转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G004607; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00002089-RA_Salv SmilChr02G004607 C2H2 XP_057791470.1 MP00608 AAAAACAGAGCA

可能结合的靶基因

9817 个结合位点 6398 个候选靶基因 第 32 / 128 下载 TSV

上一页 32 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003383 Chr02 NC_080388.1:54946765-54946776promoter 内 2223-2234 bp - 1767 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 54948543-54951563(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 ACCTCTGTTTTC
SmilChr02G002094 Chr02 NC_080388.1:37592814-37592825promoter 内 2112-2123 bp - 1878 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 37594703-37595305(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CACTCTGTTTCG
SmilChr02G001807 Chr02 NC_080388.1:32910395-32910406promoter 内 1967-1978 bp + 2023 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 32905498-32908372(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTCT
SmilChr02G004843 Chr02 NC_080388.1:70560156-70560167promoter 内 1801-1812 bp + 2189 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 70552265-70557967(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr01G006197 Chr01 NC_080387.1:77650477-77650488promoter 内 1618-1629 bp + 2372 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 77645546-77648105(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTCT
SmilChr01G005024 Chr01 NC_080387.1:68214534-68214545promoter 内 1586-1597 bp + 2404 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 68208685-68212130(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr03G000543 Chr03 NC_080389.1:5889957-5889968promoter 内 1557-1568 bp - 2433 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 5892401-5893673(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr03G000520 Chr03 NC_080389.1:5594066-5594077promoter 内 1399-1410 bp - 2591 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 5596668-5597834(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr03G001006 Chr03 NC_080389.1:11388678-11388689promoter 内 1319-1330 bp - 2671 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 11391360-11392626(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr02G002836 Chr02 NC_080388.1:48506596-48506607promoter 内 1139-1150 bp + 2851 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 48502269-48503745(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr01G005754 Chr01 NC_080387.1:73642523-73642534promoter 内 871-882 bp - 3119 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 73631093-73639404(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAGTG
SmilChr03G000527 Chr03 NC_080389.1:5641595-5641606promoter 内 851-862 bp - 3139 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 5644745-5645521(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr02G004150 Chr02 NC_080388.1:63826457-63826468promoter 内 478-489 bp + 3512 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 63816830-63822945(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTCT
SmilChr03G000243 Chr03 NC_080389.1:2869496-2869507promoter 内 431-442 bp + 3559 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 2 2873066-2879271(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAGGT
SmilChr02G005123 Chr02 NC_080388.1:72704403-72704414promoter 内 3950-3961 bp - 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72704454-72705792(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTCT
SmilChr02G001935 Chr02 NC_080388.1:34766557-34766568promoter 内 3940-3951 bp + 50 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 34765933-34766507(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CACTCTGTTTTG
SmilChr02G002691 Chr02 NC_080388.1:46619521-46619532promoter 内 3790-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 46619732-46624464(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAG
SmilChr02G004637 Chr02 NC_080388.1:68831333-68831344promoter 内 3709-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 68830047-68831052(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAG
SmilChr03G000345 Chr03 NC_080389.1:3896448-3896459promoter 内 3610-3621 bp - 380 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 3896839-3897761(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTCT
SmilChr02G002979 Chr02 NC_080388.1:50362964-50362975promoter 内 3581-3592 bp + 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50363384-50364606(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAG
SmilChr02G001487 Chr02 NC_080388.1:27841182-27841193promoter 内 3536-3547 bp - 454 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 27840192-27840728(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAGGT
SmilChr01G004148 Chr01 NC_080387.1:60015617-60015628promoter 内 3428-3439 bp + 562 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 60012863-60015055(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GGCTCTGTTCTG
SmilChr02G001164 Chr02 NC_080388.1:21229267-21229278promoter 内 3410-3421 bp + 580 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 21227040-21228687(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr01G001782 Chr01 NC_080387.1:32698995-32699006promoter 内 3278-3289 bp - 712 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 32696432-32698283(-) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CAAAACAGAGGT
SmilChr02G003172 Chr02 NC_080388.1:52824204-52824215promoter 内 3174-3185 bp + 816 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 52825031-52826664(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAG
SmilChr02G005475 Chr02 NC_080388.1:74993665-74993676promoter 内 2843-2854 bp - 1147 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 74994823-74996411(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr03G000230 Chr03 NC_080389.1:2726432-2726443promoter 内 2837-2848 bp + 1153 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2727596-2728591(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGAG
SmilChr01G001636 Chr01 NC_080387.1:30404793-30404804promoter 内 2789-2800 bp - 1201 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 30406005-30409798(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr02G005100 Chr02 NC_080388.1:72547214-72547225promoter 内 2743-2754 bp - 1247 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 72548472-72550760(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTCT
SmilChr01G003174 Chr01 NC_080387.1:50544197-50544208promoter 内 2435-2446 bp + 1555 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50545763-50553870(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 TGGAACAGAGCA
SmilChr01G002588 Chr01 NC_080387.1:44011249-44011260promoter 内 2403-2414 bp + 1587 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 44012847-44012918(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAG
SmilChr02G000228 Chr02 NC_080388.1:2966186-2966197promoter 内 2307-2318 bp + 1683 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 2967880-2969555(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AGAAACAGAGAG
SmilChr02G002554 Chr02 NC_080388.1:44442623-44442634promoter 内 2135-2146 bp + 1855 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 44444489-44446498(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 GAAAACAGAGGT
SmilChr03G000553 Chr03 NC_080389.1:5986206-5986217promoter 内 2079-2090 bp - 1911 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 5988128-5991376(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 CTCTCTGTTTTT
SmilChr01G003209 Chr01 NC_080387.1:50862714-50862725promoter 内 1761-1772 bp + 2229 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 50864954-50866673(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAG
SmilChr02G000354 Chr02 NC_080388.1:4574315-4574326promoter 内 1579-1590 bp + 2411 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.7/ 100 1 4576737-4577192(+) SMil_00002089-RA_Salv MP00608 AAAAACAGAGAG
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