转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr08G000478; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001018-RA_Salv SmilChr08G000478 GATA XP_057781809.1 MP00130 AGATCTAGATCTGAA

可能结合的靶基因

9821 个结合位点 6015 个候选靶基因 第 4 / 121 下载 TSV

上一页 4 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002969 Chr03 NC_080389.1:46475500-46475514promoter 内 673-687 bp - 3314 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 3 46465423-46472186(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATTCAGATCTGAG
SmilChr01G003665 Chr01 NC_080387.1:55071981-55071995promoter 内 2385-2399 bp - 1602 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 2 55067997-55070379(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGGTTCAGATCTGGG
SmilChr03G003732 Chr03 NC_080389.1:56354864-56354878promoter 内 3057-3071 bp + 930 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 56355808-56360808(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGATTTGGATCTGAG
SmilChr03G002460 Chr03 NC_080389.1:38959934-38959948promoter 内 1767-1781 bp - 2220 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.4/ 100 1 38962168-38977155(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAAATCT
SmilChr02G000355 Chr02 NC_080388.1:4591970-4591984promoter 内 3833-3847 bp + 154 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 6 4592138-4593203(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCCAGATCTGGT
SmilChr02G000356 Chr02 NC_080388.1:4591970-4591984promoter 内 1343-1357 bp + 2644 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 5 4594628-4601151(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCCAGATCTGGT
SmilChr05G001274 Chr05 NC_080391.1:10895725-10895739promoter 内 3037-3051 bp - 950 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 4 10892899-10894775(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGAA
SmilChr04G000053 Chr04 NC_080390.1:465671-465685promoter 内 1708-1722 bp + 2279 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 4 467964-474356(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACATCCAGATCTGAA
SmilChr02G000530 Chr02 NC_080388.1:7296114-7296128promoter 内 1663-1677 bp + 2324 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 4 7298452-7302000(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCCAGATCTGCG
SmilChr01G004481 Chr01 NC_080387.1:62916396-62916410promoter 内 1476-1490 bp + 2511 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 4 62910499-62913885(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGAGCC
SmilChr02G001541 Chr02 NC_080388.1:28673779-28673793promoter 内 2829-2843 bp + 1158 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 28672181-28672621(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCTGGAGCC
SmilChr02G001542 Chr02 NC_080388.1:28673779-28673793promoter 内 853-867 bp + 3134 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 3 28676927-28682190(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGAA
SmilChr04G001862 Chr04 NC_080390.1:30346519-30346533promoter 内 2900-2914 bp - 1087 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 30342269-30345432(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCCAGATCTGAA
SmilChr05G001636 Chr05 NC_080391.1:15286709-15286723promoter 内 2657-2671 bp + 1330 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 15288053-15289353(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGAA
SmilChr04G001812 Chr04 NC_080390.1:29613539-29613553promoter 内 2617-2631 bp + 1370 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 29611303-29612169(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGGACCT
SmilChr04G001144 Chr04 NC_080390.1:16857506-16857520promoter 内 542-556 bp + 3445 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 16860965-16865244(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCCAGATCTGAA
SmilChr02G005111 Chr02 NC_080388.1:72627948-72627962promoter 内 127-141 bp + 3860 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.3/ 100 2 72631822-72632954(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AAATCCAGATCTGGT
SmilChr03G002447 Chr03 NC_080389.1:38861450-38861464promoter 内 3670-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 6 38858640-38861133(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTTAGATCTGAA
SmilChr01G000775 Chr01 NC_080387.1:16873523-16873537promoter 内 2756-2770 bp - 1231 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 16869258-16872292(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 AGTTCTGGATCTGAG
SmilChr03G002446 Chr03 NC_080389.1:38861450-38861464promoter 内 186-200 bp - 3801 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 3 38853887-38857649(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGATTTAGATCTGAA
SmilChr01G000555 Chr01 NC_080387.1:11574518-11574532promoter 内 3162-3176 bp - 825 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 11571615-11573693(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCCAGATCTGGA
SmilChr04G000899 Chr04 NC_080390.1:11592100-11592114promoter 内 2753-2767 bp - 1234 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 11593348-11594688(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATGC
SmilChr02G002959 Chr02 NC_080388.1:50120257-50120271promoter 内 2258-2272 bp - 1729 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 50122000-50122728(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGATGC
SmilChr03G002163 Chr03 NC_080389.1:33668768-33668782promoter 内 1229-1243 bp - 2758 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 33663530-33666010(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCCAGATCTGGA
