 Chr03 NC_080389.1:32763881-32763895promoter 内 565-579 bp + 3422 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 2 32760324-32760459(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGCCACGTGGCTCCA
SmilChr02G003197 Chr02 NC_080388.1:53134675-53134689promoter 内 3923-3937 bp - 64 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 53134753-53138329(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGGACGAC
SmilChr04G001540 Chr04 NC_080390.1:25369654-25369668promoter 内 3901-3915 bp + 86 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 25364426-25369568(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCGGCCTT
SmilChr08G002980 Chr08 NC_080394.1:29879256-29879270promoter 内 3875-3889 bp - 112 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 29879382-29880407(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAGAGAC
SmilChr01G001596 Chr01 NC_080387.1:30095062-30095076promoter 内 3851-3865 bp + 136 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 30093211-30094926(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTCAACAAT
SmilChr03G003517 Chr03 NC_080389.1:53764780-53764794promoter 内 3838-3852 bp + 149 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 53764943-53765617(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGATGACGTGGCA
SmilChr03G002798 Chr03 NC_080389.1:44481133-44481147promoter 内 3835-3849 bp + 152 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44481299-44481996(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGATGACGTGGCA
SmilChr02G000154 Chr02 NC_080388.1:2020964-2020978promoter 内 3658-3672 bp + 329 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 2018728-2020635(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGCCACGTCAGCTCT
SmilChr02G002592 Chr02 NC_080388.1:45062197-45062211promoter 内 3535-3549 bp - 452 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 45062663-45065211(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGGCACC
SmilChr04G002665 Chr04 NC_080390.1:42052055-42052069promoter 内 3491-3505 bp - 496 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 42052565-42058974(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGGCACC
SmilChr06G000726 Chr06 NC_080392.1:6688447-6688461promoter 内 3112-3126 bp + 875 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 6689336-6691770(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TGGCGCGACGTGGCA
SmilChr05G003319 Chr05 NC_080391.1:43488193-43488207promoter 内 2896-2910 bp + 1091 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 43487031-43487102(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGGCACC
SmilChr03G002800 Chr03 NC_080389.1:44481133-44481147promoter 内 2527-2541 bp + 1460 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44482607-44483331(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TCAGATGACGTGGCA
SmilChr03G002379 Chr03 NC_080389.1:37548383-37548397promoter 内 2335-2349 bp + 1652 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 37550049-37551242(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGCCCACGTGGAA
SmilChr08G002979 Chr08 NC_080394.1:29879256-29879270promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 29873971-29877580(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GTCTCTGACGTGGCG
SmilChr02G000215 Chr02 NC_080388.1:2820798-2820812promoter 内 2206-2220 bp - 1781 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 2817805-2819017(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GCAGCCCACGTGGCC
SmilChr03G002777 Chr03 NC_080389.1:44205939-44205953promoter 内 2185-2199 bp + 1802 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 44181009-44204137(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 TTCCACGTGGGCACC
SmilChr08G000075 Chr08 NC_080394.1:436554-436568promoter 内 2152-2166 bp + 1835 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 438403-442039(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GATGGTGACGTGGCT
SmilChr07G002453 Chr07 NC_080393.1:23057225-23057239promoter 内 1931-1945 bp - 2056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 23051691-23055169(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GGTGCCCACGTGGAA
SmilChr03G004432 Chr03 NC_080389.1:62466726-62466740promoter 内 1923-1937 bp - 2064 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 62462023-62464662(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 GATGCCCACGTGGAA
SmilChr08G004817 Chr08 NC_080394.1:57458219-57458233promoter 内 1825-1839 bp - 2162 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 57448270-57456057(-) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 AATGAACACGTGGCG
SmilChr08G004818 Chr08 NC_080394.1:57458219-57458233promoter 内 1417-1431 bp - 2570 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.9/ 100 1 57460803-57465217(+) SMil_00025976-RA_Salv MP00291 CGCCACGTGTTCATT