转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003119; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00008313-RA_Salv SmilChr04G003119 bZIP XP_057809542.1 MP00039 TGACGTGGCA

可能结合的靶基因

9936 个结合位点 6610 个候选靶基因 第 41 / 133 下载 TSV

上一页 41 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr04G000153 Chr04 NC_080390.1:1331716-1331725promoter 内 1874-1883 bp + 2118 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 1333843-1339955(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr02G003613 Chr02 NC_080388.1:57372658-57372667promoter 内 1812-1821 bp - 2180 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 57367863-57370478(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr01G004391 Chr01 NC_080387.1:62085188-62085197promoter 内 1798-1807 bp - 2194 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 62087391-62090905(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr01G002266 Chr01 NC_080387.1:39445774-39445783promoter 内 1793-1802 bp + 2199 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 39447982-39450838(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr02G005009 Chr02 NC_080388.1:71901701-71901710promoter 内 1736-1745 bp - 2256 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 71896415-71899445(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr02G003609 Chr02 NC_080388.1:57349037-57349046promoter 内 1662-1671 bp - 2330 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 57340981-57346707(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr01G003667 Chr01 NC_080387.1:55096361-55096370promoter 内 1654-1663 bp - 2338 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 55090903-55094023(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAA
SmilChr03G000695 Chr03 NC_080389.1:7761441-7761450promoter 内 1641-1650 bp - 2351 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 7757822-7759090(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTACGTGGCC
SmilChr03G003065 Chr03 NC_080389.1:47598163-47598172promoter 内 1579-1588 bp - 2413 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 47600585-47603763(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr02G003045 Chr02 NC_080388.1:51241412-51241421promoter 内 1512-1521 bp + 2480 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 51236158-51238932(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr02G002241 Chr02 NC_080388.1:39756021-39756030promoter 内 1500-1509 bp + 2492 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 39758522-39774632(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr01G002865 Chr01 NC_080387.1:47259612-47259621promoter 内 1483-1492 bp - 2509 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 47249276-47257103(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr04G001526 Chr04 NC_080390.1:25179063-25179072promoter 内 1478-1487 bp - 2514 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 25175757-25176549(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr02G000475 Chr02 NC_080388.1:6515948-6515957promoter 内 1458-1467 bp + 2534 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 6509284-6513414(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr03G002978 Chr03 NC_080389.1:46617104-46617113promoter 内 1286-1295 bp + 2706 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 46619819-46623735(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr03G000378 Chr03 NC_080389.1:4227047-4227056promoter 内 1268-1277 bp + 2724 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 4229780-4233095(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAA
SmilChr01G000617 Chr01 NC_080387.1:13608799-13608808promoter 内 1266-1275 bp + 2726 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 13611534-13614649(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr04G000908 Chr04 NC_080390.1:11810890-11810899promoter 内 1191-1200 bp + 2801 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 11804288-11808089(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr01G000886 Chr01 NC_080387.1:18923861-18923870promoter 内 1135-1144 bp + 2857 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 18926727-18927868(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr01G000022 Chr01 NC_080387.1:409311-409320promoter 内 1044-1053 bp - 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 404069-406363(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr04G001760 Chr04 NC_080390.1:28928603-28928612promoter 内 1044-1053 bp + 2948 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 28931560-28934161(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr01G000098 Chr01 NC_080387.1:1788489-1788498promoter 内 1043-1052 bp + 2949 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 1791447-1793741(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr03G003221 Chr03 NC_080389.1:49891368-49891377promoter 内 962-971 bp + 3030 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 49887374-49888338(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCG
SmilChr03G003569 Chr03 NC_080389.1:54344008-54344017promoter 内 958-967 bp + 3034 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 54340606-54340974(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr01G003019 Chr01 NC_080387.1:49213315-49213324promoter 内 939-948 bp + 3053 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 49208276-49210262(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCG
SmilChr02G005185 Chr02 NC_080388.1:73164776-73164785promoter 内 886-895 bp - 3106 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 73167891-73170879(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr02G000298 Chr02 NC_080388.1:3766910-3766919promoter 内 813-822 bp - 3179 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 3762820-3763731(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr03G001022 Chr03 NC_080389.1:11849318-11849327promoter 内 809-818 bp - 3183 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 11852510-11854008(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr03G004171 Chr03 NC_080389.1:60458328-60458337promoter 内 781-790 bp + 3211 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 60451762-60455117(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr04G000424 Chr04 NC_080390.1:4503505-4503514promoter 内 771-780 bp + 3221 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 4496291-4500284(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr02G003102 Chr02 NC_080388.1:51957296-51957305promoter 内 589-598 bp - 3403 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 51951341-51953893(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr03G003133 Chr03 NC_080389.1:48558648-48558657promoter 内 534-543 bp - 3458 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 48554101-48555190(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CGACGTGGAA
SmilChr01G005006 Chr01 NC_080387.1:68116197-68116206promoter 内 530-539 bp + 3462 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 68107762-68112735(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TTCCACGTCG
SmilChr01G002878 Chr01 NC_080387.1:47377620-47377629promoter 内 515-524 bp - 3477 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 47381106-47389482(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
SmilChr01G000285 Chr01 NC_080387.1:5628055-5628064promoter 内 473-482 bp - 3519 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 5586929-5624536(-) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
SmilChr02G000203 Chr02 NC_080388.1:2618875-2618884promoter 内 385-394 bp - 3607 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 2622491-2625144(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 TGCCACGTAG
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SmilChr01G004196 Chr01 NC_080387.1:60413791-60413800promoter 内 289-298 bp + 3703 bp 位于靶基因 TSS 上游 95.6/ 100 2 60417503-60433614(+) SMil_00008313-RA_Salv MP00039 CTACGTGGCA
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