转录因子靶基因检索

输入丹参转录因子 ID、统一 Gene ID、LOC/GeneID、Protein ID、motif ID 或 TF family,查询该转录因子在全基因组 promoter 中的预计算潜在结合位点及对应靶基因。
257motifs
38157预生成 promoter
1892224预计算 TF 位点
257已建索引 TF/motif

候选靶基因的证据边界

靶基因列表来自预计算的 4 kb promoter motif 命中,并通过当前 TF/motif 对应关系检索。它表示 motif 支持的候选靶基因,不表示丹参中已经验证的直接调控关系。不同转录因子可共享相近 motif;应结合表达、遗传和结合实验进行确认。

可用转录因子列表

下表来自当前丹参 TF motif 与靶基因预计算索引,可按 TF family、标准 Gene ID、旧 ID、NCBI/GeneID、Protein ID 或 motif ID 检索。点击任意基因/蛋白 ID 可跳转到 Gene Card,点击“查靶基因”可直接进入候选靶基因结果页。

示例
100 / 257 个 TF 条目 阈值 0.90 1892224 预计算位点
转录因子 ID Family Motifs 候选靶基因 候选位点 操作
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
C2H2 1
MP00592
8519 9901 查靶基因
ARR-B 1
MP00010
8344 9778 查靶基因
NAC 1
MP00059
8333 9940 查靶基因
MYB 1
MP00296
8304 9873 查靶基因
MYB 1
MP00114
8151 9897 查靶基因
WRKY 1
MP00408
8149 9902 查靶基因
Nin-like 1
MP00449
8096 9453 查靶基因
WRKY 1
MP00209
8083 9910 查靶基因
MYB 1
MP00627
8075 9835 查靶基因
WRKY 1
MP00450
8044 9901 查靶基因
ERF 1
MP00558
8044 9762 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00096
8019 9914 查靶基因
MYB 1
MP00476
7981 9904 查靶基因
NAC 1
MP00221
7965 9903 查靶基因
WRKY 1
MP00069
7882 9917 查靶基因
MYB 1
MP00406
7839 9917 查靶基因
TALE 1
MP00670
7758 9906 查靶基因
SBP 1
MP00555
7648 9805 查靶基因
ARF 1
MP00021
7629 9812 查靶基因
MYB 1
MP00132
7583 9926 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00609
7575 9941 查靶基因
ERF 1
MP00529
7559 9247 查靶基因
MYB 1
MP00510
7526 9799 查靶基因
NAC 1
MP00058
7440 9855 查靶基因
bZIP 1
MP00303
7416 9868 查靶基因
MYB_related 1
MP00565
7412 9785 查靶基因
ERF 1
MP00026
7408 9854 查靶基因
WRKY 1
MP00071
7408 9764 查靶基因
ARF 1
MP00033
7406 9827 查靶基因
bHLH 1
MP00074
7396 9969 查靶基因
MYB 1
MP00216
7342 9832 查靶基因
WRKY 1
MP00539
7338 9848 查靶基因
ARF 1
MP00574
7302 9846 查靶基因
WRKY 1
MP00464
7299 9864 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00315
7291 9567 查靶基因
WRKY 1
MP00525
7235 9838 查靶基因
WRKY 1
MP00171
7182 9833 查靶基因
WRKY 1
MP00506
7173 9818 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00272
7172 9889 查靶基因
