转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000830; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00021489-RA_Salv SmilChr05G000830 NAC XP_057764550.1 MP00058 TACGTAAC

可能结合的靶基因

9855 个结合位点 7440 个候选靶基因 第 30 / 149 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G000431 Chr07 NC_080393.1:3014510-3014517promoter 内 2764-2771 bp + 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 3011805-3013280(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G004286 Chr05 NC_080391.1:56647477-56647484promoter 内 2726-2733 bp + 1268 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 56642595-56646209(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G003612 Chr07 NC_080393.1:42422935-42422942promoter 内 2722-2729 bp - 1272 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 42424214-42425078(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G005833 Chr01 NC_080387.1:74346886-74346893promoter 内 2721-2728 bp + 1273 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 74340341-74345613(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G004099 Chr01 NC_080387.1:59452841-59452848promoter 内 2720-2727 bp + 1274 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 59454122-59456655(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G002784 Chr03 NC_080389.1:44303123-44303130promoter 内 2708-2715 bp - 1286 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 44304416-44305113(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr04G003092 Chr04 NC_080390.1:47562247-47562254promoter 内 2704-2711 bp - 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 47560053-47560957(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr05G001214 Chr05 NC_080391.1:10205970-10205977promoter 内 2704-2711 bp + 1290 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 10203419-10204680(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr08G000265 Chr08 NC_080394.1:1816226-1816233promoter 内 2702-2709 bp + 1292 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 1817525-1822223(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr01G005964 Chr01 NC_080387.1:75366685-75366692promoter 内 2701-2708 bp + 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 75363350-75365392(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr04G002719 Chr04 NC_080390.1:42822491-42822498promoter 内 2692-2699 bp + 1302 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 42823800-42826927(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G000912 Chr03 NC_080389.1:10435669-10435676promoter 内 2677-2684 bp - 1317 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 10436993-10445143(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G002263 Chr03 NC_080389.1:35637472-35637479promoter 内 2668-2675 bp - 1326 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 35638805-35641676(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G003168 Chr01 NC_080387.1:50478271-50478278promoter 内 2652-2659 bp + 1342 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 50470002-50476929(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G005063 Chr01 NC_080387.1:68536387-68536394promoter 内 2638-2645 bp + 1356 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 68531427-68535031(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G004254 Chr07 NC_080393.1:54975549-54975556promoter 内 2630-2637 bp - 1364 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 54976920-54981027(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G001101 Chr01 NC_080387.1:22529057-22529064promoter 内 2616-2623 bp - 1378 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 22530442-22532019(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr04G002393 Chr04 NC_080390.1:38446232-38446239promoter 内 2600-2607 bp - 1394 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 38442411-38444838(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr03G003994 Chr03 NC_080389.1:58969837-58969844promoter 内 2596-2603 bp + 1398 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 58971242-58977108(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G004244 Chr02 NC_080388.1:64636769-64636776promoter 内 2595-2602 bp + 1399 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 64638175-64643463(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G002603 Chr02 NC_080388.1:45156702-45156709promoter 内 2572-2579 bp + 1422 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 45158131-45159911(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr06G002897 Chr06 NC_080392.1:41802856-41802863promoter 内 2566-2573 bp + 1428 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 41800564-41801428(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr07G001810 Chr07 NC_080393.1:15499913-15499920promoter 内 2558-2565 bp + 1436 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 15481811-15498477(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G003055 Chr03 NC_080389.1:47451088-47451095promoter 内 2557-2564 bp - 1437 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 47452532-47455079(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr03G003451 Chr03 NC_080389.1:52865790-52865797promoter 内 2545-2552 bp + 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 52867246-52867917(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G004314 Chr07 NC_080393.1:55706054-55706061promoter 内 2535-2542 bp - 1459 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 55701722-55704595(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr05G003122 Chr05 NC_080391.1:39883258-39883265promoter 内 2519-2526 bp + 1475 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 39878714-39881783(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr02G004401 Chr02 NC_080388.1:66351826-66351833promoter 内 2506-2513 bp - 1488 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 66348931-66350338(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr07G000291 Chr07 NC_080393.1:1882398-1882405promoter 内 2482-2489 bp + 1512 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 1883917-1884622(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr05G002397 Chr05 NC_080391.1:26472932-26472939promoter 内 2475-2482 bp + 1519 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 26474458-26476569(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr02G002739 Chr02 NC_080388.1:47320465-47320472promoter 内 2473-2480 bp + 1521 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 47321993-47324609(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G000316 Chr04 NC_080390.1:2901662-2901669promoter 内 2467-2474 bp + 1527 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 2903196-2906187(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
SmilChr04G000035 Chr04 NC_080390.1:336503-336510promoter 内 2463-2470 bp + 1531 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 332948-334972(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr06G001844 Chr06 NC_080392.1:21701231-21701238promoter 内 2460-2467 bp + 1534 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 21699029-21699697(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr05G002445 Chr05 NC_080391.1:26945292-26945299promoter 内 2449-2456 bp + 1545 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 26942507-26943747(-) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 GTTACGTA
SmilChr01G004255 Chr01 NC_080387.1:60829654-60829661promoter 内 2424-2431 bp + 1570 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.3/ 100 2 60831231-60832355(+) SMil_00021489-RA_Salv MP00058 TACGTAAC
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