转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G000260; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00013647-RA_Salv SmilChr05G000260 bZIP XP_057763683.1 MP00040 TGCTGACGTGGC

可能结合的靶基因

9919 个结合位点 6920 个候选靶基因 第 4 / 139 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr02G004229 Chr02 NC_080388.1:64499162-64499173promoter 内 1758-1769 bp - 2232 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 64491924-64496930(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCCGACGTGGC
SmilChr01G002690 Chr01 NC_080387.1:45147264-45147275promoter 内 991-1002 bp + 2999 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 45141055-45144265(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGGCG
SmilChr03G000343 Chr03 NC_080389.1:3888607-3888618promoter 内 847-858 bp + 3143 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 3883590-3885464(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGGCG
SmilChr02G005289 Chr02 NC_080388.1:73900690-73900701promoter 内 788-799 bp + 3202 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 73895707-73897488(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGGCG
SmilChr01G005605 Chr01 NC_080387.1:72607666-72607677promoter 内 708-719 bp - 3282 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 72604224-72604384(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCCGACGTGGC
SmilChr02G000692 Chr02 NC_080388.1:11029160-11029171promoter 内 356-367 bp + 3634 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.5/ 100 1 11024817-11025526(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCGGCG
SmilChr03G003621 Chr03 NC_080389.1:54861213-54861224promoter 内 3828-3839 bp + 162 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 54859913-54861051(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCG
SmilChr03G003620 Chr03 NC_080389.1:54861213-54861224promoter 内 2549-2560 bp + 1441 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 54858763-54859772(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCG
SmilChr01G005507 Chr01 NC_080387.1:71926129-71926140promoter 内 1665-1676 bp + 2325 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 71928465-71932381(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGC
SmilChr01G003672 Chr01 NC_080387.1:55163661-55163672promoter 内 812-823 bp + 3178 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 5 55155753-55160483(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCC
SmilChr01G003381 Chr01 NC_080387.1:52508504-52508515promoter 内 2148-2159 bp + 1842 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 52505069-52506662(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCC
SmilChr01G003382 Chr01 NC_080387.1:52508602-52508613promoter 内 362-373 bp + 3628 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 4 52512241-52516320(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGC
SmilChr01G002788 Chr01 NC_080387.1:46352214-46352225promoter 内 3618-3629 bp + 372 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 3 46347565-46351842(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCG
SmilChr03G004280 Chr03 NC_080389.1:61232052-61232063promoter 内 2833-2844 bp + 1157 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 61233220-61236207(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGC
SmilChr03G002598 Chr03 NC_080389.1:41278636-41278647promoter 内 2339-2350 bp + 1651 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 41280298-41281218(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGC
SmilChr01G002275 Chr01 NC_080387.1:39520653-39520664promoter 内 2313-2324 bp + 1677 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 39522341-39524619(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGC
SmilChr03G003755 Chr03 NC_080389.1:56663599-56663610promoter 内 1822-1833 bp + 2168 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 56660572-56661431(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCG
SmilChr03G000591 Chr03 NC_080389.1:6575938-6575949promoter 内 1795-1806 bp + 2195 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 6572757-6573743(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCC
SmilChr03G003756 Chr03 NC_080389.1:56663599-56663610promoter 内 1469-1480 bp + 2521 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 56666131-56670986(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGC
SmilChr03G004279 Chr03 NC_080389.1:61232052-61232063promoter 内 1115-1126 bp + 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 61227793-61229177(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCG
SmilChr03G004281 Chr03 NC_080389.1:61232052-61232063promoter 内 62-73 bp + 3928 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 2 61235991-61239443(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGC
SmilChr02G004050 Chr02 NC_080388.1:62835299-62835310promoter 内 3944-3955 bp - 46 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 62833526-62835253(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGGTGACGTGGC
SmilChr01G004819 Chr01 NC_080387.1:66379186-66379197promoter 内 3892-3903 bp + 98 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 66379295-66382038(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGGTGACGTGGC
SmilChr04G002857 Chr04 NC_080390.1:44680089-44680100promoter 内 2997-3008 bp - 993 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 44681093-44683097(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCC
SmilChr02G002661 Chr02 NC_080388.1:46082969-46082980promoter 内 2526-2537 bp + 1464 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 46070906-46081505(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCC
SmilChr03G002679 Chr03 NC_080389.1:42582970-42582981promoter 内 2257-2268 bp - 1733 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 42584714-42588608(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCC
SmilChr04G001589 Chr04 NC_080390.1:26450264-26450275promoter 内 1601-1612 bp + 2389 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 26434610-26447875(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCC
SmilChr04G003672 Chr04 NC_080390.1:53168468-53168479promoter 内 394-405 bp - 3596 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.4/ 100 1 53172075-53176579(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTCACCG
SmilChr03G003385 Chr03 NC_080389.1:52218986-52218997promoter 内 57-68 bp + 3933 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 3 52205301-52215053(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAGCA
SmilChr04G002677 Chr04 NC_080390.1:42214053-42214064promoter 内 1928-1939 bp + 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 42208264-42211991(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAGCA
SmilChr04G002678 Chr04 NC_080390.1:42214053-42214064promoter 内 1928-1939 bp + 2062 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 42216126-42218986(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTCACGTGGC
SmilChr03G004021 Chr03 NC_080389.1:59194408-59194419promoter 内 1894-1905 bp - 2096 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 59189135-59192312(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TGCTCACGTGGC
SmilChr01G002823 Chr01 NC_080387.1:46766388-46766399promoter 内 897-908 bp - 3093 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 2 46769492-46771782(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGGG
SmilChr01G004423 Chr01 NC_080387.1:62336952-62336963promoter 内 2392-2403 bp - 1598 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 62332595-62335354(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCTGACGTGGG
SmilChr02G001479 Chr02 NC_080388.1:27665886-27665897promoter 内 1295-1306 bp + 2695 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 27659998-27663191(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGGC
SmilChr03G004023 Chr03 NC_080389.1:59194408-59194419promoter 内 681-692 bp - 3309 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.2/ 100 1 59197728-59199496(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GCCACGTGAGCA
SmilChr01G002209 Chr01 NC_080387.1:38426551-38426562promoter 内 2108-2119 bp - 1882 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 38418887-38424669(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGGG
SmilChr01G002210 Chr01 NC_080387.1:38426551-38426562promoter 内 1115-1126 bp - 2875 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 4 38429437-38430229(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGCT
SmilChr01G004973 Chr01 NC_080387.1:67817627-67817638promoter 内 2061-2072 bp - 1929 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 3 67819567-67820587(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr01G004850 Chr01 NC_080387.1:66648333-66648344promoter 内 3792-3803 bp + 198 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 66645360-66648135(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr01G000409 Chr01 NC_080387.1:8334813-8334824promoter 内 3591-3602 bp + 399 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 8335223-8340175(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 GGCTGACGTGGA
SmilChr04G001528 Chr04 NC_080390.1:25197241-25197252promoter 内 3581-3592 bp - 409 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 25197661-25197732(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr03G001858 Chr03 NC_080389.1:25637255-25637266promoter 内 3262-3273 bp + 728 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 25629041-25636527(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr01G005347 Chr01 NC_080387.1:70721468-70721479promoter 内 2423-2434 bp - 1567 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 70715872-70719901(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 AGCTGACGTGGG
SmilChr01G002229 Chr01 NC_080387.1:38758377-38758388promoter 内 1890-1901 bp + 2100 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 38751506-38756277(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCG
SmilChr01G002212 Chr01 NC_080387.1:38447717-38447728promoter 内 1875-1886 bp + 2115 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 38440856-38445602(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCG
SmilChr04G003728 Chr04 NC_080390.1:53610839-53610850promoter 内 1773-1784 bp - 2217 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 53613067-53615255(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr01G000408 Chr01 NC_080387.1:8334813-8334824promoter 内 495-506 bp + 3495 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 8329720-8331318(-) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 TCCACGTCAGCC
SmilChr01G000639 Chr01 NC_080387.1:14365069-14365080promoter 内 490-501 bp - 3500 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 14368580-14375203(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CCCACGTCAGCT
SmilChr03G001343 Chr03 NC_080389.1:15690103-15690114promoter 内 307-318 bp + 3683 bp 位于靶基因 TSS 上游 98.1/ 100 2 15693797-15694388(+) SMil_00013647-RA_Salv MP00040 CGCTGACGTGGA