转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr05G002364; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00006712-RA_Salv SmilChr05G002364 WRKY XP_057809766.1 MP00069 AGTCAACG

可能结合的靶基因

9917 个结合位点 7882 个候选靶基因 第 42 / 158 下载 TSV

上一页 42 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr06G000171 Chr06 NC_080392.1:1188910-1188917promoter 内 3805-3812 bp - 189 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 1180107-1188721(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G001319 Chr07 NC_080393.1:10133838-10133845promoter 内 3803-3810 bp - 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 10132188-10133647(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G002595 Chr07 NC_080393.1:24946915-24946922promoter 内 3803-3810 bp + 191 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 24946035-24946724(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G002019 Chr01 NC_080387.1:35772643-35772650promoter 内 3799-3806 bp - 195 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 35768220-35772448(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G001818 Chr03 NC_080389.1:24844660-24844667promoter 内 3797-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 24844864-24846175(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr04G000369 Chr04 NC_080390.1:3714256-3714263promoter 内 3797-3804 bp - 197 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 3710532-3714059(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G000157 Chr02 NC_080388.1:2026400-2026407promoter 内 3789-3796 bp + 205 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 2025881-2026195(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G003776 Chr03 NC_080389.1:56922063-56922070promoter 内 3783-3790 bp - 211 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 56921021-56921852(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G000811 Chr04 NC_080390.1:10131730-10131737promoter 内 3773-3780 bp + 221 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 10131958-10141812(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G003746 Chr01 NC_080387.1:55789039-55789046promoter 内 3767-3774 bp + 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 55786538-55788812(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G005276 Chr02 NC_080388.1:73824845-73824852promoter 内 3767-3774 bp - 227 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 73825079-73825676(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G000939 Chr01 NC_080387.1:19891601-19891608promoter 内 3766-3773 bp + 228 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 19891836-19895713(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G001689 Chr06 NC_080392.1:19244331-19244338promoter 内 3762-3769 bp - 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 19243209-19244099(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr07G002820 Chr07 NC_080393.1:28241743-28241750promoter 内 3762-3769 bp + 232 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 28241982-28245220(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G001747 Chr06 NC_080392.1:20242835-20242842promoter 内 3748-3755 bp + 246 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 20243088-20247943(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G003778 Chr03 NC_080389.1:56926649-56926656promoter 内 3745-3752 bp + 249 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 56925858-56926400(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr05G002696 Chr05 NC_080391.1:30829434-30829441promoter 内 3742-3749 bp + 252 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 30829693-30831826(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G003435 Chr01 NC_080387.1:52975035-52975042promoter 内 3733-3740 bp - 261 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 52975303-52976891(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G005351 Chr01 NC_080387.1:70757447-70757454promoter 内 3723-3730 bp + 271 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 70754586-70757176(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G001861 Chr01 NC_080387.1:33569991-33569998promoter 内 3713-3720 bp - 281 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 33570279-33572198(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G001903 Chr01 NC_080387.1:34137848-34137855promoter 内 3710-3717 bp - 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 34138139-34140145(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G000422 Chr02 NC_080388.1:5412292-5412299promoter 内 3710-3717 bp - 284 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 5410858-5412008(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr01G000982 Chr01 NC_080387.1:20791738-20791745promoter 内 3701-3708 bp + 293 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 20792038-20795706(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr05G002887 Chr05 NC_080391.1:34594770-34594777promoter 内 3699-3706 bp - 295 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 34595072-34603169(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr03G003351 Chr03 NC_080389.1:51845272-51845279promoter 内 3698-3705 bp - 296 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 51845575-51854471(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr07G003047 Chr07 NC_080393.1:31662540-31662547promoter 内 3695-3702 bp + 299 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 31661681-31662241(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr01G000751 Chr01 NC_080387.1:16598680-16598687promoter 内 3684-3691 bp + 310 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 16598997-16602119(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G000301 Chr02 NC_080388.1:3801775-3801782promoter 内 3677-3684 bp + 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 3800886-3801458(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G000341 Chr02 NC_080388.1:4440391-4440398promoter 内 3677-3684 bp - 317 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 4440715-4441287(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr06G001570 Chr06 NC_080392.1:17153731-17153738promoter 内 3676-3683 bp + 318 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 17154056-17155223(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr02G001673 Chr02 NC_080388.1:30987654-30987661promoter 内 3675-3682 bp + 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 30987980-30989248(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr03G000277 Chr03 NC_080389.1:3158006-3158013promoter 内 3675-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 3155663-3157687(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr06G002631 Chr06 NC_080392.1:37872632-37872639promoter 内 3675-3682 bp - 319 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 37872958-37874121(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
SmilChr02G005044 Chr02 NC_080388.1:72151839-72151846promoter 内 3672-3679 bp + 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 72152168-72164421(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G002468 Chr04 NC_080390.1:39502823-39502830promoter 内 3672-3679 bp + 322 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 39503152-39505282(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG
SmilChr04G000240 Chr04 NC_080390.1:2148184-2148191promoter 内 3661-3668 bp - 333 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 2148524-2149440(+) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 CGTTGACC
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SmilChr04G002850 Chr04 NC_080390.1:44597501-44597508promoter 内 3589-3596 bp - 405 bp 位于靶基因 TSS 上游 99.8/ 100 1 44596281-44597096(-) SMil_00006712-RA_Salv MP00069 GGTCAACG