转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr02G000949; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00003681-RA_Salv SmilChr02G000949 bZIP XP_057795176.1 MP00318 TGCCACGTCAGCATT

可能结合的靶基因

9413 个结合位点 6849 个候选靶基因 第 4 / 137 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr07G004336 Chr07 NC_080393.1:55921002-55921016promoter 内 940-954 bp + 3047 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 55915666-55917955(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGGGTGACGTGGCA
SmilChr07G004351 Chr07 NC_080393.1:56064976-56064990promoter 内 3026-3040 bp - 961 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 56057953-56064015(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCCTT
SmilChr08G000795 Chr08 NC_080394.1:5848275-5848289promoter 内 2570-2584 bp - 1417 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 5843295-5846858(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCACC
SmilChr07G004352 Chr07 NC_080393.1:56064976-56064990promoter 内 980-994 bp - 3007 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 56067997-56070217(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AAGGGTGACGTGGCA
SmilChr04G003446 Chr04 NC_080390.1:50979364-50979378promoter 内 918-932 bp + 3069 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 50971642-50976295(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGAGCCGACGTGGCG
SmilChr02G004941 Chr02 NC_080388.1:72350042-72350056promoter 内 3560-3574 bp - 427 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 71365587-72349615(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCGGCTCC
SmilChr08G001692 Chr08 NC_080394.1:14160105-14160119promoter 内 2576-2590 bp - 1411 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 14157148-14158694(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCATC
SmilChr04G002694 Chr04 NC_080390.1:42380887-42380901promoter 内 1339-1353 bp + 2648 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 42376747-42378239(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GCTGCCCACGTGGCA
SmilChr06G001093 Chr06 NC_080392.1:10933691-10933705promoter 内 920-934 bp + 3067 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 1 10936772-10939171(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGCGTC
SmilChr08G003497 Chr08 NC_080394.1:37553356-37553370promoter 内 1433-1447 bp - 2554 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 2 37549233-37550802(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCTTC
SmilChr05G004298 Chr05 NC_080391.1:56700153-56700167promoter 内 3947-3961 bp + 40 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 56695115-56700113(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AATGATGACGTGGCA
SmilChr01G002746 Chr01 NC_080387.1:45769626-45769640promoter 内 3872-3886 bp + 115 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 45769755-45771498(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCATT
SmilChr01G004852 Chr01 NC_080387.1:66683870-66683884promoter 内 3795-3809 bp - 192 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 66682128-66683678(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCACCACT
SmilChr02G004026 Chr02 NC_080388.1:62540303-62540317promoter 内 3775-3789 bp - 212 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 62536394-62540091(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCACT
SmilChr05G001982 Chr05 NC_080391.1:20507006-20507020promoter 内 3495-3509 bp + 492 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 20507512-20507593(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGAAAC
SmilChr07G002886 Chr07 NC_080393.1:29131957-29131971promoter 内 3320-3334 bp - 667 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 29132638-29135783(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGGCGACGTGGCA
SmilChr06G000630 Chr06 NC_080392.1:5576102-5576116promoter 内 3105-3119 bp + 882 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 5576998-5577070(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGCCCA
SmilChr01G004166 Chr01 NC_080387.1:60163518-60163532promoter 内 2560-2574 bp - 1427 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 60157280-60162091(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCAAG
SmilChr06G000631 Chr06 NC_080392.1:5576102-5576116promoter 内 1549-1563 bp + 2438 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 5578554-5578892(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGCCCA
SmilChr01G002145 Chr01 NC_080387.1:37435694-37435708promoter 内 1370-1384 bp - 2617 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 37438325-37445361(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GAAGATGACGTGGCA
SmilChr02G004900 Chr02 NC_080388.1:71009398-71009412promoter 内 726-740 bp + 3261 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 71012673-71016859(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGCCAC
SmilChr07G002436 Chr07 NC_080393.1:22773933-22773947promoter 内 603-617 bp + 3384 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.0/ 100 1 22777331-22778311(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCGGCTAA
SmilChr05G002225 Chr05 NC_080391.1:23779693-23779707promoter 内 1562-1576 bp - 2425 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 3 23782132-23783671(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATGGGTGACGTGGCA
SmilChr07G001969 Chr07 NC_080393.1:17237153-17237167promoter 内 3935-3949 bp - 52 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 17222280-17237101(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCAGCTCT
SmilChr07G001149 Chr07 NC_080393.1:8636569-8636583promoter 内 1982-1996 bp - 2005 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 8633350-8634564(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTGGGCCCC
SmilChr07G001151 Chr07 NC_080393.1:8636569-8636583promoter 内 1859-1873 bp - 2128 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 8638711-8640583(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGCCCACGTGGCA
SmilChr03G002597 Chr03 NC_080389.1:41275611-41275625promoter 内 582-596 bp - 3405 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 2 41262782-41272206(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCAAC
SmilChr01G005872 Chr01 NC_080387.1:74677872-74677886promoter 内 3936-3950 bp + 51 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 74661592-74677821(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTAGCTGACGTGGCA
SmilChr05G001317 Chr05 NC_080391.1:11330712-11330726promoter 内 3613-3627 bp + 374 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 11324444-11330338(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CTAGCTGACGTGGCA
SmilChr04G001102 Chr04 NC_080390.1:15779641-15779655promoter 内 2864-2878 bp + 1123 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 15780778-15784295(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCTAG
SmilChr08G004218 Chr08 NC_080394.1:51568547-51568561promoter 内 2343-2357 bp - 1644 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 51570205-51572375(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGCTGACGTGGCG
SmilChr03G002679 Chr03 NC_080389.1:42582969-42582983promoter 内 2256-2270 bp + 1731 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 42584714-42588608(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCACCCAT
SmilChr07G002202 Chr07 NC_080393.1:20261262-20261276promoter 内 2055-2069 bp - 1932 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 20263208-20278573(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTAGCCCACGTGGCA
SmilChr02G003714 Chr02 NC_080388.1:58745485-58745499promoter 内 1945-1959 bp - 2042 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 58741135-58743443(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCAGCGTT
SmilChr02G000639 Chr02 NC_080388.1:9681394-9681408promoter 内 1475-1489 bp + 2512 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 9674435-9678882(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 AGAGCTGACGTGGCG
SmilChr07G003758 Chr07 NC_080393.1:45862492-45862506promoter 内 1152-1166 bp + 2835 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 45857706-45859657(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GTAGCCCACGTGGCA
SmilChr03G004382 Chr03 NC_080389.1:62023193-62023207promoter 内 307-321 bp + 3680 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.9/ 100 1 62026887-62029727(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGCCACGTCAGCAAC
SmilChr08G001922 Chr08 NC_080394.1:16740245-16740259promoter 内 3950-3964 bp - 37 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 3 16736856-16740208(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 CGCCACGTCACCCCC
SmilChr01G002275 Chr01 NC_080387.1:39520651-39520665promoter 内 2311-2325 bp - 1676 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 39522341-39524619(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGGTGACGTGGCG
SmilChr05G003342 Chr05 NC_080391.1:43955641-43955655promoter 内 2222-2236 bp + 1765 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 43951847-43953876(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGATGACGTGGCA
SmilChr05G000826 Chr05 NC_080391.1:6483561-6483575promoter 内 1991-2005 bp + 1996 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 6485571-6485642(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCCTC
SmilChr04G004020 Chr04 NC_080390.1:55442822-55442836promoter 内 609-623 bp + 3378 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 2 55446214-55446965(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCCCC
SmilChr03G003237 Chr03 NC_080389.1:50272609-50272623promoter 内 3815-3829 bp + 172 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 50272795-50275365(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCATA
SmilChr04G003481 Chr04 NC_080390.1:51254219-51254233promoter 内 3355-3369 bp - 632 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 51252682-51253587(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCACA
SmilChr07G004074 Chr07 NC_080393.1:52157004-52157018promoter 内 3250-3264 bp + 737 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 52153069-52156267(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGATGACGTGGCA
SmilChr02G004133 Chr02 NC_080388.1:63596742-63596756promoter 内 3010-3024 bp + 977 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 63594719-63595765(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ACAGCCGACGTGGCA
SmilChr03G004283 Chr03 NC_080389.1:61256174-61256188promoter 内 2772-2786 bp + 1215 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 61251680-61254959(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 ATTGATGACGTGGCA
SmilChr01G003062 Chr01 NC_080387.1:49501453-49501467promoter 内 2632-2646 bp + 1355 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 49495889-49500098(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TCTGGCGACGTGGCA
SmilChr03G004020 Chr03 NC_080389.1:59182875-59182889promoter 内 2033-2047 bp - 1954 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 59184843-59189099(+) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 GGGGATGACGTGGCA
SmilChr03G003240 Chr03 NC_080389.1:50308042-50308056promoter 内 1987-2001 bp - 2000 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.8/ 100 1 50305301-50306042(-) SMil_00003681-RA_Salv MP00318 TGCCACGTCATCATA