SmilChr03G002331 Chr03 NC_080389.1:36774969-36774983promoter 内 822-836 bp - 3165 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 36770655-36771804(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCCAGATCTGGA
SmilChr02G001357 Chr02 NC_080388.1:25349910-25349924promoter 内 708-722 bp + 3279 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 25353203-25354734(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GCATCCAGATCTGGA
SmilChr01G005045 Chr01 NC_080387.1:68378623-68378637promoter 内 78-92 bp - 3909 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.2/ 100 2 68382546-68386868(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGAACC
SmilChr04G000688 Chr04 NC_080390.1:8020281-8020295promoter 内 2930-2944 bp + 1057 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 5 8021352-8028605(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCAGATCTGAG
SmilChr01G005114 Chr01 NC_080387.1:68911783-68911797promoter 内 1285-1299 bp + 2702 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 5 68914499-68919240(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTAGATCTGGA
SmilChr04G000174 Chr04 NC_080390.1:1571531-1571545promoter 内 3627-3641 bp - 360 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 1571905-1573135(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ACCAGATCTGAATCT
SmilChr04G002991 Chr04 NC_080390.1:46340349-46340363promoter 内 3119-3133 bp + 868 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 46341231-46342816(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCAGATCTGAG
SmilChr03G000489 Chr03 NC_080389.1:5241511-5241525promoter 内 1470-1484 bp - 2517 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 4 5244042-5245091(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATTC
SmilChr04G003225 Chr04 NC_080390.1:49065710-49065724promoter 内 1239-1253 bp - 2748 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 49060583-49062962(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCAGATCTGAG
SmilChr04G002992 Chr04 NC_080390.1:46340349-46340363promoter 内 1233-1247 bp + 2754 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 3 46343117-46345491(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCACCAGATCTGAG
SmilChr02G000338 Chr02 NC_080388.1:4336398-4336412promoter 内 1627-1641 bp + 2360 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 4338772-4339104(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTGGATCTGAA
SmilChr02G003982 Chr02 NC_080388.1:62065286-62065300promoter 内 528-542 bp + 3459 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 2 62068759-62071888(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CAATCCAGATCTGAG
SmilChr03G001092 Chr03 NC_080389.1:12616707-12616721promoter 内 3317-3331 bp - 670 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 12617391-12618652(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATTC
SmilChr05G001730 Chr05 NC_080391.1:16716986-16717000promoter 内 2128-2142 bp + 1859 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 16713460-16715127(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCCAGATCG
SmilChr05G000446 Chr05 NC_080391.1:3385196-3385210promoter 内 1503-1517 bp - 2484 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.1/ 100 1 3387694-3391765(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TTCAGATCCAGATTC
SmilChr03G004720 Chr03 NC_080389.1:64427477-64427491promoter 内 3243-3257 bp - 744 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 8 64420713-64426733(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGGA
SmilChr04G003627 Chr04 NC_080390.1:52759573-52759587promoter 内 2803-2817 bp - 1184 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 6 52757318-52758389(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGGA
SmilChr02G004853 Chr02 NC_080388.1:70681189-70681203promoter 内 3664-3678 bp + 323 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 5 70681526-70683890(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGGA
SmilChr02G004852 Chr02 NC_080388.1:70681111-70681125promoter 内 2590-2604 bp + 1397 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 5 70678035-70679714(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G001872 Chr01 NC_080387.1:33749850-33749864promoter 内 3240-3254 bp + 747 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 33750611-33755923(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTCCAGATCTGGA
SmilChr02G004074 Chr02 NC_080388.1:63027932-63027946promoter 内 3143-3157 bp - 844 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 63028790-63037407(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G000948 Chr01 NC_080387.1:20065704-20065718promoter 内 1352-1366 bp - 2635 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 20068353-20077899(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 ATCAGATCTGGATAC
SmilChr05G000557 Chr05 NC_080391.1:4192206-4192220promoter 内 1139-1153 bp - 2848 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 4195068-4196154(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 TCCAGATCTGGAGCC
SmilChr01G002285 Chr01 NC_080387.1:39653945-39653959promoter 内 850-864 bp - 3137 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 39657096-39661995(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 CTCAGATCTGGAACA
SmilChr04G003716 Chr04 NC_080390.1:53461624-53461638promoter 内 48-62 bp - 3939 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 4 53449875-53457685(-) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GAATCTGGATCTGAT
SmilChr04G001708 Chr04 NC_080390.1:28209526-28209540promoter 内 3161-3175 bp + 826 bp 位于靶基因 TSS 上游 97.0/ 100 3 28210366-28214226(+) SMil_00001018-RA_Salv MP00130 GGCTTCAGATCTGAG