转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G002039; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00014715-RA_Salv SmilChr01G002039 bHLH XP_057808459.1 MP00660 CCACGTGC

可能结合的靶基因

9929 个结合位点 6653 个候选靶基因 第 37 / 134 下载 TSV

上一页 37 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr01G004273 Chr01 NC_080387.1:60970878-60970885promoter 内 3912-3919 bp - 82 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 60970967-60974633(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr05G001054 Chr05 NC_080391.1:8735770-8735777promoter 内 3910-3917 bp - 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 8735861-8739073(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr05G001203 Chr05 NC_080391.1:10108089-10108096promoter 内 3910-3917 bp + 84 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 10104555-10108005(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr03G003314 Chr03 NC_080389.1:51375137-51375144promoter 内 3907-3914 bp - 87 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 51372765-51375050(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr05G003734 Chr05 NC_080391.1:50428572-50428579promoter 内 3906-3913 bp - 88 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 50428667-50430867(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr02G003654 Chr02 NC_080388.1:57936761-57936768promoter 内 3889-3896 bp + 105 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 57933954-57936656(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr02G000324 Chr02 NC_080388.1:4055551-4055558promoter 内 3888-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 4055664-4056191(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr02G000326 Chr02 NC_080388.1:4091148-4091155promoter 内 3888-3895 bp + 106 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 4091261-4091788(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr03G002503 Chr03 NC_080389.1:39871401-39871408promoter 内 3884-3891 bp - 110 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 39865434-39871291(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr02G001932 Chr02 NC_080388.1:34739187-34739194promoter 内 3875-3882 bp - 119 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 34739313-34740095(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr01G006129 Chr01 NC_080387.1:76818246-76818253promoter 内 3873-3880 bp + 121 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 76818374-76820561(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr05G001881 Chr05 NC_080391.1:19079035-19079042promoter 内 3865-3872 bp - 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 19079171-19080733(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr06G000046 Chr06 NC_080392.1:376862-376869promoter 内 3865-3872 bp + 129 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 374824-376733(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr02G002274 Chr02 NC_080388.1:40205344-40205351promoter 内 3861-3868 bp - 133 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 40198518-40205211(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr04G002960 Chr04 NC_080390.1:45954592-45954599promoter 内 3857-3864 bp + 137 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 45954736-45964470(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr03G002980 Chr03 NC_080389.1:46629952-46629959promoter 内 3856-3863 bp + 138 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 46626245-46629814(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr01G003153 Chr01 NC_080387.1:50325347-50325354promoter 内 3854-3861 bp + 140 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 50323980-50325207(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr04G000801 Chr04 NC_080390.1:9890963-9890970promoter 内 3851-3858 bp + 143 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 9889715-9890820(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr05G003527 Chr05 NC_080391.1:47151002-47151009promoter 内 3849-3856 bp - 145 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 47148822-47150857(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr03G004233 Chr03 NC_080389.1:60858446-60858453promoter 内 3846-3853 bp - 148 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 60855138-60858298(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr02G005432 Chr02 NC_080388.1:74746993-74747000promoter 内 3839-3846 bp - 155 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 74742249-74746838(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr01G001790 Chr01 NC_080387.1:32754683-32754690promoter 内 3838-3845 bp - 156 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 32754846-32757805(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr01G003708 Chr01 NC_080387.1:55434237-55434244promoter 内 3830-3837 bp + 164 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 55434408-55435001(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr03G004539 Chr03 NC_080389.1:63413378-63413385promoter 内 3827-3834 bp + 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 63409808-63413211(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr04G000978 Chr04 NC_080390.1:13176906-13176913promoter 内 3827-3834 bp - 167 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 13177080-13178379(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr04G002061 Chr04 NC_080390.1:33357929-33357936promoter 内 3824-3831 bp + 170 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 33354733-33357759(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr04G003439 Chr04 NC_080390.1:50929775-50929782promoter 内 3818-3825 bp - 176 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 50926055-50929599(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr01G005812 Chr01 NC_080387.1:74129473-74129480promoter 内 3817-3824 bp - 177 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 74128540-74129296(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr03G003436 Chr03 NC_080389.1:52717427-52717434promoter 内 3814-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 52717614-52726291(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr05G000661 Chr05 NC_080391.1:4982610-4982617promoter 内 3814-3821 bp + 180 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 4982797-4992411(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr02G004172 Chr02 NC_080388.1:64005519-64005526promoter 内 3813-3820 bp - 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 64005707-64007191(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr02G005368 Chr02 NC_080388.1:74372078-74372085promoter 内 3813-3820 bp - 181 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 74368868-74371897(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr01G001047 Chr01 NC_080387.1:21757494-21757501promoter 内 3806-3813 bp + 188 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 21757689-21759255(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 TCACGTGC
SmilChr01G004771 Chr01 NC_080387.1:65888808-65888815promoter 内 3805-3812 bp + 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 65882451-65888619(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr04G001703 Chr04 NC_080390.1:28169612-28169619promoter 内 3796-3803 bp - 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 28169817-28170251(+) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
SmilChr03G004089 Chr03 NC_080389.1:59789248-59789255promoter 内 3794-3801 bp + 200 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 1 59786087-59789048(-) SMil_00014715-RA_Salv MP00660 GCACGTGA
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