转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G003833; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013392-RA_Salv SmilChr02G003833 MYB XP_057794421.1 MP00476 TAACCGTAATA

可能结合的靶基因

9904 个结合位点 7981 个候选靶基因 第 33 / 160 下载 TSV

上一页 33 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G005295 Chr02 NC_080388.1:73921571-73921581promoter 内 652-662 bp - 3339 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 73924920-73927227(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTAACGGTTA
SmilChr02G002755 Chr02 NC_080388.1:47587142-47587152promoter 内 637-647 bp + 3354 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 47590506-47591247(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATA
SmilChr07G000555 Chr07 NC_080393.1:3834970-3834980promoter 内 603-613 bp + 3388 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 3823636-3831582(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 AGTAACGGTTA
SmilChr06G002552 Chr06 NC_080392.1:36663224-36663234promoter 内 575-585 bp - 3416 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 36666650-36669164(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTAACGGTTA
SmilChr07G000260 Chr07 NC_080393.1:1669396-1669406promoter 内 428-438 bp - 3563 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 1672969-1673668(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTAACGGTTA
SmilChr02G004854 Chr02 NC_080388.1:70693923-70693933promoter 内 417-427 bp + 3574 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 70697507-70701326(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATA
SmilChr02G000832 Chr02 NC_080388.1:14090268-14090278promoter 内 401-411 bp + 3590 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 14093868-14096579(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATA
SmilChr06G000804 Chr06 NC_080392.1:7520069-7520079promoter 内 363-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 7512374-7516441(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTAACGGTTA
SmilChr08G000860 Chr08 NC_080394.1:6371380-6371390promoter 内 359-369 bp - 3632 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 6375022-6378124(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TATAACGGTTA
SmilChr05G001441 Chr05 NC_080391.1:13164457-13164467promoter 内 301-311 bp - 3690 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 13158898-13160767(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTACT
SmilChr01G002169 Chr01 NC_080387.1:37797043-37797053promoter 内 259-269 bp + 3732 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 37793240-37793311(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTAACGGTTA
SmilChr03G002549 Chr03 NC_080389.1:40674554-40674564promoter 内 257-267 bp - 3734 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 40668849-40670820(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATA
SmilChr06G002244 Chr06 NC_080392.1:31810307-31810317promoter 内 251-261 bp + 3740 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 31814057-31814815(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATA
SmilChr07G004275 Chr07 NC_080393.1:55224689-55224699promoter 内 217-227 bp - 3774 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 55228473-55229388(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTAACGGTTA
SmilChr05G000996 Chr05 NC_080391.1:8088648-8088658promoter 内 51-61 bp + 3940 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 8092598-8094765(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATA
SmilChr05G000932 Chr05 NC_080391.1:7476668-7476678promoter 内 43-53 bp + 3948 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 7480626-7482724(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTATA
SmilChr08G000528 Chr08 NC_080394.1:3846821-3846831promoter 内 40-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 3850782-3852774(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTAAA
SmilChr01G003081 Chr01 NC_080387.1:49653967-49653977promoter 内 26-36 bp - 3965 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 49647605-49650002(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTTACT
SmilChr04G003291 Chr04 NC_080390.1:49624977-49624987promoter 内 17-27 bp - 3974 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 49628961-49629032(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TTTAACGGTTA
SmilChr01G005562 Chr01 NC_080387.1:72431176-72431186promoter 内 3848-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 4 72428708-72431033(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTGACGGTTA
SmilChr01G005563 Chr01 NC_080387.1:72431176-72431186promoter 内 1562-1572 bp + 2429 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 4 72433615-72435844(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCAGA
SmilChr01G003826 Chr01 NC_080387.1:56590844-56590854promoter 内 855-865 bp + 3136 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 56593990-56598392(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCACG
SmilChr01G003836 Chr01 NC_080387.1:56715618-56715628promoter 内 849-859 bp - 3142 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 2 56708052-56712476(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCACG
SmilChr07G003064 Chr07 NC_080393.1:32140305-32140315promoter 内 3942-3952 bp - 49 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 32140364-32148729(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTGACGGTTA
SmilChr07G000291 Chr07 NC_080393.1:1883639-1883649promoter 内 3723-3733 bp + 268 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 1883917-1884622(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCAGA
SmilChr06G003088 Chr06 NC_080392.1:43735961-43735971promoter 内 3320-3330 bp + 671 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 43736642-43738595(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCAGA
SmilChr01G005047 Chr01 NC_080387.1:68405973-68405983promoter 内 2780-2790 bp + 1211 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 68401320-68404762(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTGACGGTTA
SmilChr03G004129 Chr03 NC_080389.1:60125978-60125988promoter 内 2066-2076 bp - 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 60127913-60132164(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTGACGGTTA
SmilChr04G002126 Chr04 NC_080390.1:34260863-34260873promoter 内 2066-2076 bp + 1925 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 34262798-34264532(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCACG
SmilChr04G003897 Chr04 NC_080390.1:54763187-54763197promoter 内 1824-1834 bp - 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 54765364-54766259(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CGTGACGGTTA
SmilChr02G001170 Chr02 NC_080388.1:21513546-21513556promoter 内 1751-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 21515796-21518855(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAACCGTCAGA
SmilChr01G001014 Chr01 NC_080387.1:21309491-21309501promoter 内 45-55 bp - 3946 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 21313447-21314616(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTGACGGTTA
SmilChr07G003873 Chr07 NC_080393.1:48274047-48274057promoter 内 21-31 bp + 3970 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.3/ 100 1 48257437-48270077(-) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TCTGACGGTTA
SmilChr02G005232 Chr02 NC_080388.1:73511102-73511112promoter 内 48-58 bp - 3943 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 4 73515055-73516164(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 TAAAACGGTTA
SmilChr01G003833 Chr01 NC_080387.1:56655514-56655524promoter 内 3523-3533 bp + 468 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 56655992-56661823(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATTA
SmilChr04G000534 Chr04 NC_080390.1:5923799-5923809promoter 内 2734-2744 bp + 1257 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 5925066-5927924(+) SMil_00013392-RA_Salv MP00476 CAACCGTATAA
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