bZIP 1
MP00184
7147 9840 查靶基因
bZIP 1
MP00647
7133 9953 查靶基因
C2H2 1
MP00485
7130 8059 查靶基因
MYB 1
MP00134
7078 8676 查靶基因
ERF 1
MP00312
7006 8490 查靶基因
MYB 1
MP00564
6984 9893 查靶基因
G2-like 1
MP00022
6959 9720 查靶基因
bZIP 1
MP00040
6920 9919 查靶基因
ERF 1
MP00151
6907 9976 查靶基因
WRKY 1
MP00455
6900 9792 查靶基因
MYB 1
MP00482
6899 8940 查靶基因
bZIP 1
MP00291
6894 9321 查靶基因
SBP 1
MP00307
6893 9755 查靶基因
bHLH 1
MP00195
6878 9832 查靶基因
MYB 1
MP00388
6870 9774 查靶基因
bZIP 1
MP00318
6849 9413 查靶基因
SBP 1
MP00633
6833 8026 查靶基因
bHLH 1
MP00308
6805 9826 查靶基因
bHLH 1
MP00082
6784 9435 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00080
6766 9850 查靶基因
MYB 1
MP00028
6764 9024 查靶基因
MYB 1
MP00191
6736 9690 查靶基因
bHLH 1
MP00081
6729 9942 查靶基因
MYB 1
MP00500
6697 9681 查靶基因
ERF 1
MP00452
6671 7783 查靶基因
WRKY 1
MP00531
6663 9784 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00200
6661 9930 查靶基因
bHLH 1
MP00034
6653 9929 查靶基因
bHLH 1
MP00660
6653 9929 查靶基因
MYB 1
MP00055
6638 9685 查靶基因
SBP 1
MP00634
6619 7771 查靶基因
bHLH 1
MP00035
6618 9903 查靶基因
MYB_related 1
MP00568
6611 9696 查靶基因
bZIP 1
MP00039
6610 9936 查靶基因
WRKY 1
MP00284
6552 9774 查靶基因
WRKY 1
MP00422
6535 9791 查靶基因
ARF 1
MP00153
6534 9706 查靶基因
YABBY 1
MP00620
6504 9844 查靶基因
TCP 1
MP00169
6498 7295 查靶基因
G2-like 1
MP00252
6478 9780 查靶基因
NAC 1
MP00108
6458 9810 查靶基因
TCP 1
MP00062
6454 7249 查靶基因
RAV 1
MP00024
6450 9853 查靶基因
WRKY 1
MP00167
6439 9756 查靶基因
C2H2 1
MP00416
6433 9716 查靶基因
C2H2 1
MP00608
6398 9817 查靶基因
ERF 1
MP00240
6368 9978 查靶基因
MYB_related 1
MP00607
6362 9718 查靶基因
Dof 1
MP00402
6278 9875 查靶基因
bZIP 1
MP00409
6252 8429 查靶基因
GRAS 1
MP00611
6232 9807 查靶基因
bZIP 1
MP00648
6170 9939 查靶基因
ERF 1
MP00120
6144 7514 查靶基因
WRKY 1
MP00251
6140 9713 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00077
6125 9815 查靶基因
GATA 1
MP00130
6015 9821 查靶基因
MIKC_MADS 1
MP00508
5979 7481 查靶基因
WRKY 1
MP00260
5932 9706 查靶基因
HD-ZIP 1
MP00013
5927 9712 查靶基因
WRKY 1
MP00299
5919 9699 查靶基因

