转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G004106; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002787-RA_Salv SmilChr05G004106 WRKY XP_057810779.1 MP00260 AAAAGTCAACG

可能结合的靶基因

9706 个结合位点 5932 个候选靶基因 第 30 / 119 下载 TSV

上一页 30 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004937 Chr01 NC_080387.1:67468214-67468224promoter 内 1772-1782 bp - 2219 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 67470443-67473691(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G003616 Chr01 NC_080387.1:54693516-54693526promoter 内 1415-1425 bp + 2576 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 54685594-54690940(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G002611 Chr01 NC_080387.1:44357415-44357425promoter 内 1411-1421 bp - 2580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 44341189-44354835(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr02G002990 Chr02 NC_080388.1:50566060-50566070promoter 内 1389-1399 bp - 2602 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 50568672-50577417(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G005307 Chr01 NC_080387.1:70324654-70324664promoter 内 1335-1345 bp + 2656 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 70327320-70334092(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr02G001921 Chr02 NC_080388.1:34612214-34612224promoter 内 1122-1132 bp - 2869 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 34615093-34616120(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G002184 Chr02 NC_080388.1:39061803-39061813promoter 内 1061-1071 bp + 2930 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 39057442-39058873(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G001746 Chr01 NC_080387.1:32135431-32135441promoter 内 1019-1029 bp - 2972 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 32138413-32139448(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTAT
SmilChr02G004162 Chr02 NC_080388.1:63954490-63954500promoter 内 1012-1022 bp + 2979 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 63947914-63951511(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G004093 Chr02 NC_080388.1:63222975-63222985promoter 内 882-892 bp + 3109 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 63216526-63219866(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G004871 Chr01 NC_080387.1:66834211-66834221promoter 内 806-816 bp + 3185 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 66828607-66831026(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACTCGG
SmilChr02G003858 Chr02 NC_080388.1:60375685-60375695promoter 内 799-809 bp - 3192 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 60369218-60372493(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATGGTCAACG
SmilChr01G002066 Chr01 NC_080387.1:36524439-36524449promoter 内 454-464 bp + 3537 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 36516729-36520902(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTTC
SmilChr02G001415 Chr02 NC_080388.1:26768961-26768971promoter 内 436-446 bp + 3555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 26763809-26765406(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G003228 Chr02 NC_080388.1:53556050-53556060promoter 内 388-398 bp - 3603 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 53549063-53552447(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr01G001921 Chr01 NC_080387.1:34332457-34332467promoter 内 322-332 bp + 3669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 34336136-34337437(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATGGTCAACG
SmilChr01G004849 Chr01 NC_080387.1:66643535-66643545promoter 内 277-287 bp + 3714 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 66636330-66639821(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTTC
SmilChr01G005459 Chr01 NC_080387.1:71617855-71617865promoter 内 173-183 bp + 3818 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 71609114-71614037(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G000865 Chr02 NC_080388.1:14899808-14899818promoter 内 160-170 bp + 3831 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 14903649-14904287(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr02G002965 Chr02 NC_080388.1:50164117-50164127promoter 内 26-36 bp - 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 2 50168092-50171839(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTAT
SmilChr02G000585 Chr02 NC_080388.1:8421744-8421754promoter 内 3968-3978 bp - 23 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 8421777-8425584(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G003266 Chr01 NC_080387.1:51340813-51340823promoter 内 3943-3953 bp + 48 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 51339521-51340765(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 CGTTGACCATA
SmilChr02G001155 Chr02 NC_080388.1:21057251-21057261promoter 内 3937-3947 bp - 54 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 21054991-21057197(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr01G002067 Chr01 NC_080387.1:36524439-36524449promoter 内 3935-3945 bp + 56 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 36522430-36524383(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AGTTGACTTTC
SmilChr02G002180 Chr02 NC_080388.1:39017804-39017814promoter 内 3933-3943 bp - 58 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 39014425-39017746(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr02G002271 Chr02 NC_080388.1:40175466-40175476promoter 内 3904-3914 bp + 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 40172226-40175379(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G002501 Chr01 NC_080387.1:42847796-42847806promoter 内 3833-3843 bp + 158 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 42844910-42847638(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G002093 Chr02 NC_080388.1:37562145-37562155promoter 内 3725-3735 bp - 266 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 37562421-37566383(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G003647 Chr02 NC_080388.1:57849748-57849758promoter 内 3459-3469 bp - 532 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 57850290-57853512(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G000578 Chr01 NC_080387.1:12098647-12098657promoter 内 3416-3426 bp - 575 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 12099232-12911775(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G004908 Chr01 NC_080387.1:67114654-67114664promoter 内 3394-3404 bp - 597 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 67115261-67119955(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr02G003321 Chr02 NC_080388.1:54465959-54465969promoter 内 3322-3332 bp + 669 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 54466638-54472850(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 TATGGTCAACG
SmilChr02G003912 Chr02 NC_080388.1:61214503-61214513promoter 内 3171-3181 bp + 820 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 61206599-61213683(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
SmilChr01G004507 Chr01 NC_080387.1:63167752-63167762promoter 内 3146-3156 bp - 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 63168607-63170690(+) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GGTTGACTTAT
SmilChr01G002286 Chr01 NC_080387.1:39668684-39668694promoter 内 2956-2966 bp - 1035 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 39664252-39667649(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 AAAAGTCAAAC
SmilChr02G001043 Chr02 NC_080388.1:18500172-18500182promoter 内 2921-2931 bp + 1070 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.5/ 100 1 18499017-18499102(-) SMil_00002787-RA_Salv MP00260 GTTTGACTTTT
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