转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr01G004199; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00010571-RA_Salv SmilChr01G004199 bHLH XP_057782208.1 MP00074 AGAAGGTCACGTGG

可能结合的靶基因

9969 个结合位点 7396 个候选靶基因 第 38 / 148 下载 TSV

上一页 38 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G003581 Chr02 NC_080388.1:56975136-56975149promoter 内 2146-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 56970000-56973294(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAACTCCA
SmilChr07G003306 Chr07 NC_080393.1:35055616-35055629promoter 内 2105-2118 bp + 1883 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 35057512-35059042(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AACATGACACGTGG
SmilChr05G000465 Chr05 NC_080391.1:3516157-3516170promoter 内 1988-2001 bp - 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3513451-3514157(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AAAGTGACACGTGG
SmilChr03G003520 Chr03 NC_080389.1:53811160-53811173promoter 内 1915-1928 bp + 2073 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 53805883-53809087(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGATCCA
SmilChr02G004961 Chr02 NC_080388.1:71538426-71538439promoter 内 1748-1761 bp + 2240 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 71540679-71542055(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TAGAAGTCACGTGG
SmilChr05G000466 Chr05 NC_080391.1:3516157-3516170promoter 内 1595-1608 bp - 2393 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 3518563-3520476(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACTTT
SmilChr01G002143 Chr01 NC_080387.1:37416917-37416930promoter 内 1193-1206 bp - 2795 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 37405867-37414122(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GATATGTCACGTGG
SmilChr03G004621 Chr03 NC_080389.1:63902052-63902065promoter 内 1093-1106 bp + 2895 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63898406-63899157(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCCTAAT
SmilChr07G001220 Chr07 NC_080393.1:9343174-9343187promoter 内 893-906 bp - 3095 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 9346282-9349423(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCACTTT
SmilChr06G000840 Chr06 NC_080392.1:7917241-7917254promoter 内 787-800 bp - 3201 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 7920455-7936688(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTGCCAAC
SmilChr07G004275 Chr07 NC_080393.1:55225178-55225191promoter 内 706-719 bp - 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 55228473-55229388(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAACTCCA
SmilChr05G000092 Chr05 NC_080391.1:525556-525569promoter 内 548-561 bp - 3440 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 521443-522116(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGAGTTCACGTGG
SmilChr03G004620 Chr03 NC_080389.1:63902052-63902065promoter 内 293-306 bp + 3695 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 63897532-63898357(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCCCTAAT
SmilChr05G004333 Chr05 NC_080391.1:57015911-57015924promoter 内 242-255 bp + 3746 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 57019670-57023424(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CGTGCCTCACGTGG
SmilChr06G002372 Chr06 NC_080392.1:34560195-34560208promoter 内 160-173 bp - 3828 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 34564036-34568701(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACAACAC
SmilChr08G000562 Chr08 NC_080394.1:4087717-4087730promoter 内 33-46 bp + 3955 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.1/ 100 1 4083680-4083762(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGAGATACC
SmilChr06G000499 Chr06 NC_080392.1:4105054-4105067promoter 内 10-23 bp + 3978 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 5 4100519-4101076(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCACATC
SmilChr05G000471 Chr05 NC_080391.1:3577384-3577397promoter 内 659-672 bp - 3329 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 4 3571933-3574055(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AATAGGACACGTGG
SmilChr05G000436 Chr05 NC_080391.1:3310567-3310580promoter 内 1212-1225 bp + 2776 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 3303914-3307791(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACACGTT
SmilChr01G000107 Chr01 NC_080387.1:1847317-1847330promoter 内 567-580 bp - 3421 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 3 1850751-1852521(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGACCTTAA
SmilChr01G002550 Chr01 NC_080387.1:43605680-43605693promoter 内 3929-3942 bp - 59 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 43605752-43610948(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTCAGGAC
SmilChr07G000672 Chr07 NC_080393.1:4575479-4575492promoter 内 3871-3884 bp - 117 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 4573082-4575362(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TACAAGTCACGTGG