匹配到的 TF / motif

输入: SmilChr04G003367; 匹配 1 motifs; 阈值: 0.90

TF ID新 Gene ID家族ProteinMotif共识序列
SMil_00001784-RA_Salv SmilChr04G003367 MYB XP_057804957.1 MP00191 ATTAACCTTATCCTC

可能结合的靶基因

9690 个结合位点 6736 个候选靶基因 第 45 / 135 下载 TSV

上一页 45 下一页 每页最多 50 个靶基因
靶基因 染色体 最佳结合位点 链方向 靶基因上游距离 结合可能性 启动子命中位点 基因区间 TF Motif 匹配序列
SmilChr03G002426 Chr03 NC_080389.1:38557633-38557647promoter 内 3690-3704 bp - 297 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 38557944-38559092(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAAGATAAGGAGGTA
SmilChr01G002440 Chr01 NC_080387.1:41970654-41970668promoter 内 3589-3603 bp - 398 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 41968603-41970256(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATATTCTTATCCCT
SmilChr02G003130 Chr02 NC_080388.1:52332562-52332576promoter 内 3192-3206 bp - 795 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 52333371-52337001(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGGGATAAGAATATT
SmilChr01G000819 Chr01 NC_080387.1:17690177-17690191promoter 内 3142-3156 bp - 845 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 17691036-17694890(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGAAACT
SmilChr01G002381 Chr01 NC_080387.1:41014033-41014047promoter 内 3102-3116 bp + 885 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 41006914-41013148(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCAGATAAGGTGTTT
SmilChr01G005401 Chr01 NC_080387.1:71259936-71259950promoter 内 3039-3053 bp + 948 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 71260898-71273264(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATAACATTATCCTT
SmilChr02G003651 Chr02 NC_080388.1:57908052-57908066promoter 内 3030-3044 bp + 957 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 57887944-57907095(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGATGAA
SmilChr02G004651 Chr02 NC_080388.1:68952163-68952177promoter 内 2998-3012 bp - 989 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 68939557-68951174(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAATATCTTATCCAT
SmilChr01G005473 Chr01 NC_080387.1:71715636-71715650promoter 内 2976-2990 bp + 1011 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 71716661-71719500(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCCATTCTTATCCAG
SmilChr02G002829 Chr02 NC_080388.1:48385372-48385386promoter 内 2934-2948 bp - 1053 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 48386439-48389938(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGAATAG
SmilChr03G002544 Chr03 NC_080389.1:40619525-40619539promoter 内 2931-2945 bp + 1056 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40620595-40622823(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAGCCTTATCTTA
SmilChr02G004800 Chr02 NC_080388.1:70190339-70190353promoter 内 2858-2872 bp + 1129 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 70191482-70192438(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAACACCTTATCTAT
SmilChr01G001194 Chr01 NC_080387.1:24088796-24088810promoter 内 2805-2819 bp + 1182 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 24089992-24093764(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAATATTATCCTC
SmilChr02G001803 Chr02 NC_080388.1:32878449-32878463promoter 内 2757-2771 bp - 1230 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 32879693-32882684(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTGGATAAGCTTATA
SmilChr03G000225 Chr03 NC_080389.1:2645949-2645963promoter 内 2746-2760 bp + 1241 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 2647204-2649873(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CACCACGTTATCCTT
SmilChr01G006030 Chr01 NC_080387.1:75847204-75847218promoter 内 2508-2522 bp + 1479 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 75845074-75845725(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGAGATAAGGTAAAA
SmilChr01G001236 Chr01 NC_080387.1:24782002-24782016promoter 内 2273-2287 bp + 1714 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 24783730-24787436(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CCAAATATTATCCTC
SmilChr02G002345 Chr02 NC_080388.1:41223279-41223293promoter 内 2143-2157 bp + 1844 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 41225137-41228688(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ACAAACCTTATCATT
SmilChr02G002290 Chr02 NC_080388.1:40429460-40429474promoter 内 2138-2152 bp + 1849 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40431323-40434945(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCATTCTTATCCCA
SmilChr01G005139 Chr01 NC_080387.1:69190352-69190366promoter 内 2059-2073 bp + 1928 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 69171462-69188424(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CAGGATAAGGAAAGT
SmilChr01G004735 Chr01 NC_080387.1:65539138-65539152promoter 内 1836-1850 bp - 2151 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 65541303-65542172(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATGGATAAGAACAAT
SmilChr01G003697 Chr01 NC_080387.1:55349492-55349506promoter 内 1820-1834 bp - 2167 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 55351673-55352897(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGTTTTT
SmilChr01G005847 Chr01 NC_080387.1:74437627-74437641promoter 内 1809-1823 bp - 2178 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 74432516-74435449(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCACATCTTATCCAA
SmilChr02G004876 Chr02 NC_080388.1:70844409-70844423promoter 内 1763-1777 bp - 2224 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 70840325-70842185(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGCAGCCTTATCTAC
SmilChr02G005122 Chr02 NC_080388.1:72697032-72697046promoter 内 1750-1764 bp - 2237 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 72699283-72703370(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTGATAAGGAAAAG
SmilChr01G004599 Chr01 NC_080387.1:63979536-63979550promoter 内 1729-1743 bp - 2258 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 63981808-63989116(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TATGATAAGGTTTTA
SmilChr02G001566 Chr02 NC_080388.1:29047185-29047199promoter 内 1611-1625 bp + 2376 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 29033101-29044809(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAAGCATACT
SmilChr03G002882 Chr03 NC_080389.1:45498632-45498646promoter 内 1584-1598 bp + 2403 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 45501049-45503141(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 ATTTACCTTATCTCT
SmilChr01G001474 Chr01 NC_080387.1:28505633-28505647promoter 内 1552-1566 bp - 2435 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28508082-28509865(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TAAGATAAGGCTAAA
SmilChr03G002785 Chr03 NC_080389.1:44342405-44342419promoter 内 1423-1437 bp + 2564 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 44337958-44339841(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GGGGATAAGAAGTGG
SmilChr02G005388 Chr02 NC_080388.1:74523576-74523590promoter 内 1184-1198 bp - 2803 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 74518290-74520773(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 CTCGGCCTTATCCGC
SmilChr02G005032 Chr02 NC_080388.1:72045011-72045025promoter 内 1146-1160 bp - 2841 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 72038169-72042170(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTATTCCTTATCTTT
SmilChr02G005390 Chr02 NC_080388.1:74523576-74523590promoter 内 1017-1031 bp - 2970 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 74526560-74528656(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCGGATAAGGCCGAG
SmilChr01G001466 Chr01 NC_080387.1:28450009-28450023promoter 内 1001-1015 bp - 2986 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 28453009-28456605(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GCAGATAAGGAGAGA
SmilChr02G004149 Chr02 NC_080388.1:63815432-63815446promoter 内 909-923 bp - 3078 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 63809857-63812354(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATCTTCTTATCCAT
SmilChr02G004391 Chr02 NC_080388.1:66254875-66254889promoter 内 908-922 bp - 3079 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 66257968-66258586(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GTTGATAAGGAAGAA
SmilChr01G000208 Chr01 NC_080387.1:3626246-3626260promoter 内 811-825 bp + 3176 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 3616537-3623070(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAAGAGC
SmilChr01G002335 Chr01 NC_080387.1:40508703-40508717promoter 内 771-785 bp - 3216 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40504640-40505487(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TACTTTCTTATCCTT
SmilChr03G002545 Chr03 NC_080389.1:40619525-40619539promoter 内 696-710 bp + 3291 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 40622830-40623603(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTTAGCCTTATCTTA
SmilChr01G002438 Chr01 NC_080387.1:41970654-41970668promoter 内 643-657 bp - 3344 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 41963510-41967310(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATATTCTTATCCCT
SmilChr01G004614 Chr01 NC_080387.1:64097150-64097164promoter 内 610-624 bp + 3377 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 64089102-64093773(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAGGATAATGTAGGC
SmilChr01G005422 Chr01 NC_080387.1:71417181-71417195promoter 内 606-620 bp + 3381 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 71407830-71413800(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AAGGATAAGAAGATA
SmilChr02G004389 Chr02 NC_080388.1:66254875-66254889promoter 内 500-514 bp - 3487 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 66248834-66251388(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TTCTTCCTTATCAAC
SmilChr01G000718 Chr01 NC_080387.1:16072649-16072663promoter 内 341-355 bp + 3646 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 16068089-16069003(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TGGGATAAGAATGAC
SmilChr02G003255 Chr02 NC_080388.1:53845387-53845401promoter 内 84-98 bp - 3903 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 53836245-53841484(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCCATCCTTATCTCT
SmilChr03G002953 Chr03 NC_080389.1:46245210-46245224promoter 内 80-94 bp + 3907 bp 位于靶基因 TSS 上游 94.0/ 100 1 46249131-46253973(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 TCTATCCTTATCAAA
SmilChr01G002139 Chr01 NC_080387.1:37376545-37376559promoter 内 3117-3131 bp - 870 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 37377429-37378289(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AGAGATAAGGTAAAA
SmilChr02G005068 Chr02 NC_080388.1:72348414-72348428promoter 内 570-584 bp + 3417 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 4 72342434-72344997(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 AATGATAAGGTGGTG
SmilChr02G003705 Chr02 NC_080388.1:58577764-58577778promoter 内 3967-3981 bp - 20 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 58576139-58577744(-) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GAAGACCTTATCTTA
SmilChr02G000180 Chr02 NC_080388.1:2298769-2298783promoter 内 2080-2094 bp - 1907 bp 位于靶基因 TSS 上游 93.9/ 100 3 2300690-2304986(+) SMil_00001784-RA_Salv MP00191 GATGATAAGGAGAGA