SmilChr04G003694 Chr04 NC_080390.1:53328023-53328036promoter 内 2932-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 53321489-53326967(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TCACGTGACCTCAT
SmilChr02G000256 Chr02 NC_080388.1:3288732-3288745promoter 内 2695-2708 bp - 1293 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 3290038-3292845(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCGCTTG
SmilChr04G000126 Chr04 NC_080390.1:1072406-1072419promoter 内 2539-2552 bp - 1449 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 1067777-1070957(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGTGTCGCACGTGG
SmilChr04G002172 Chr04 NC_080390.1:35106749-35106762promoter 内 2335-2348 bp - 1653 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 35108415-35114644(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGGCCCAT
SmilChr05G003165 Chr05 NC_080391.1:40430366-40430379promoter 内 2007-2020 bp + 1981 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 40425987-40428385(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCTCATC
SmilChr02G000198 Chr02 NC_080388.1:2536140-2536153promoter 内 1933-1946 bp + 2055 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 2517107-2534085(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCACGTA
SmilChr02G005192 Chr02 NC_080388.1:73200190-73200203promoter 内 1623-1636 bp + 2365 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 73202568-73203346(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TGGGGTCCACGTGG
SmilChr08G000059 Chr08 NC_080394.1:345346-345359promoter 内 1575-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 347772-350009(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCACGTA
SmilChr01G005769 Chr01 NC_080387.1:73766492-73766505promoter 内 1512-1525 bp - 2476 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 73768981-73771115(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGGTCCCA
SmilChr08G000057 Chr08 NC_080394.1:345346-345359promoter 内 1494-1507 bp - 2494 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 340434-342852(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TACGTGCCACGTGG
SmilChr04G002694 Chr04 NC_080390.1:42380889-42380902promoter 内 1338-1351 bp - 2650 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 42376747-42378239(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCTGCCCACGTGG
SmilChr05G002828 Chr05 NC_080391.1:33542926-33542939promoter 内 278-291 bp - 3710 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 33546649-33547371(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGCACGTA
SmilChr05G002772 Chr05 NC_080391.1:32239075-32239088promoter 内 223-236 bp + 3765 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 32242853-32254704(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 TACGTGCCACGTGG
SmilChr02G005189 Chr02 NC_080388.1:73200190-73200203promoter 内 37-50 bp + 3951 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 2 73189492-73196239(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGGACCCCA
SmilChr03G002041 Chr03 NC_080389.1:30852681-30852694promoter 内 3960-3973 bp - 28 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 30852722-30854433(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GCACGTGAGACCCT
SmilChr04G001401 Chr04 NC_080390.1:22791639-22791652promoter 内 3936-3949 bp + 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 22791704-22792840(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGTGGTCCACGTGG
SmilChr04G003632 Chr04 NC_080390.1:52829851-52829864promoter 内 3927-3940 bp + 61 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 52826978-52829790(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGTAATCCC
SmilChr04G003994 Chr04 NC_080390.1:55329173-55329186promoter 内 3742-3755 bp - 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 55329432-55329831(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCACCCCA
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SmilChr03G000486 Chr03 NC_080389.1:5188381-5188394promoter 内 3367-3380 bp + 621 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 5180191-5187760(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGCACCGCA
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SmilChr04G002211 Chr04 NC_080390.1:35784174-35784187promoter 内 2919-2932 bp + 1069 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 35785256-35792216(+) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 GGCATTACACGTGG
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SmilChr02G002574 Chr02 NC_080388.1:44736642-44736655promoter 内 2757-2770 bp + 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 44734887-44735411(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 CCACGTGACACTTA
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SmilChr08G001364 Chr08 NC_080394.1:10888691-10888704promoter 内 2693-2706 bp - 1295 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.0/ 100 1 10885175-10887396(-) SMil_00010571-RA_Salv MP00074 AGTCGGCCACGTGG